В первой половине сентября четыре лодки «каноэ» поставили тридцать две донные мины с магнитными взрывателями на путях наиболее оживлённого торгового судоходства. Два минных заграждения, установленные у Дувра и Хартпула, успеха не принесли. Зато на минах, поставленных лодкой U31 под командованием Карла Даублебски фон Эйххайна у Ордфорднесса, подорвались три судна общим тоннажем 15.967 т, а на минах, поставленных лодкой U15 под командованием Хайнца Бухгольца у мыса Фламборо-Хед, подорвались два судна общим тоннажем 4274 т. Все эти суда затонули.
Остальные подводные лодки находились на боевом патрулировании. Две лодки «каноэ» U9 и U19 патрулировали у северо-восточного побережья Шотландии, лодка U14 дежурила у входа в залив Скапа-Флоу, а лодка U20 находилась в Норвежском море у Нарвика за Северным полярным кругом. Другие лодки патрулировали в проливах Каттегат и Скагеррак.
Максимальная продолжительность патрулирования подводной лодки «каноэ» (определявшаяся запасами топлива) составляла восемнадцать дней. Некоторые лодки «каноэ» отправлялись на боевые позиции прямо из Вильгельмсхафена, другие сначала шли в Киль Кильским каналом. Часть лодок «каноэ» базировалась в Киле, откуда они шли в Северное море проливами Скагеррак и Каттегат. Каждое новое патрулирование требовало предварительного ремонта, переоборудования и переукомплектования длительностью не менее недели — в случае если подводная лодка не нуждалась в более серьёзном ремонте. В сентябре 1939 года лишь несколько лодок «каноэ» дважды находились на патрулировании.
Северное море и в годы войны было районом оживлённого торгового судоходства. Морские просторы бороздили не только суда под английским флагом, но и под флагами многих нейтральных стран: Норвегии, Дании, Швеции, Финляндии, Эстонии, Латвии, Литвы и ряда других. Многие суда перевозили не только оружие, но и топливо, сырьё, продовольствие. Вместе с тем всё ещё действовали призовые законы. Тихоходные малые подводные лодки «каноэ» не были приспособлены для соблюдения процедур, предусмотренных призовым правом. На их долю оставалось атаковать военные корабли, подводные лодки и суда, эскортировавшиеся силами охранения.
Найти подходящую для атаки цель было непросто. В сентябре подводные лодки «каноэ» не потопили ни одного военного корабля, хотя лодка U21 под командованием Фрица Фрауенхайма и лодка U24 под командованием Удо Беренса и пытались дать бой у северо-восточного побережья Шотландии английским эсминцам, а лодка U14 под командованием Хорста Вельнера и лодка U22 под командованием Вернера Винтера пробовали расправиться с неприятельскими подводными лодками.
До 22 сентября «каноэ» ограничились уничтожением лишь одного торгового судна: лодка U7 под командованием Вернера Хайделя потопила английское грузовое судно «Эйкенсайд» тоннажем 2700 т, совершавшее одиночное плавание. Ещё одну цель — английское каботажное судно «Труро» вместимостью 1000 т — поразил Вильгельм Фролих, командир подводной лодки VII серии U36.
Тем временем поток запрещённых грузов, перевозимых по Северному морю, с каждым днём возрастал. 23 сентября в Данциге Редера принял Гитлер. Редер настаивал на снятии хотя бы ряда ограничений, касавшихся проведения боевых операций против торгового судоходства. В то время Гитлер, убедившись, что Англия и Франция не собираются прекращать войну, уже вынашивал планы завоевания Франции, рассчитывая, что после её разгрома англичане сами запросят мира.
Уже на следующий день после встречи Редера с Гитлером Дёниц получил директиву морского штаба, касавшуюся военных действий против торгового судоходства. Согласно директиве, подводные лодки получали право вести военные действия против французских судов и устанавливать минные заграждения во французских прибрежных водах. Кроме того, разрешалось захватывать или топить любое судно союзников, подавшее в эфир сигнал бедствия SSS, после предоставления экипажу и пассажирам удовлетворительных средств спасения или, по крайней мере, после попытки оказать помощь такого рода. И наконец, подводные лодки получали право топить, руководствуясь призовыми законами, любые суда с менее чем ста двадцатью пассажирами на борту
[83].Разрешение топить французские суда открыло перед немецким подводным флотом хорошие перспективы. Появилась возможность атаковать конвои союзников ночью из надводного положения, а количество вероятных целей увеличилось почти на 500 торговых судов общим тоннажем около 2,7 млн брт. Разрешение топить любые суда, подавшие в эфир сигнал SSS, устраняло длительную процедуру досмотра и уменьшало риск внезапного нападения.