Лишь уединившись в Соловецком монастыре, Филипп оказался как бы с глазу на глаз с богом и глубоко задумался о своей вере. Войдя в близкое, родственное общение с природой, порой помогая ей, порой преобразуя, но больше подчиняясь высшей, нежели человечья, мудрой силе, он убедился, что все происходящее в естественном мире воды и земли, лесов, полей, недр, туч и облаков, смен времен года, умирания и пробуждения жизни вовсе не нуждается для своего непрерывного, могучего и безошибочного действа в господе боге. И всякое обращение к богу, касавшееся не только дождя и вёдра, но и помощи болящему, спасения гибнущего, было столь же бессильно, как языческое поклонение идолам. Не мог господь оставаться столь равнодушным к творению рук своих, значит, пуст небесный престол и не отражался в водах многих, накрывавших некогда земную твердь, ничей величавый лик.
И при всем том у Филиппа была вера и был бог. Только назывался он Совестью. Поступать по-божески значило для него поступать по совести, служить богу — служить по совести месту и людям, ему доверенным, способствовать украшению земли и общей пользе; жить в страхе божьем — жить так, чтобы не мог себя упрекнуть в несправедливости, неправде, корыстии и себялюбии. Он не считал свою совесть чем-то отдельным, обособленным, только ему принадлежащим. Нет, его совесть — это частица некой вселенской совести, разлитой по всему мирозданию, омывающей всех человеков, но не каждому проникающей внутрь. Как не всем дано равно слышать творящуюся в мире музыку — песни ветра, шум дубрав, нежный шелест трав, голоса птиц, звон летающих насекомых, стрекот прячущихся в траве, обонять запахи — снега — зимой, цветущей жизни — весной, зрелости всего прущего из земли — летом, увядания — осенью, так происходит и с мировой совестью. Она во всеобщем владении, не нужно называть ее словами, определять ее признаки и существо, не нужно мудрствовать лукаво, а довериться ей, слиться с ней душою, и тогда ты несешь внутри себя самого мерило всех вещей, и явлений, и собственных помыслов и поступков. И он любил, как иные любят бога, великий нравственный закон — сокровище души своей. Но знал Филипп, что не поймут люди всеобщей Совести, а в собственной не найдут опоры. Что ж, назовем богом эту отвлеченную от личности отдельного человека совесть, поставим символ вместо прямого понятия. Есть неодолимый ущерб в человеческой природе: человеку нужна внешняя,
Молясь, игумен Филипп взывал не к молодому иудею с тонким носом, не к его безликому отцу, не к третьей загадочной фигуре, которая в Новом завете птичкой-голубем обернулась, но к своей совести, чтобы не изменяла, дарила силы и терпение, чтоб вразумляла в хитросплетениях мира сего, не давала пасть духом, поддаться гневу и несправедливости. Филипп молитвами наставлял себя твердости, правде, мужеству, ибо не изжил стыда за свой юный страх, кинувший его в бегство. Свой обман он чинил без угрызений: для его молитвы ни к чему кресты класть да об пол перед образом бухаться, в тишине сердца можно ее творить. Но зорок, ох, зорок монастырский глаз, все слышит огромное монастырское ухо: не пластаешься ниц, не пустословишь молитвенным бормотаньем — враз в отступничестве обвинят, или в ереси, или, того хуже, в безбожии. И тогда конец всему смыслу его жизни.
Когда Филипп на другое утро прощался с обителью, лицо его было спокойно до отчужденности. И никто б не догадался о тяжком ночном бдении, о слезах и молитвах игумена, если б монастырь по сплетням и быстроте распространения оных хоть немного уступал новгородскому сельцу. Но, глядя на Филиппа, трудно было поверить в его слабость, он, правда, казался осунувшимся, под глазами залегли тени, но стан держал все так же прямо, голову высоко, а в темных глазах была не печаль, не смирение, а что-то остерегающее: мол, смотрите, у меня!..
Братии он сказал: «Государь в Москву требует, негоже гадать о государевых намерениях. Все в свой срок объявится. Вам наказываю жить по уставу и трудиться не покладая рук во славу божию». Отслужив молебен, игумен благословил отдельно не только каждого инока, послушника, но и трудника, и наемного работника, после чего в сопровождении одного лишь отца Паисия отправился на судно, куда уже отбыли царские посланники…