Поначалу период от момента всплытия субмарины до старта EI4YI с пневматической катапульты составлял 15 минут. Со временем, с приобретением техническим персоналом опыта этот период сократился до 6 минут 23 секунд. После завершения полета самолет производил посадку около лодки и его поднимали на борт краном, после чего разбирали и помещали в ангар.
Боевое применение
Наиболее успешный боевой вылет совершил EI4Y1, взлетевший с подводной лодки I-9 23 февраля 1942 года. Гидросамолет обнаружил, атаковал и потопил американский крейсер USS Radford. Несмотря на наличие в этом районе разветвленной сети РЛС, американцы не смогли обнаружить самолет, и его появление для них стало полной неожиданностью.
В начале января 1942 года в австралийских водах успешно действовала подводная лодка I-25, на борту которой также находился E14Y1. 17 февраля 1942 года этот гидросамолет совершил разведывательный полет над Сиднейской гаванью, а 26 февраля с помощью E14Y1 выполнили фотографирование австралийского порта Мельбурн. Пять дней спустя, 1 марта, гидросамолет E14Y1 с I-25 выполнил разведку Хобарта в Тасмании. Зашифрованная информация была радирована с борта самолета на подводную лодку. 8 марта та же самая субмарина приблизилась к Веллингтону в Новой Зеландии, и четыре дня спустя E14Y1 совершил вылет на разведку и фотографирование Окленда. Возвращаясь назад в Японию, подводная лодка I-25 выполнила разведку в районе Суве на Фиджи.
Богатая разведывательная информация о местонахождении кораблей ВМС США, собранная лодкой I-25 с помощью гидросамолета E14Y1, позже использовалась японским военно-морским командованием при планировании подводных атак. В соответствии с планом, японцы сформировали 8-ю эскадру субмарин под командованием адмирала Сазаки. Зоной действия эскадры должны были стать австралийские воды. В состав эскадры вошли лодки 1-21, I-22, I-24, I-27 и I-29. Носителем гидросамолета была только лодка 1-21, все остальные имели на борту двухместные карликовые подводные лодки.
Вечером 29 мая 1942 года гидросамолет E14Y1 покинул лодку-носитель и выполнил второй разведывательный полет над гаванью Сиднея. Полученная информация немедленно передавалась на лодки. В 4.30 утра было обнаружено два американских судна: Chicago и Perkins — на них были наведены четыре малые подводные лодки, чтобы атаковать и уничтожить эти корабли. По иронии судьбы, американцы сумели обнаружить и потопить все атаковавшие их японские карликовые подводные лодки.
4-я эскадра подводных лодок, включавшая в себя подводные лодки 1-10 и I-30 — носители гидросамолетов E14Y1, действовала в Индийском океане. 2 мая 1942 года E14YI с 1-10 выполнил разведывательный полет над Дурбаном, а несколько дней спустя — над Порт-Элизабет. Тем временем E14Y1 с субмарины I-30 выполнил подобные полеты над портами Занзибара, Адена, Джибути и Французского Сомали, но ни один из портов не представлял интереса для атаки подводных лодок. Вскоре обе субмарины и корабль, на борту которого находились две малые подводные лодки, приблизились к Мадагаскару, где союзники высадились в заливе Диего-Суарез с целью освобождения острова от французских войск правительства Виши.
29 мая в 10.30 утра с борта 1-10 стартовал гидросамолет E14Y1 для разведки побережья Мадагаскара. На следующий день, используя результаты авиаразведкм, к острову направились две японские малые подводные лодки с целью блокирования порта Туамасина. Они атаковали и потопили танкер, а также серьезно повредили английский линейный корабль Ramilles, который пришлось отбуксировать для ремонта в Дурбан. Одна малая подводная лодка с задания не вернулась.
Тем временем 1-я эскадра подводных лодок, в состав которой вошли I-9, 1-15,
1-17, 1-19 и I-26, а также уже упоминавшаяся I-25, взяла курс на Алеутские острова. Задачей E14Y1 являлась разведка прибрежной полосы. Плохая погода усложняла выполнение этой задачи. Однако E14Y1 все же стартовал с палубы I-25 в районе Кадьяка. В ходе разведывательного полета экипажу удалось определить местонахождение крейсера противника и даже атаковать его.
В июне 1942 года 1-я эскадра участвовала в операциях по захвату островов Атту и Киска японскими войсками, после чего возвратилась в Японию.
15 августа 1942 года субмарина I-25 под командованием капитан-лейтенанта Меиджи Тагами с E14YI на борту оставила порт Йокосуку и к началу сентября пришла к Западному побережью США около мыса Бланко штата Орегон. Задачей экипажа E14YI, состоящего из летчика Фуджита и наблюдателя Окуда, был сброс 76-кг зажигательных бомб на лесные области штата Орегон, что должно было вызвать сильные пожары.
В течение четырех дней плохая погода не позволяла выполнить полет. Только 9 сентября небо просветлело, и Фуджита со своим напарником стали готовиться к взлету. Подводная лодка стала против ветра, и катапульта подняла в воздух гидросамолет, который взял курс на мыс Бланко.