15 июня 1846 года Г. И. Невельской был произведен в капитан-лейтенанты и начал сразу же добиваться назначения в воды Тихого океана. Нужно сказать, что еще во время пребывания в корпусе ему стали известны соображения Петра I о важном значении Амура и его устья для России. Невельской заинтересовался амурской проблемой, изучил всю относившуюся сюда литературу и пришел к выводу, что такая большая река, как Амур, не может бесследно теряться среди песков, как бы велики те ни были, что из Амура должен существовать выход в море, доступный и для судов с большой осадкой. С другой стороны, и, соображения посетивших Татарский пролив и Амурский лиман Лаперуза, Браутона, Крузенштерна и Гаврилова о существовании перешейка между материком и Сахалином казались ему неубедительными, поскольку никто из них не пересекал ни с севера на юг, ни с востока на запад. В общем всё было противоречиво, двусмысленно, недоговорено. Нужны были новые, вполне достоверные факты, а такими Невельской не располагал. Добывать их надо было самостоятельно. Для осуществления своей мечты он и стал проситься на Дальний Восток.
Старания его увенчались успехом, и Невельскому было поручено командование транспортом «Байкал», на котором в Петропавловск Камчатский следовало доставить ряд грузов военного назначения.
С готовыми идеями и планом изучения устьев Амура Невельской, получив назначение, обратился к тогдашнему начальнику Главного морского штаба князю А. С. Меньшикову и просил разрешения по прибытии на Камчатку отправиться на «Байкале» в Амурский лиман для описных работ.
Меньшиков, сославшись на уже состоявшееся постановление Особого комитета о передаче Амура Китаю и на тот факт, что опись его как китайской реки "повлечет нежелательную для министра иностранных дел Нессельроде неприятную переписку с китайским правительством", отказался дать такое разрешение, отметив, что кредиты Невельскому отпущены только на год и что поэтому, прибыв в Петропавловск осенью 1849 года, он не будет иметь ни времени, ни средств для осуществления своих предложений.
Одновременно, по совету Меньшикова, он обращается к незадолго перед тем назначенному генерал-губернатором Восточной Сибири Н. Н. Муравьёву, в ведении которого находились порты Тихого океана. В разговоре с Муравьёвым Невельской повторил ему свои соображения, уже изложенные Меньшикову. Муравьёв сочувственно отнесся к его планам и идеям, но помочь отказался, мотивируя тем, что все убеждены в недоступности Амура с моря, что в этом убедили и Николая I, который даже сказал: "для чего нам эта река, когда положительно уже доказано, что входить в ее устье могут только одни лодки".
Однако Невельской в словах Меньшикова о недостатке времени и средств усмотрел для себя выход: надо было выиграть время для экономии средств и, следовательно, напрячь все усилия, чтобы добиться скорейшего выхода в плавание находившегося тогда еще на стапелях в Гельсингфорсе «Байкала». Невельской добился того, что судно гораздо раньше срока было спущено на воду и 20 июля уже пришло в Кронштадт. Он вновь докладывает изумленному такой быстротой Меньшикову о готовности судна к плаванию и снова умоляет дать ему просимое разрешение для исследований и описи Амурского лимана, или, в крайнем случае, даже только юго-западного берега Охотского моря, откуда, если это потребуется, всегда можно будет Официально объяснить, что он был занесен в Амурский лиман течениями и нередкими здесь свежими ветрами. Поддержанный Муравьёвым и министром внутренних дел Л. А. Перовским, он добивается согласия Меньшикова составить проект инструкции.
В этом проекте Невельской между прочим ставил вопрос о необходимости описать юго-западный берег Охотского моря до устья Амура и самое устье, а также северо-восточный берег Сахалина до 52° северной широты. Однако Меньшиков все это вычеркнул, написав в своей инструкции весьма неопределенно, что Невельскому разрешается"…осмотреть юго-западный берег Охотского моря между теми местами, которые были определены или усмотрены прежними мореплавателями". Но ведь Крузенштерн был в лимане, Гаврилов был также в нем и заходил даже далее, поднявшись на 12