Средняя Азия была завоевана монгольскими племенами под предводительством Чингиз-хана в первой половине XIII в. Ранее Чингиз-хан захватил Северный Китай, монгольские отряды под предводительством его старшего сына Джучи покорили народы, жившие по берегам верхнего Енисея, а полководец Хубилаи завоевал северное Семиречье. В 1218–1219 гг. монгольские войска, возглавляемые Джебе, захватили владения каракитаев в Семиречье и Восточном Туркестане и подошли к границам государства хорезмшахов, включавшего Хорезм, Мавераннахр, часть территорий нынешнего Ирана и Афганистана.
В начале 1220 г. под натиском монгольских войск пал Отрар, затем — Бухара и Самарканд. Десятки тысяч жителей и защитников этих городов были истреблены, многие обращены в рабство. Цветущие, богатые города, полуразрушенные в ходе боев, опустели: в Бухаре, например, были истреблены все защитники городской цитадели, укрепления превращены в руины, а город предан огню; в Самарканде осталась в живых едва ли четвертая часть населения.
После взятия Самарканда хорезмшах Ала ад-Дин Мухаммад бежал из Средней Азии, укрылся на одном из островов в южной части Каспийского моря и больше не предпринимал попыток защиты своих владений от завоевателей.
В последующие годы монгольские войска захватили все остальные территории государства Хорезмшахов, неся всюду разрушения, уничтожая или угоняя в рабство население. «Они никого не жалели, — пишет очевидец завоеваний Чингиз-хана арабский историк Ибн ал-Асир, — убивали женщин, мужчин, детей… Ни одного города татары не щадили, уходя, разрушали».
Как отмечал академик Б. Г. Гафуров, «монгольское завоевание принесло народам Средней Азии неисчислимые бедствия. В результате грабежей и пожаров города Мавераннахра превратились в груды развалин, трудовое население их подверглось массовому истреблению. Пришло в запустение и сельское хозяйство».
В первой трети XIII столетия, при жизни Чингиз-хана, монголами были завоеваны громадные территории, включая большую часть Средней Азии. В 1227 г. Чингиз-хан разделил захваченные территории между своими сыновьями. Земли Средней Азии к востоку от Амударьи достались второму сыну, Чагатаю (или Джагатаю), а западная ее часть. Восточный Иран и Северная Индия отошли во владение четвертому сыну—Тулую; к северу от Аральского и Каспийского морей простирались владения внука Чингиз-хана Бату, отец которого Джучи к тому времени уже умер; титул великого хана и обширные земли в Центральной и Восточной Азии получил Угедей.
После смерти Чингиз-хана (1227) его преемники продолжали завоевания, расширяя свои владения. Хулагу, сын Тулуя, в 50—60-е годы XIII в. завоевал Иран, Месопотамию и Сирию. В 1258 г. им был взят Багдад, а халиф ал-Мустасим из династии Аббасидов захвачен в плен и убит.
В первой половине XIV в., когда Ибн Баттута посетил Среднюю Азию, ее территория была разделена между владениями трех монгольских государств. Северо-западная часть, включая Хорезм, входила в состав Золотой Орды (Улус Джучи) со столицей в Новом Сарае (Сарай-Берке); здесь правил Узбек-хан (1312–1340). Юго-запад был частью государства Хулагидов, а восточные районы относились к Чагатайскому улусу. Однако фактически у власти во многих областях стояли полусамостоятельные феодалы, происходившие частью из династий Джучи, Чагатая и Хулагу, частью—из местных знатных родов. Ибн Баттута упоминает нескольких монгольских правителей. В Мавераннахре, Семиречье и Восточном Туркестане это были представители чагатайской династии: Кебек с 1318 по 1326 г… Элджигидей и Дува-Темюр в 1326 г. и Ала ад-Дин Тармаширин с 1326 по 1334 г. В правление последнего и посетил Ибн Баттута Среднюю Азию. Главой государства Хулагидов был ильхан («повинующийся великому хану») Абу Сайд (1317–1335). (не знаю, с какого это — но с тюркских языков «ильхан» буквально перекладывается как "хан народа", "хан державы" — HF)
Первым монгольским государем, перенесшим свою ставку на территорию Средней Азии (в Мавераннахр), был Кебек, выстроивший себе дворец близ г. Несефа (ныне Карши). Решение Кебека имело весьма важное значение, поскольку явилось шагом к переходу монгольских правителей с кочевого на оседлый образ жизни. Однако оно еще отнюдь не означало отказа от кочевой жизни вообще: Кебек проводил значительную часть времени (преимущественно летом) вне дворца. Даже его преемник Тармаширин, невзирая на зимнюю стужу, по свидетельству Ибн Баттуты, принимал путешественника в шатре.
Правление Кебека ознаменовалось проведением важных денежных и административных реформ, способствовавших развитию хозяйства в Чагатайском государстве. Денежная система была приведена в соответствие с теми, которые существовали в государстве Хулагидов и Золотой Орде; был налажен выпуск новых монет — динаров и дирхемов (6 дирхемов равнялись одному серебряному динару весом более 8 г), которые чеканились в основном в Бухаре и Самарканде. При Тармаширине интенсивный чекан серебряной монеты осуществлялся в Отраре.