В этих условиях сопротивление сталинизму принимало пассивные формы или обращения к международному рабочему движению. К ним прибегали, в первую очередь, сотрудники советской внешней и военной разведки, а также дипломаты И. Рейс, В. Кривицкий, А. Бармин, Ф. Раскольников и др. Шла постоянная ротация партийных и советских кадров. Документы свидетельствуют, что только в 1937 г. в среднем 4-5 раз сменилось руководство краевых, областных и республиканских партийных и советских органов. 20 июля 1937 г. Политбюро ЦК ВКП(б) на своем заседании инициировало начало массовых репрессий. Их основу составляли оперативные приказы Наркома внутренних дел Н. И. Ежова, согласно которым началась подготовка и проведение операций по арестам и репрессиям отдельных категорий граждан СССР. Делом о военно-фашистском заговоре М. Н. Тухачевского, И. Э. Якира, И. П. Уборевича и других начальствующих лиц в РККА в июне 1937 г. началась массовая чистка в РККА. 31 июля Политбюро утвердило представленный НКВД проект приказа о репрессиях против кулаков, уголовников и антисоветских элементов. При организации и проведении операций всех репрессируемых разбили на две категории. К первой относили наиболее враждебные элементы. Они подлежали немедленному аресту и по рассмотрении их дел на «тройках» – расстрелу. Ко второй категории относили менее активные враждебные элементы. Они подлежали аресту и заключению в лагеря на срок от 8 до 10 лет, а наиболее злостные и социально опасные из них – заключению на те же сроки в тюрьмы. Следствие требовалось проводить ускоренно и в упрощенном порядке с обязательным выявлением преступных связей арестованных. По окончании следствия дело направлялось на рассмотрение «тройки». Был утвержден персональный состав республиканских, краевых и областных «троек». «Тройки» вели протоколы своих заседаний, в которых записывали вынесенные ими приговоры в отношении каждого осужденного. Эти документы направлялись начальникам оперативной группы для приведения приговоров в исполнение. Общее руководство по проведению операций возлагалось на заместителя наркома НКВД СССР М. П. Фриновского. Это был самый жестокий приказ за весь период проведения репрессивной политики. Согласно представленным учетным данным, утверждалось количество подлежащих репрессиям. Устанавливался так называемый лимит на расстрел. Всего этим приказом планировалось подвергнуть аресту 258 950 человек. Кроме того, для ретивых начальников было сделано примечание, что «наркоматы республиканских НКВД и начальники краевых и областных управлений НКВД обязаны предоставлять… в случае если обстановка будет требовать увеличения утвержденных цифр соответствующие мотивированные ходатайства». Это вызвало среди начальников-карьеристов УНКВД своеобразное соревнование за перевыполнение установленных им лимитов. Оно поощрялось Н. И. Ежовым. Тот из начальников УНКВД, кто быстрее реализовывал данный ему лимит, получал новый дополнительный лимит и рассматривался как работник, который лучше и быстрее других выполнял директивы Н. И. Ежова. Выдача дополнительных лимитов, как правило, удовлетворялась по согласованию с ЦК ВКП(б).
Однако при разработке операции, по-видимому, забыли про транспортные отделы. В связи с этим 1 августа 1937 г. всем начальникам шести отделов УНКВД и начальникам Дорожно-транспортного отдела ГУГБ также давалось задание арестовать предусмотренный Приказом НКВД СССР № 00447 контингент на транспорте. Разрешалось заводить и оформлять дела на «тройках» в пределах обслуживания дорог. В связи с началом проведения операции Вышинский обязал прокуроров союзных и автономных республик, краев и областей, автономных областей, военных округов, железных дорог ознакомиться с оперативным приказом № 00447. В соответствии с ним для контроля за законностью прокуроры обязывались присутствовать на заседаниях «троек» даже там, где они не были введены в их состав. В то же время оговаривалось, что соблюдение процессуальных норм и санкций на арест не требовалось, а решение «троек» являлось окончательным. А. Я. Вышинский требовал от прокуроров активного содействия успешному проведению операции. Репрессиям подлежали также и лица, находящиеся в местах лишения свободы.
Так, с 10 августа предлагалось начать и в двухмесячный срок закончить операцию по репрессированию наиболее активных антисоветских элементов из бывших кулаков, карателей, бандитов, белых, сектантских активистов, церковников и прочих контрреволюционеров, ведущих в лагерях активную антисоветскую подрывную работу. Кроме того, репрессиям подлежали и уголовные элементы, содержавшиеся в лагерях и ведущие там преступную деятельность. Весь перечисленный выше контингент после рассмотрения его дел в «тройках» подлежал расстрелу без дальнейшего согласования. Приговоры «троек» объявлялись только осужденным по второй категории. Приговоренным по первой категории – к расстрелу – они не объявлялись, чтобы не создавать лишних проблем при приведении приговора в исполнение.