Полученный в ответ приказ Ивана III развернул войско Холмского на помощь псковичам, против которых выступили главные новгородские силы под командованием степенного посадника Дмитрия Борецкого. Две армии – 5-тысячная московская и 40-тысячная новгородская – встретились на реке Шелонь, где 14 июля 1471 года и грянула битва. В этом сражении лишний раз подтвердилось правило, что побеждать следует отнюдь не числом, а ратной доблестью и умением. Переправившись через Шелонь, Холмский внезапной атакой обрушился на врага и опрокинул новгородское ополчение, в большинстве своем состоявшее из людей, «от рождения на конях не бывавших». Преследуя бегущих, москвичи уничтожили сопротивляющихся, пленили и разогнали по окрестным лесам остальных. Победа на Шелони предопределила полное торжество Москвы в этой войне.
Уже в следующем году Даниле Дмитриевичу пришлось отражать нападение хана Ахмета, правителя Большой Орды, на окском рубеже. В конце июня 1472 года в Москве узнали о начавшемся татарском походе на Русь и спешно стали собирать войска. 2 июля на южную границу их повел воевода Холмский. 30 июля поближе к месту боев в Коломну перебрался и сам великий князь Иван III. Принятые меры оказались вполне своевременными – татары большими силами пришли к городу Алексину, находившемуся между Калугой и Серпуховым и, несмотря на отчаянное сопротивление жителей, сожгли дотла эту небольшую крепость. Затем ордынцы попытались перейти Оку, но на их пути непреодолимой стеной встали подоспевшие к рубежу русские полки. В жарком бою воинство Ахмета было отбито от «Берега» и ушло назад в свои степи.
Следующий 1473 год Холмский встречал на другом рубеже. Псковичи, давно уже воевавшие с ливонскими рыцарями, начали переговоры с Орденом и отправили к Ивану III послов с просьбой поддержать их и прийти с войском либо самому, либо прислать к ним своего сына. Великий князь прислушался к мольбам псковичей, но направил к ним не сына Ивана, а лучшего воеводу – Данилу Холмского. Во главе большой московской рати князь пришел к Пскову и 7 января 1474 года заключил с устрашенными немцами выгодный для Русской земли мир на 30 лет. Псковичи так и назвали это выгодное для них соглашение – «Данильев мир». Именно тогда довольный своим воеводой Иван III пожаловал Холмскому боярский чин. Псковичи же поднесли ему в качестве дара 200 рублей, немалую по тем временам сумму.
Однако в том же 1474 году великий князь обрушил на Данилу Холмского свой гнев и опалу, обвинив его намерении бежать со всей семьей за границу. Вполне вероятно, что успехи воеводы вызвали зависть у других приближенных государя, поспешивших оклеветать шелонского героя. Возможно, свою роль сыграло и недовольство Ивана III псковичами, пожаловавшими Холмскому 200 рублей, а ему, великому князю, приславшими лишь 150. Воевода был взят под стражу, и только поручительство восьми бояр вернуло ему свободу (поручившиеся за Данилу Дмитриевича думцы обязались в случае бегства князя выплатить в казну 2 тысячи рублей). Выпущенный из заточения Холмский на кресте присягнул Ивану III, который удовлетворился этим и простил воеводу.
В 1477 году для князя настало время оправдать доверие государя, решившего окончательно покорить Новгород. На этот раз Передовой полк – ударную силу московской армии – возглавил младший брат Ивана III, Андрей Вологодский. Однако советником и помощником его стал Данила Дмитриевич, фактически и руководивший действиями передовой рати. Зная о намерении новгородцев сесть в осаду, князь со своими людьми совершил стремительный рейд через замерзшее озеро Ильмень и в ночь с 24 на 25 ноября 1477 года осадил город, захватив старую княжескую резиденцию на Рюриковом городище. Решительность этой атаки произвела в Новгороде сильное впечатление. Сразу же позабывшие о своих вольностях вечники приняли решение покориться великому князю и окончательно признали над собой власть Москвы.
Во время драматических событий 1480 года, когда пришел к Угре ордынский хан Ахмет, навстречу ему высланы были войска, которыми командовали наследник престола Иван Иванович Молодой и князь Холмский. Нет никаких сомнений, что именно Данила Дмитриевич распоряжался организацией обороны речных переправ. Впрочем, с Иваном Ивановичем они прекрасно поладили, наперекор воле Ивана III решив не отступать перед численно превосходящими силами врага. В 5-дневной битве на бродах русским воинам удалось остановить наступательный порыв татарских полчищ. В конце концов, Ахмету пришлось отвести свои поредевшие войска от московского рубежа. Так воевода Холмский оказался причастен к великому делу – окончательному освобождению Руси от злого татарского ига. Уже только благодаря этому имя его должно было сохраниться на скрижалях российской истории, знаменитому воеводе предстоял еще один славный подвиг.