Ей пришлось испытать почти все то, что выпало на долю АЕ-2, хотя ужасов на сей раз было поменьше. Лодка в надводном положении подошла к первому минному заграждению, потом огонь береговых батарей вынудил ее погрузиться. Точно так же экипаж лодки слышал леденящий душу скрип минрепов по корпусу. Второе заграждение у самого Чанака оказалось более сложным препятствием. Лодка мучительно медленно двигалась против сильного течения. В результате Бойл решил, что не сумеет форсировать заграждение под минами, и поднялся на поверхность. Он держался в позиционном положении, так что над водой виднелся лишь самый верх рубки. И в таком положении он полным ходом пошел вверх по проливу. Естественно, лодка была обнаружена, и батареи открыли огонь. Однако минимальные размеры цели и высокая скорость спасли Е-14. Лодка прошла Узости, но выше Чанака патрульные корабли вынудили ее погрузиться. Бойл торпедой потопил миноносец, но после этого с ужасом обнаружил, что совершенно ничего не видит в перископ. Так ничего и не поняв, он поднял второй перископ и с огромным изумлением увидел старого турецкого рыбака, который пытался вытащить первый перископ из воды. Его ладонь закрыла стекло перископа, поэтому Бойл ничего не видел.
Турки охотились за Е-14 около 6 часов, но ничего не добились. Е-14 продолжила путешествие в подводном положении и 29 апреля вышла в Мраморное море. Ее батареи почти полностью разрядились, воздух внутри лодки стал таким тяжелым, что дышать было почти невозможно. Е-14 находилась под водой 45 из первых 64 часов похода. Оказавшись в Мраморном море, Бойл получил возможность провентилировать лодку и перезарядить батареи.
Как только батареи снова были заряжены, Бойл увидел на горизонте дымки. Оказалось, это 2 транспорта, набитые солдатами. Они следовали к Галлиполи в сопровождении 2 эсминцев. Атака предстояла очень сложная, так как поверхность моря была зеркально гладкой, и бурун перископа можно было заметить на большом расстоянии. Однако Бойл сумел подобраться к конвою незамеченным на расстояние 800 ярдов. Он выпустил торпеду, но пузырь выстрела был замечен, и один из эсминцев попытался протаранить Е-14. Лодка спешно погрузилась. По вполне понятным причинам результат атаки остался неизвестен, хотя сильнейший взрыв ощутимо встряхнул лодку. Когда полчаса спустя Е-14 всплыла под перископ, один из транспортов пылал и полным ходом шел к берегу, чтобы выброситься на мель.
Этой ночью Е-14 пошла в условленное место посреди Мраморного моря, чтобы встретиться с АЕ-2. После выхода из пролива Стокеру сильно не везло. Он расстрелял все торпеды по самым заманчивым целям, но не добился ни одного попадания. АЕ-2 не имела орудия и потому уже ничего не могла сделать, хотя одно ее присутствие в этом районе имело очень большой эффект. Бойл не имел лишних торпед, но после совещания капитаны решили, что АЕ-2 должна оставаться в Мраморном море. Перед расставанием Бойл и Стокер договорились о встрече на следующую ночь.
Однако АЕ-2 на рандеву не прибыла. Ее невезение продолжилось. Утром 30 апреля турки атаковали и потопили лодку. Она погрузилась в районе бухты Атарки, но попала в область более плотной воды и не сумела удержать глубину. Лодка выскочила на поверхность буквально в миле от турецкого миноносца. Стокер немедленно заполнил вспомогательную носовую цистерну, однако АЕ-2 отказалась погружаться. Миноносец протаранил ее, нос лодки пошел вниз, и она погрузилась с большим дифферентом. Когда глубина достигла 100 футов, Стокер дал задний ход и продул носовую балластную цистерну. АЕ-2 прекратила погружаться, выпрямилась и начала медленно подниматься. Она всплыла буквально под бортом у того же миноносца. Он открыл огонь, и 3 снаряда пробили прочный корпус лодки. Ей ничего не оставалось, кроме сдачи в плен. Стокер и его старший помощник приказали экипажу выходить на палубу, а сами открыли все кингстоны, чтобы лодка затонула. После этого они поднялись в рубку и сдались вместе с экипажем. АЕ-2 затонула на глубине 150 футов. Она стала жертвой миноносца «Султан Хиссар».
Потопление АЕ-2 воодушевило турок, и они удвоили свои усилия, надеясь перехватить и потопить Е-14. Однако Бойл не согласился с отведенной ему ролью дичи. Хотя ему хотелось сохранить торпеды для более ценной добычи, он решил сам атаковать охотников. Его первая торпеда попала в канонерку «Пейк-и-Шевкет» и вывела ее из строя. Хотя канонерка уцелела, это заставило турецкие патрули быть более осмотрительными. Это дало Бойлу ту свободу, которая ему требовалась.