Еще накануне погода не обещала ничего хорошего, дул порывистый ветер, и между островами развело сильную зыбь, весьма неудобную для легких гребных судов. Почти вся ночь перед боем была проведена в передвижениях судов и распределении их по диспозиции для боя, вследствие чего гребцы вместо отдыха вынуждены были работать на веслах, и к утру были чрезвычайно утомлены. Несмотря на засвежевший с утра ветер и крупную зыбь, сбивавшую суда на гребле, К. Нассау-Зиген отдал приказание атаковать противника, спокойно стоявшего на якорях на хорошо выбранной позиции между островами.
Около 8 часов утра канонерские лодки с плавбатареями на буксире и бомбардирские корабли направились к шведскому флоту. Второе Роченсальмское сражение началось в 9.30.
Попав под сосредоточенный огонь шведов, и с трудом удерживая строй на зыби, русские суда передовой линии смешались и внесли беспорядок в двигавшиеся за ними суда второй линии.
В разгар боя, когда наши парусные суда – гребные фрегаты и шебеки – начали подходить для поддержки судов гребного флота, несколько канонерских лодок вследствие страшного утомления гребцов, были брошены ветром и волнами на линию галер, которые смешались в беспорядке с парусными судами. Зыбь и качка, мешавшие прицельной стрельбе, еще более усилили расстройство боевого порядка.
Заметив замешательство, шведы, стоявшие на укрытой от зыби позиции за островами, усилили обстрел отдельных групп скучившихся русских судов, предприняв вместе с тем отрядом канонерских лодок обходное движение в тыл нашим судам.
К. Нассау-Зигену и командирам отрядов пришлось спешно наводить порядок, русские суда стали занимать свои места, и около 14 часов сражение с новой силой разгорелось по всей линии.
Но засвежевший к 15 часам ветер и увеличившееся волнение препятствовали правильному движению наших судов, мешала верному прицелу орудий, и выбившиеся из сил гребцы падали от изнеможения. Между тем шведские суда, гребцы которых были совершенно свежими, вышли из-за островов и наносили русским страшные поражения.
После пятичасового упорного сражения, когда часть неприятельских гребных судов направилась в обход нашей флотилии, русские канонерские лодки начали поспешно отступать к югу и выходить из-под обстрела. При продолжающемся сражении некоторые из наших галер, получивших подводные пробоины, стали тонуть, а сильным ветром и волнами суда срывало с якорей и разбрасывало по прибрежным камням. Здесь суда расстреливались шведами и поэтому поспешно оставлялись командами, переправлявшимися на острова.
Рейд представлял ужасную картину. Масса судов, сбившись в кучу билась о камни и друг о друга. Груды судовых обломков, весел, мачт, переплетенных снастями, носились по волнам. Среди них барахтались в воде сотни людей, тщетно взывавших о помощи.
В восьмом часу вечера К. Нассау-Зиген, прекращая бой, приказал жечь те из парусных судов, которые не было возможности спасти. Потери наши в этом сражении составили 52 судна (в том числе 6 гребных фрегатов, 5 шебек, 2 плавбатареи, 16 галер) и более 7 тысяч человек, в том числе 270 офицеров.
Одна из причин поражения – сильный остовый ветер, который не только бросал на камни галеры, но и не позволял парусным судам развернуться и выйти с рейда.
Второе Роченсальмское сражение не изменило положение сторон на театре военных действий. Русский флот сохранил преобладание на море. Подготовка к новой атаке шведского гребного флота на Роченсальмском рейде была прекращена ввиду начавшихся переговоров о мире.
В 1798 г. Россия вступила в войну против наполеоновской Франции. В августе почти весь Черноморский флот под командованием Ф. Ф. Ушакова ушел в Константинополь на соединение с турецким флотом, для следования в Средиземное море. В Севастополе осталась резервная эскадре под командованием контр-адмирала И. Т. Овцына – фрегаты «Царь Константин», «Федр Стратилат», «Иоанн Златоуст» и акат № 2.
24 сентября 1798 г. эскадра вышла из Севастополя в крейсерство у берегов Крыма. 11 октября у Балаклавы суда попали в сильный шторм и получили серьезные повреждения. «Федор Стратилат» и «Царь Константин» были отнесены к устью Дуная, где разбились. Погибли контр-адмирал И. Т. Овцын, 30 офицеров и 636 матросов, спаслись 2 офицера и 130 матросов на шлюпке и на обломках.
«Иоанн Златоуст» только 25 октября пришел в Одессу, а «Акат № 2» – в Севастополь. Таким образом, на Черном море почти не осталось боеспособных кораблей. Хорошо, что в это время военные действия происходили в Средиземном море, а Турция была союзницей России.
Вскоре после начала войны с Турцией 1806–1812 гг. эскадре Черноморского флота под командованием контр-адмирала С. А. Пустошкина было предписано взять крепость Анапу.