Но бывает и еще хуже. Топливо в реакторе подлодки более взрывоопасное, чем в реакторе на атомной электростанции. В нем используется уран 235, высокооктановая разновидность, вместо природного урана (95 % урана 238, который находится в покое и 5 % урана 235, который распадается и выделяет теплоту). Если в результате неполадок в системе охлаждения уран 235 расплавится, то существует вероятность того, что он может создать критическую массу на дне активной зоны реактора. Далее возможно возникновение неконтролируемой ядерной реакции. В наименее вероятном случае он взорвется, как ядерная бомба, и судно просто-напросто испарится. В более вероятном случае это вызовет быстрый критический распад, что является неконтролируемой ядерной реакцией, которая заставляет топливо взорваться, хотя и не на полную мощность, но достаточно сильно, чтобы вскрыть реактор и корпус подлодки.
В случае неполадок в системе охлаждения команда старается доставить больше воды в основную систему и активную часть реактора. Необходимо использовать пресную воду, потому что морская вода разрушит части из нержавеющей стали в считанные часы. Если вода не может попасть в активную зону реактора из-за давления пара или пузырьков водорода, процесс остановить невозможно.
Ещё одной разновидностью экстренных ситуаций является потеря контроля над реактором. Это может случиться по-разному, но в каждом из этих случаев повышается скорость реакции в активной зоне реактора. Мощность реактора регулируется рычагами. Если эти рычаги случайно сдвинуты с места, то мощность реактора повышается до отметки взрыва из-за переизбытка пара внутри реактора. Паровой взрыв происходит, когда вода получает от топлива энергии больше, чем она может принять. Вода превращается в пар большой температуры и большого давления. В некоторых случаях реактор может разлететься на куски, как, например, в испытательной лаборатории SL-1 в местечке Айдахо Фолз, когда вследствие этого погибли три оператора (см. следующий раздел «Трагедия в Айдахо фолз: SL-1»).
На одной из подлодок класса «Sturgeon» проходили учения по остановке реактора.
Во время остановки реактора предпринимались экстренные действия для восстановления мощности и недопущения повреждения реактора. Команда начала восстанавливать мощность реактора — эта процедура называется «быстрый восстановительный запуск». Во время ее проведения реактор восстанавливает мощность в 50 раз быстрее, чем реактор на атомных электростанциях.