Позже Анатолий Нестерович служил заместителем начальника штаба Тихоокеанского погранокруга. А в 1983 г. снова оказался в Москве, получив должность начальника отдела боевой подготовки Главного управлении Погранвойск СССР.
В 1985 г. Анатолий Мартовицкий приехал во Фрунзе на должность начальника оперативно-войскового отдела.
Выпали на его долю и события афганской войны. Подразделения погранвойск располагались на афганской территории до 100 км от госграницы в хорошо оборудованных опорных пунктах. На нашей территории, в основном в приграничных частях, находились резервы. Здесь же в полной готовности содержались авиация, бронетехника, необходимые запасы материальных средств, боеприпасы, горючее, продукты питания, обмундирование. На памяти Мартовицкого не было ни одного случая сбоя в обеспечении войск в ходе проведения операций.
– К моему назначению на должность начальника ОВО Восточного пограничного округа в г. Фрунзе уже был накоплен богатый опыт оперативно-боевой деятельности спецподразделений пограничных войск на территории Афганистана, и, изучая его, я смог сориентироваться и войти в новую роль воюющего командира в сложной, быстро меняющейся обстановке, – вспоминал Анатолий Нестерович. – Боевое крещение получил в ходе операции, которую готовили и проводили восемьдесят суток.
Местность для обучения подразделений подбиралась аналогичная той, на которой предстояло действовать. Большое внимание уделялось подготовке саперов и минно-розыскных собак, что впоследствии оказало нам добрую услугу. Так, при входе в Вардуджскую щель душманы заложили два мощных фугаса, соединенных между собой. Они рассчитывали взорвать их, как только колонна войдет в ущелье, парализовать ее образовавшимися завалами и уничтожить. Но, к счастью, фугасы были своевременно обнаружены и обезврежены нашими саперами. Большую роль в этой и других операциях сыграли наши разведчики, которые точно вскрывали основные опорные пункты противника, размещение средств ПВО, базы. Вардуджская операция началась 9 апреля и продолжалась до 7 мая. Бандформирование Наджмудина было ликвидировано.
Осуществляя план проведения этой операции, тщательно подготовили личный состав, изучили противника и местность предстоящих боевых действий, подготовили технику и оружие, сосредоточили материальные средства, развернули полевой госпиталь.
Боевых операций под руководством Мартовицкого было немало. Всех не перечислить.
… Горная база Дарбанд считалась неприступной. Располагалась она в ущелье, имела склады пещерного типа, местность по периметру была заминирована, на господствующих высотах в скалах находились огневые точки со средствами ПВО, пулеметами.
Операция по уничтожению базы Дарбанд готовилась в строжайшей тайне. Перед ее началом в гарнизон прибыл представитель ЦК НДПА генерал-лейтенант Олюми, курировавший вооруженные силы страны, но даже он не был посвящен в планы пограничников. Замысел операции состоял в том, чтобы с позиций гарнизона нанести огневой удар по базе, подавить огневые средства противника боевыми вертолетами, высадить десант и совместно с подошедшими наземными силами и средствами завершить уничтожение группировки душманов и ликвидировать базу.
Операция носила столь внезапный характер, что душманы не успели оказать достойного сопротивления. Буквально за несколько часов база перестала существовать…
«Афганистан, не касаясь политической стороны вопроса, – одна из очень достойных страниц в истории пограничных войск, – говорил Геннадий Анатольевич. – Пограничники там выполнили свою задачу так, как ее и нужно было выполнить. За 10 лет нашей деятельности в Афганистане мы в боях потеряли 494 человека. Ни одного – ни живого, ни мертвого – на афганской земле не осталось. Иногда с риском для жизни вытаскивали тела сослуживцев с поля боя. 93 % раненых из тех, кто должен был вернуться в строй, вернулись без ограничения категории годности – это заслуга летчиков, врачей, командиров, которые своевременно решали вопрос об эвакуации, и т. д. Все эти показатели говорят о том, что пограничники, решая очень важные задачи, выполнили их хорошо».
В 1988 году Геннадий Анатольевич стал помощником начальника Погранвойск КГБ СССР по специальным вопросам (начальник оперативной группы по Афганистану).