Научный метод историко-юридической школы оказал могучее влияние на развитие науки русской истории. Труды русских историков стали расти и количественно, и качественно. Началась деятельная разработка архивных материалов, главным образом эпохи Московского государства. В последние десятилетия XIX века и в начале XX века был поставлен и научно разработан ряд тем, относящихся, в частности, ко времени Ивана Грозного. Темы эти ставились совершенно независимо от личных оценок самого Грозного. Они имели целью проникнуть в разумение правительственного механизма и общественного строя Москвы XVI века и создать ясное представление о том внутреннем кризисе, какой переживало тогда Великорусье в глубинах народной жизни. Успех этой научной работы был очень велик. Были изучены главные исторические источники эпохи – летописные своды, писцовый материал и актовый материал, уцелевший от пожаров и иных катастроф. Обозначилась постепенность и выяснились взаимная связь и результаты пресловутых «земских реформ» 1550-х годов. Вскрыта была финансовая система московского правительства XVI века. Определен был истинный характер опричнины. Была изучена деятельность московской власти по обороне южных границ государства в связи с колонизацией «дикого поля». Стали ясны состав, устройство и быт служилого класса. Выяснено было многое в процессе прикрепления крестьянства и в развитии различных видов холопства. Раскрылся в своих истинных размерах разброд населения и его последствие – запустение государственного центра. С другой стороны, был изучен «Балтийский вопрос» и все перипетии международной борьбы за Ливонию и Финское побережье. Историческое содержание эпохи стало настолько полнее и определеннее, что, можно сказать, все построение истории Ивана Грозного надлежало ставить заново. Можно удивляться тому громадному различию, какое на пространстве всего лишь одного поколения оказалось в университетском изложении этой эпохи. Как мало мог дать слушателям лектор конца (или, точнее, 70-80-х годов) XIX века об Иване Грозном, можно видеть в «Русской истории» К.Н. Бестужева-Рюмина, который был для своего времени первоклассным профессором. Как сравнительно много дается теперь, можно видеть из любого профессорского учебника русской истории и, конечно, из «Курса» В.О. Ключевского. Эпоха наполнилась новым и богатым содержанием – и это не могло не отразиться на понимании самого Грозного, его личной роли, его личных сил.
Теперь нет ни малейшего сомнения в том, что Грозный принадлежал к числу образованнейших людей своего века, получив свои знания и образовав умственные интересы в кружке митрополита Макария. Нет сомнения в том, что реформы 50-х годов XVI века представляли собою систему мероприятий, охвативших многие стороны московской ЖИЗНИ: местное управление в связи с различными формами самоуправления и с упорядочением служилого класса и поместного землевладения; податную организацию в связи с лучшим обеспечением служилых людей и с улучшением самой их службы; военное устройство, церковно-общественную жизнь, книжное дело и многое другое. Нет теперь спора о том, что Ливонская война Грозного была своевременным вмешательством Москвы в первостепенной важности международную борьбу за право пользования морскими путями Балтики. Упразднился старый взгляд на опричнину как на бессмысленную затею полоумного тирана. В ней видят применение к крупной земельной московской аристократии того «вывода», который московская власть обычно применяла к командующим классам покоренных земель. Вывод крупных землевладельцев с их «вотчин» сопровождался дроблением их владений и передачей земли в условное пользование мелкого служилого люда. Этим уничтожалась старая знать и укреплялся новый социальный слой «детей боярских», опричных слуг великого государя. Обнаружилась далее любопытная и важная черта в деятельности московского правительства в самую мрачную и темную пору жизни Грозного – в годы его политических неудач и внутреннего террора. Это – забота об укреплении южной границы государства и заселении «дикого поля». Под давлением многих причин правительство Грозного начало ряд согласованных мер по обороне своей южной окраины и как всегда проявило широкий почин, деловую энергию и уменье согласовать усилия администрации с содействием земских сил. Вместо старых представлений о последних годах жизни Грозного как о времени унылого бездействия и безумной жестокости пред историками развернулась картина обычной для Грозного широкой деятельности. Наконец, выяснение причин и проявлений социального кризиса, вызвавшего опустошение московского центра к 80-м годам XVI века, сняло лично с Грозного обвинение в том, что он по своей будто бы трусости и ничтожеству дал торжествовать над собою талантливому врагу Стефану Баторию. Выяснилось, что быстро развернувшийся кризис лишил Грозного всяких средств для продолжения борьбы и что его личное воздействие на ход событий вряд ли здесь допустимо.