В 1526 г. Макарий из Лужецкого монастыря был переведен в Новгород, его поставили на очень ответственную и древнюю архиерейскую кафедру Московской митрополии, сделав архиепископом Великого Новгорода и Пскова. Уехав в Новгород, Макарий сделал крупный вклад в можайскую обитель, на который между 1526–1542 гг. были построены каменные собор и трапезная с храмом. Архитектурный ансамбль монастыря был в основном закончен в последней четверти XVII в., позже его здания лишь частично перестраивались, в том числе восстанавливались после большого пожара 1732 г. Лужецкий монастырь, как и весь Можайск, служил военной крепостью. Цари понимали это и способствовали его укреплению. Так, он был серьезно укреплен в царствование Бориса Федоровича Годунова. Монастырь защищал Можайск и Москву, при этом он сам не раз становился жертвой врагов России. Его несколько раз разоряли литовцы и поляки. В 1812 г. монастырь осквернили солдаты и офицеры армии Наполеона. После этих и других разрушений Лужецкий монастырь всегда отстраивался. Его закрыли в 1926 г., и в нем началось осквернение святынь уже руками соотечественников, сторонников советского режима. Провели кощунственное вскрытие мощей основателя монастыря – святого Ферапонта Белозерского. Сломали и храм преподобного Ферапонта. В монастырских зданиях в разные годы размещались фурнитурная фабрика, цех завода медицинского оборудования, общежитие, лагерь для военнопленных фашистов и лагерь НКВД. Реставрация в монастыре началась в 1960-е гг. Мужской Лужецкий монастырь был возрожден в 1993 г.