Время вынужденного отдыха Колчак использовал для оформления своих научных исследований, представив в Императорскую Академию наук официальную часть отчета, которая известна по публикациям. Одновременно он стал готовить монографию, получившую название «Лед Карского и Сибирского морей» (вышла в 1909 г. в «Записках Императорской Академии наук»).
В северной столице он вошел в узкий круг морских офицеров, имевших намерения ввести новации в Русский флот, который потерпел поражение в Русско-японской войне.
Спустя многие годы — не станем пока говорить, при каких обстоятельствах, — Александр Васильевич поймет всю нелепость и политическую незрелость того узкого круга морских офицеров, которые по юности стремились воссоздать и научно реорганизовать Русский флот. Они были очень далеки от действительных событий, связанных с русско-японской войной и с подготовкой к революции в империи. Наивность сродни юношескому порыву, искренняя вера в возможность только одними талантами своими выправить ошибки и поражения в Русско-японской войне, до последних часов своей жизни Колчак вспоминал с безутешной, исступленной горечью.
Не единожды он перебирал в памяти все новые и новые нюансы, прочно занимавшие свое место в ясно увиденном им ряду чудовищного заговора против его Отчизны; всех этих казавшихся тогда не опасными мракобесов, разбрасывающих листовки по кубрикам и даже по лагерным баракам там, в Японии… Всех этих фанатов, посверкивающих очами, пламенно взывающих к скорой революции и смене власти.
Нельзя наверняка сказать, кого именно из психопатов и агентов, находясь в плену, видел Александр Васильевич. Однако паломничество в Японию для «просвещения» русских офицеров и солдат было массированным, настырным и, казалось, бесконечным. И как тут не привести прелюбопытнейшие сведения о некоем заслуженном большевике Н. Судзиловском (1850–1930), получившем при новой власти — в виде исключения!!! — пенсию Советского правительства как… заграничный пенсионер! Да, заслужил. Однако «благодарная» власть, словно отмежевываясь от преступных дел великого большевика, не включает сведения о нем ни в одну энциклопедию, даже в «Советскую историческую», где отдается предпочтение кратким рассказам обо всех сколько-нибудь значимых революционерах. Не отклонимся ли мы при этом от повествования? — нет, нет и нет.