В сентябре 1899 г. «Петропавловск», на котором продолжал службу офицер Колчак, вновь ушел на Дальний Восток, но уже через Средиземное море, далее — через Суэцкий канал и Индийский океан. Во время плавания корабль посетил греческий порт Пирей, где Колчака ждала телеграмма за подписью Матисена с просьбой принять участие в русской полярной экспедиции, которую организовывала Российская Академия наук, определив начальником барона Эдуарда Васильевича фон Толля. Незадолго перед этим Э. В. фон Толль входил в научную группу под руководством С. О. Макарова, плававшую на «Ермаке». И, вернувшись, стал активно вести подготовку к собственной экспедиции к загадочной Земле Санникова, которую, по его словам, он видел с северо-западного мыса острова Котельный еще в августе 1886 г., когда участвовал в экспедиции А. А. Бунге. Определив тогда же ее примерные координаты, он запишет в дневнике: «Мы вправе, следовательно, нанести в соответствующем месте на карту пунктирную линию и надписать на ней: Земля Санникова». В тот раз его проводниками были два эвена (ламута), которых звали Джергели и Омунджа, — знатоки Новосибирских островов. Один из них к большой радости фон Толля подтвердил, что уже не раз с того же острова Котельного видел на севере в отдалении некую землю.
Следующее посещение бароном тех мест в составе научной экспедиции, снаряженной Русской Академией наук, было в 1893 г. В задачу исследователей входили поиски трупа мамонта, обнаруженного звероловами у Святого Носа, а также организация на острове Котельном склада с продовольствием для одной из полярных экспедиций. И вновь барон видит загадочную Землю Санникова! Между прочим, в сопровождении все тех же «старых друзей», как он называл эвенов. На сломе эпох барон, как никогда прежде, мечтал покорить видение…
В начале 1900 г. лейтенант А. В. Колчак прибыл в северную столицу, где Толль предложил ему должность второго штурмана (помощника командира) экспедиционного судна. Одновременно на него возлагались обязанности магнитолога, гидрографа, гидролога. С целью освоения специальности магнитолога, он посещает специальные курсы в Петропавловской магнитной обсерватории и Главной физической лаборатории в Санкт-Петербурге; проходит практику в Норвегии у Фритьофа Нансена. Там, в Норвегии, к талантливому офицеру и подающему надежды ученому начали впервые присматриваться агенты Ордена, которые находились в окружении знаменитого норвежского исследователя.
Для экспедиции барона фон Толля прибрели деревянную трехмачтовую парусно-паровую шхуну грузоподъемностью 450 тонн, названную «Заря». Шхуна была переоборудована с учетом плавания в арктических широтах и, прибыв в первых числах мая из Норвегии в Санкт-Петербург, ошвартовалась у Морского кадетского корпуса. Шхуну перед ее ответственным походом посещали моряки, ученые, специалисты. Подготовка к плаванию широко освещалась в печати.
…О загадочной Земле Санникова немало толковали еще в начале XIX века по всей империи. Молва гласила, что со склонов необитаемых островов Восточно-Сибирского моря кто-то из редких путешественников видел горные вершины далекого острова. Впервые эту землю-мираж увидел сибирский промышленник и исследователь Яков Санников в 1810 г., и с той поры она не давала покоя многим людям Руси, сильным духом и с пытливым умом. Доверие к сообщению Якова Санникова возникло хотя бы потому, что еще в 1800 г. он открыл и описал остров Столбовой, в 1805-м — остров Фаддеевский. В 1808–1810 гг. он принимал участие в экспедиции Матвея Матвеевича Геденштромма (из обрусевших немцев; впоследствии историки умышленно «потеряли» одну из двойных «м», характерных для исконно немецких фамилий, чтобы получить еврейское звучание), проводившейся для съемок и исследований Новосибирских островов. Тогда же Геденштромм вместе с землемером Кожевиным и геодезистом Пшеницыным картировал около 200 км береговой линии.
После того как Колчак получил телеграмму от барона, он дал согласие на участие в экспедиции, и его прикомандировали распоряжением его высочества великого князя Константина Константиновича к Императорской академии наук.
Великий князь всецело поддерживал мысль о важнейшей будущности Ледовитого океана и Северного морского пути, который является ключом к богатствам Сибири и Востока.
К тому же президент Императорской академии наук — его высочество великий князь Константин Константинович самым серьезным образом изучил проект по освоению