Завоевав северную часть владений Тимуридов, Мухаммад Шейбани-хан в мае 1507 г. со своими военными силами переправился через Амударью, вступил в пределы Хорасана и захватил Герат, Астрабад, Гурган и другие города. Победное шествие Шейбани-хана по обширным владениям Тимуридов было остановлено войсками иранского шаха Исмаила I (правил в 1501–1524 гг.), нового противника Шибанидов на юге. Решительная битва между Шейбани-ханом и Исмаил-шахом произошла близ Мерва в ноябре 1510 г. Узбекское войско потерпело полное поражение, сам Шейбани-хан, заманенный военной хитростью в ловушку, погиб. Его голова была отделена от туловища и принесена к шаху-победителю Исмаилу; кожа с головы Шейбани-хана была содрана, набита соломой и послана военному сопернику шаха, турецкому султану Байазиду II (правил в 1481–1512 гг.), а череп был оправлен в золото и служил шаху вместо кубка при питье вина на пирах. Изуродованный и лишенный головы труп Шейбани-хана все-таки был отбит узбеками, перевезен в Самарканд и похоронен во дворе заложенного им медресе (Веселовский, 1897, с. 3–11; Семенов, 19 546, с. 39–83; МИКХ, т. 2, с. 39–51, 53–56; Мукминова, 1966, с. 15–20]. Так трагически завершился жизненный путь одного из самых знаменитых потомков Шибана, сына Джучи-хана. В результате поражения Шибаниды потеряли Хорасан, но сохранили власть в Мавераннахре.
У Мухаммада Шейбани-хана было три сына: Тимур-султан, Хуррамшах-султан и Абу-л-Хайр-султан; так по „Михман-наме-йи Бухара“, которая завершена Ибн Рузбиханом в 1509 г. Согласно „Шараф-наме-йи шахи“ Хафйз-и Таниша (конец XVI в.), „Бахр ал-асрар“ Махмуда ибн Вали (XVII в.), „Тарих-и Муким-хани“ Мухаммада Юсуфа Мунши (начало XVIII в.), сыновей Шейбани-хана звали: Тимур-султан, Хуррамшах-султан, Суюнч-Мухаммад-султан. Прямые потомки самого Шейбани-хана никогда и нигде не правили. Верховным правителем Мавераннахра, после гибели Мухаммада Шейбани и кратковременного ханствования Суюнчи-Ходжа-султана, был провозглашен престарелый Кучум (Кучкунджи) — султан, сын Абу-л-Хайр-хана, не отличавшийся никакими талантами и бывшим „ханом только по имени“ [Зубдат ал-асар, л. 936–956; Бартольд, т. 8, с. 137–141]. В эти смутные годы потомки Абу-л-Хайр-хана потеряли еще часть своих владений на севере, и там образовалось новое ханство. Случилось это так.
В 1505 г. Шейбани-хан завоевал Хорезм (Хиву) — область в нижнем течении Амударьи, которая тогда входила в состав империи Тимуридов. В 1510 г., когда Шейбани-хан пал в битве под Мервом, Хорезм перешел во власть персидского шаха Исмаила I, но не надолго. В 1511 г. братья Илбарс и Билбарс (о них см. выше, раздел 2), сыновья Буреке-султана, тоже Шибанида, но политического соперника дома Абу-л-Хайр-хана, выступили со своими приверженцами из Восточного Дешт-и Кипчака, изгнали наместника иранского шаха и утвердились в Хорезме, основав там независимое узбекское государство, известное в науке как Хивинское ханство (Абу-л-Гази, т. 1, с. 194–206; Веселовский, 1877, с. 96–102). Господство этой династии (особой ветви потомков Шибана, сына Джучи-хана) в Хорезме длилось до 1106/1694–95 гг. Кстати, знаменитый историк — хан Абу-л-Гази, на сочинение которого столь часто сделаны ссылки в настоящей работе, из этой династии: он правил в Хорезме в 1645–1663 гг. и сам написал историю своих предков и страны.
Завоевание государства Тимуридов кочевыми племенами Дешт-и Кипчака, известными под общим собирательным названием