В 1698 г. неподалеку от села Воскресенское войска Петра I (под начальством генерала Гордона и воеводы Шеина) сошлись в битве с восставшими стрельцами. Стрелецкие отряды шли от литовской границы к Москве, но были разбиты и захвачены в плен.
При Екатерине II село Воскресенское получило статус города. В 1805 г. деревянную церковь Воскресенска заменили на каменную. Главным образом город жил за счет обслуживания огромного потока богомольцев (паломников), приезжавших в Новоиерусалимский монастырь. В 1857 г. вблизи Воскресенска построили первую в этих местах небольшую текстильную фабрику.
В 80-х годах XIX в. в Воскресенске жил брат А.П. Чехова – Иван Павлович Чехов. Он работал учителем и заведовал приходским училищем. Антон Павлович приезжал к брату отдыхать и собирать материал для своих рассказов. Воскресенск и его окрестности отражены в таких его рассказах, как «Горе», «Хирургия», «Детвора», «Токарь», «Беглец», «Экзамен на чин» и др. В 1954 г. в городе установлен памятник писателю.
В 1848 г. в Воскресенске открылось первое частное учебное заведение – приходское училище. В 1901 г. вблизи города прошла Виндаво-Рыбинская железная дорога, что способствовало его промышленному развитию. В советский период промышленное развитие города ускорилось, но в нем преобладают небольшие предприятия местного значения, правда, ведутся и работы по планам ВПК в аспекте выполнения ракетно-космических разработок. Большой интерес представляет областной краеведческий музей.
Во время Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. город Истра был сильно разрушен. В послевоенный период Истру восстанавливали по проекту, разработанному выдающимся русским архитектором академиком Александром Викторовичем Щусевым (1873–1949).
Самые интересные страницы истории Истры – Воскресенска связаны с Воскресенским Новоиерусалимским Истринским мужским монастырем, выдающимся памятником архитектуры, духовным и культурным центром. В его создании принимали участие лучшие архитекторы, резчики, живописцы, керамисты (В.В. Растрелли, Я.Г. Бухвостов, М.Ф. Казаков, К.И. Бланк, Петр Заборский, Сергей Турчанинов, Степан Полубес, Клим Михайлов и др.). Собственно, сам Воскресенск (сначала село, затем город) образовался вокруг монастыря. С этим монастырем связаны имена многих исторических личностей: Петра I, его отца – царя Алексея Михайловича, императрицы Елизаветы Петровны и патриарха Никона, а также семьи Суворовых, Г.Р. Державина, М.Ю. Лермонтова и др.
Первоначально монастырь назвали Воскресенским, что на Истре. В одном из писем к патриарху Никону царь Алексей Михайлович назвал его Новым Иерусалимом, так это название за ним и осталось. Основал монастырь мордвин по национальности патриарх Никон (Никита Минович Минов, Минич, 1605–1681 гг., патриарх 1652–1662 гг.; в 1658 г. он сам оставил патриаршество) в 1656 г., который создал его как главную обитель Русской православной церкви, чтобы пропагандировать и утверждать идею «Москва – Третий Рим». Патриарх Никон хотел построить под Москвой «русский Иерусалим», подобие всемирно известного палестинского – главной святыни христианства. Ряду ближайших к монастырю мест Никон дал библейские имена, напоминающие старый Иерусалим: «река Иордан» – Истра, «гора Фавор» – крутой берег Истры, «Гефсиманский сад» – соседняя роща, «Скудельничье село» – село Никулино, «Мамврийский дуб» – дуб у монастыря и т. п. Главный храм монастыря – Воскресенский собор задуман как копия Иерусалимского храма. Проект собора создал сам Никон. В 1681 г. Никона похоронили в Иоанно-Предтеченском приделе Воскресенского собора. Построили его в 1658–1685 гг. В 1723 г. каменный шатер ротонды рухнул и был восстановлен в 1756–1761 гг. в дереве московским зодчим К.И. Бланком. Интерьер собора был выполнен по проекту В.В. Растрелли. В создании и украшении храма также принимали участие М.Ф. Казаков и А.Н. Воронихин.
В XIX – начале XX в. Новый Иерусалим ежегодно посещали 35 тысяч человек. В 1918 г. монастырь упразднили, его имущество национализировали. В 1918 г. в нем организовали небольшой музей, в 1921 г. в нем открыли Государственный историко-художественный и краеведческий музей (название с 1925 г.). В 1941 г. сгорел деревянный шатер над ротондой и была разрушена колокольня. Отступая в 1941 г., гитлеровцы взорвали монастырь. Факт варварского разрушения монастыря был одним из пунктов обвинительного заключения на Нюрнбергском процессе. После войны началась реставрация монастырских строений. В 1994 г. монастырь возродился. Его главной святыней являются мощи мученицы Татияны; большим почитанием пользуется вода из безымянного источника (Святой колодец).