В начале ноября 1856 года мы видим его уже в С.-Петербурге, где, представляясь незадолго перед тем вступившему на престол Александру III он услышал от него, что Россия никогда не забудет его заслуг. Однако это было совсем не так. Геннадия Ивановича если и вспоминали, то весьма своеобразно. Его травили в печати и в аристократических кругах за якобы лживое утверждение о доступности Амурского лимана для морских кораблей, утверждали, что введенные в устье реки и прибывшие туда из Петропавловска суда не могут выйти оттуда из-за мелководья, за то, что якобы по его вине погиб фрегат "Паллада", взорванный в Императорской Гавани по распоряжению В. С. Завойко и не введенный в Амур из-за того же мелководья. Он боролся, писал, опровергая измышления своих противников, но не мог преодолеть тайных недоброжелателей, когда явные должны были отступить перед фактами, по мере того как флот был выведен в океан, а подлинные причины, почему "Паллада" не была введена в Амур {В этом был виноват Муравьёв; он забрал для следования в Аян единственное из имевшихся в то время в устье Амура паровых судов -- шхуну "Восток" и затем, несмотря на обещание прислать ее обратно в Амурский лиман для буксировки по нему "Паллады", послал её на Камчатку. Только поэтому "Паллада" и не была введена в устье Амура.}, -- становились общеизвестными. Он был один, а недоброжелателей было много. Его заслуги были слишком очевидны, поэтому, не имея надежды их опровергнуть, о нем старались просто не говорить.
Возникает вопрос, почему же так не любили и держали в чёрном теле Невельского, почему у него было так много недоброжелателей?
Дело тут, понятно, не только в самостоятельности действий и мнений Невельского и оскорбленном самолюбии министров и руководителей Российско-Американской компании, которым он немало причинил неприятностей своими жалобами на их непонимание действительности и ущемление интересов Родины и работников Амурской экспедиции, но, главным образом, в том, что им наглядно была доказана совокупность их ошибок в Амурском вопросе. Таких уроков не могли простить, и этим объясняется травля, поднятая против него по возвращении в С.-Петербург.
Но было и нечто большее, почему правительство неблагосклонно смотрело на Невельского. В этом отношении он разделил судьбу многих замечательных деятелей русского флота, как, например, его современника П. С. Нахимова или жившего позднее адмирала С. О. Макарова. Невельской был слишком мало дипломатом и меньше всего заботился о соблюдении "дипломатических" тонкостей, ставя на первое место интересы дела и науки. Здесь, с точки зрения правительства, он был слишком прямолинеен и потому опасен. Нам кажется, именно в этом и заключается корень последующих неблагоприятных событий, постигших Невельского.
Прошло два года. В 1858 году в Пекине китайским богдоханом был ратифицирован Айгунский трактат, подписанный Н. Н. Муравьёвым и утверждавший за Россией право на владение левым берегом Амура. Невельского не могли не вспомнить. Но в то время как Муравьёв получил большие награды, контр-адмирал Невельской был награжден всего лишь орденом Анны 1-й степени и пенсией в 2 000 рублей. Почти такую же награду получил и председатель Российско-Американской компании генерал Политковский, заслуги которого в разрешении амурской проблемы более, чем сомнительны, поскольку руководимая им Компания только то и делала, что по любому поводу вставляла палки в колеса Невельскому. Таким образом, успешная деятельность Невельского, закончившаяся присоединением к России без единого выстрела огромного края, была оценена наравне с личностями, доставлявшими ему как начальнику экспедиции больше хлопот и неприятностей, чем помощи. Недоброжелательству влиятельных лиц следует приписать забвение бесспорных заслуг Невельского, который имел полное право на иное отношение к себе своих современников. А между тем, если бы инициатива действия на Амуре исходила от одного Муравьёва, как доказывали его панегиристы, то на каком же тогда основании разжалован был в матросы один капитан 1-го ранга Г. И. Невельской, а не генерал-лейтенант Муравьёв, приказания которого в качестве слепого исполнителя его воли должен был выподнять Невельской.