23 июня в сорокадневный поход вышли из Кронштадта Щ-406 (Осипов) и Щ-303 (Травкин) для действий в Балтийском море. За ними позднее в море вышли Щ-320 (Вишневский), С-4 (Абросимов) и С-7 (Лисин).
Лодка С-7 находилась под водой 11 июля у Фэстервика, шведского порта напротив острова Ольанд, после того как накануне выследила конвои, шедшие на слишком большом удалении для атаки, когда Лисин услышал шум винтов нескольких кораблей. В перископ он обнаружил окруженный эсминцами конвой из 16 грузовых судов, шедший курсом на Германию. Лисин потопил шведский Lulea водоизмещением 5600 брт. Эсминец попытался организовать охоту на лодку. С-7 уклонилась от атаки и пересекла Балтийское море, чтобы продолжить свои торпедные атаки у литовского побережья, где надеялась обнаружить интенсивное судоходство. Там 5 августа она потопила немецкий транспорт Kathe водоизмещением 1400 брт и затем выпустила свою последнюю торпеду по финскому Pojanlahti водоизмещением 680 брт. Так как торпеда не попала в цель, Лисин уничтожил небольшой корабль артиллерийским огнем.
11 августа Лисин вернулся в Кронштадт, он потопил 4 транспорта, в том числе два шведских, общим водоизмещением 10 000 брт.
16 октября С-7 снова вышла в море, однако была торпедирована финской подводной лодкой Vesihiisi. Лисин попал в плен, но был освобожден после финской капитуляции и продолжил службу в штабе Тихоокеанского флота. Позднее ему было присвоено звание Героя Советского Союза.
Напряжение в отношениях между СССР и Швецией было велико. Шведское правительство заявило русскому военно– морскому атташе, что шведским военным кораблям теперь отдан приказ «атаковать любую подводную лодку в случае угрозы, независимо от того, находится ли она в шведских территориальных водах или нет».
20 июля на входе в Финский залив Щ-303 (Травкин) потопил Aldebaran водоизмещением 7800 брт, который перевозил части 7-й горной дивизии. При отходе подводная лодка на глубине 27 метров столкнулась со скалой. От сильного удара торпедные аппараты получили повреждения, и Щ-303 вернулась на базу.
Семь советских подводных лодок первой волны, действовших в Балтийском море, снова вернулись на свою базу, их командиры были приняты лично Ждановым и получили поздравления. Они успешно провели 12 из 24 атак, и теперь «железная трасса» в Балтийском море была под угрозой. В то время как советские тральщики, атакуемые самолетами противника, пытались расчистить акваторию Финского залива от мин, в море по очереди вышли две новых волны подлодок: сначала 10 августа 6 бортов: Л-3 (Грищенко), М-96 (Маринеско), Щ-407 (Афанасьев), «Лембит» (Матиасевич), Щ-309 (Кабо) и Щ-310 (Ярошевич). Они уничтожали войсковые транспорты противника на входе в Ботнический залив и вдоль немецкого побережья. За ними в сентябре последовали С-13 (Маланченко) и С-9 (Мыльников). Лодка Щ-323 (Андронов), получив повреждения от взрыва мины, легла на обратный курс, М-97 и Щ-405 были потеряны.
4 сентября лодка «Лембит» атаковала конвой в районе Аландских островов. В ходе контратаки «Лембит» была повреждена патрульным катером, в носовой части начался пожар, подводная лодка легла на грунт. После 9 часов ремонта Матиасевичу удалось устранить повреждения и уйти. Эта же лодка 14 сентября торпедировала и повредила немецкий транспорт Finnland (водоизмещение 2300 брт), после чего вернулась в Кронштадт.
В конце сентября в море вышла третья волна лодок: Щ-308 (Костылев), С-12 (Тураев), Д-2 (Линденберг), Щ-307 (Момот), М-102 (Гладилин), Щ-320 (Вишневский), Щ-303 (Травкин) и 8 других бортов.
Лодка С-12 во время войны установила рекорд по продолжительности нахождения в море среди советских подводных лодок – 61 день (немцы достигли 127 дней). Шесть лодок – Щ-304, Щ-305, Щ-306, Щ-311, Щ-302 и Щ-320 – не вернулись из похода.
Советские подводные лодки в 1942 году провели 40 боевых походов, 30 из них в Балтийском море. 10 лодок было потеряно, 15 – повреждено.
Прорыв блокады Ленинграда
12 января 1943 года Красная армия атаковала немецкие линии обороны у Ленинграда. Вермахт отступал, и, хотя германские войска еще удерживали северное и южное побережье Финского залива, ужасной блокаде пришел конец. Теперь снабжение Ленинграда можно было круглый год осуществлять по автомобильным и железным дорогам.