Известия о славной Петропавловской победе Завойко Невельской получил в Николаевске. Но радуясь этой победе, начал беспокоиться о ее последствиях. Он предвидел, что, несмотря на блестящие подвиги защитников Петропавловска, отстоять его в случае следующего нападения большими силами противника будет трудно. Недостаток провианта, боеприпасов, а главное, значительная удаленность и изолированность Камчатки от материка и главных сил — все это могло поставить важный и удобный во всех отношениях порт Петропавловска и размещенную в нем Сибирскую флотилию в критическое положение, под удар. Заперев флотилию в узкой бухте Петропавловска, противник мог ее уничтожить огнем своих фрегатов. Г. И. Невельской убеждал Н. Н. Муравьева в необходимости временного оставления порта и сосредоточения флотилии в непривычном для противника укромном месте типа Николаевска или вообще на Амуре. Муравьев понял и оценил доводы Невельского, и ранней весной 1855 г. по его приказу суда Сибирской флотилии, погрузив имущество порта, оставили Петропавловск. Предвидения Г. И. Невельского полностью оправдались. Война продолжалась, и англо-французская эскадра, желая взять реванш за прошлогодний позор, подошла с большими силами к Петропавловску. Там неприятеля ждали пустые магазины и склады. Уничтожив их, вражеская эскадра начала поиски Сибирской флотилии.
Два передовых корабля противника настигли эскадру адмирала Завойко в заливе Де-Кастри, развернулись и ушли известить свою эскадру. Всего через 11 часов грозная вражеская эскадра подошла к заливу, флагманский пароход влетел в залив с целью осмотреть расположение наших судов. И никого не нашел… Наших судов там уже не было. Завойко их благополучно провел через Татарский пролив в Амурский лиман. Разъяренный промахом противник, уверенный в том, что Сахалин является полуостровом, что вход в лиман с юга невозможен, блокировал именно эту часть лимана до наступления холодов в конце октября в ожидании прихода русских судов в залив Де-Кастри на зимовку. Не дождавшись этого, соединенная эскадра снялась с якорей и ушла на юг…
Генерал-губернатор Восточной Сибири Н. Н. Муравьев прибыл летом 1855 г. в Мариинский пост с предписанием Г. И. Невельскому: 1) Амурская экспедиция заменяется управлением камчатского губернатора контрадмирала Завойко, местопребыванием которого назначается Николаевск; 2) Г. И. Невельской назначается начальником штаба при главнокомандующем всеми морскими и сухопутными силами Приамурского края; 3) все чины, состоящие в Амурской экспедиции, поступают под начальство контрадмирала Завойко; 4) главной квартирой всех наших войск назначается Мариинский пост.
Г. И. Невельской сдал экспедицию адмиралу В. С. Завойко, представил генерал-губернатору отчет о деятельности
Амурской экспедиции за 1850–1855 гг. и в конце 1856 г. возвратился в Петербург. Закончился главный этап жизни и деятельности Г. И. Невельского. Ушли его лучшие годы…
Труды Г. И. Невельского были отмечены многими Высочайшими милостями: за основание Петровского зимовья и за опись лимана реки Амур он получил в 1850 г. орден Св. Владимира 4-й степени; за основание постов. Александровского, Мариинского, Константиновского, Ильинского и Муравьевского — орден Св. Анны 2-й степени с императорской короной; за открытие сообщения между заливом Де-Ка-стри и Амуром — орден Св. Владимира 3-й степени; 26 августа 1854 г. произведен в контр-адмиралы; 26 августа 1956 г. Невельскому был пожалован орден Св. Анны 1-й степени и пенсион в 2000 рублей в год; 6 декабря 1866 г. он был награжден орденом Св. Анны 1-й степени с императорской короной, а 17 апреля 1870 г. — орденом Св. Владимира 2-й степени; 1 января 1864 г. произведен в вице-адмиралы, а 1 января 1874 г. — в адмиралы.
С осени 1856 г. дальнейшая деятельность нашего героя протекала вдали от присоединенного им к России Приамурья, в Морском ученом комитете в Петербурге. Одновременно он участвовал в работе Общества для содействия русскому торговому мореходству и был председателем петербургского отделения этого общества.
Многие описатели жизни и деятельности адмирала оставляли в тени его замечательные личные качества, которые он пронес через всю свою жизнь и которые передал своим молодым соратникам. Это — справедливость и демократичность, свойственные лучшим сынам нашего Отечества. Именно такое отношение к своим подчиненным определило успех Амурской экспедиции.