Вследствие этого на территории афганского Бадахшана появились группы вооруженного противостояния народной власти, занимающиеся оголтелым бандитизмом, грабящие местное население, убивающие сочувствующих новому руководству страны.
Против участков Московского и Хорогского отрядов вблизи границы действовали банды Башира и Вахоба, которые демонстративно убивали людей, а тела убитых и раненых сбрасывали в реку Пяндж. Все это делалось специально, с целью провокации, на глазах жителей приграничья и, естественно, пограничных нарядов. Таким образом, возникла явная, прямая угроза неприкосновенности нашей границы. С учетом всего этого, а также многочисленных просьб местного населения приграничных районов Афганистана о защите от бесчинств бандитов, правительством было принято решение о введении на территорию Афганистана в пункты, обеспечивающие безопасность границы и защиту местных жителей, нештатных подразделений из Среднеазиатского, а затем и Восточного пограничных округов.
Эти подразделения назывались сводными боевыми отрядами (СБО) численность 70–80 человек. Их формирование поручалось пограничным отрядам округа, а возглавлялись они в первое время начальником отряда или начальником штаба.
Каждый СБО получал определенную зону ответственности и конкретную задачу не допустить в этой зоне провокаций на границе и защитить местное население от бандитов. Они несли службу путем выставления засад на путях миграции бандгрупп, организации рейдов вдоль границы обороны ключевых районов на подступах к населенным пунктам. В короткие сроки пограничным подразделениям, при активной поддержке пограничной авиации, проводящей воздушную разведку и наносящей ракетные и бомбовые удары по скоплениям мятежников, удавалось обезопасить границу и защитить местное население, чем заслужили уважение и благодарность жителей афганского приграничья.
Жителей, стоящих вдоль дороги и державших в руках подношения нашим солдатам, попросили старосту селения собраться для беседы. Когда люди робко подошли к командиру, он через переводчика пояснил им, что советское подразделение пришло для оказания помощи местным жителям, поэтому, когда жители будут испытывать нужду в предметах первой необходимости (соль, мука, керосин), то пусть приходят, им будет обязательно оказана помощь.
Этот случай в короткое время стал известен во всех северных провинциях Афганистана и, хотя пограничники и не афишировали свою принадлежность к погранвойскам, от местных жителей скрыть это не удалось. Они поняли, что там, где находятся пограничники, никто их обижать не станет, а наоборот выручат в трудную минуту.
По инициативе местных властей и с активной помощью пограничников была организована приграничная торговля между Таджикистаном и Афганистаном. В это же время активно завозилась и раздавалась нуждающимся гуманитарная помощь. Все это в будущем помогло пограничным органам разведки создать в короткое время надежные оперативные позиции, что во многих случаях помогло упреждать действия противника и избежать больших потерь.
Например, в 1980 году было принято решение заменить батальон 40-й армии, оборонявший район вблизи крупного афганского селения Гюльхана (Северный Бадахшан) подразделением пограничных войск.
Вторым периодом деятельности советских пограничных войск на территории Афганистана можно назвать период с января 1982 года до момента объявления афганским руководством решения о национальном примирении 1986 года.
Это было время самых активных боевых действий, так как в конце 1981 года руководство нашей страны приняло решение о введении пограничных войск в северные провинции Афганистана. Войскам была отведена полоса ответственности на глубину в среднем 100–120 километров, так называемая «зеленка», до рокадной дороги, соединяющей центры северных провинций. Было приказано ликвидировать организованный бандитизм в этой полосе и расположенные в ней и вблизи ее базы хранения оружия, боеприпасов и других материальных ценностей.
Передача полосы ответственности погранвойскам диктовалась развитием обстановки к этому времени. Руководство основными политическими партиями, противоборствующими народному правительству («Исламская партия Аганистана», руководитель Хакматиар и «Исламское общество Афганистана», руководитель Раббани), учитывая втянутость 40-й армии в военные действия в центре и на юге Афганистана и ее слабые позиции на севере, решил активизировать свои действия на территории северных провинций, тем более, что эти места имели наиболее плодородные земли, являлись основной житницей страны.
Учитывая близость советской территории, эта активизация действия значительно обостряла обстановку как на границе, так и вблизи ее, что было совершенно недопустимо.
Третьим периодом действий советских погранвойск на территории Афганистана можно считать действия в период так называемого национального примирения.