Разумеется, говорить о происхождении животных и растений путем естественной эволюции в середине XIX века в России было небезопасно. Министр просвещения Российской империи граф Ширинский-Шихматов, озабоченный несоответствием лекций каноническому тексту священного писания, направил секретное представление попечителю Московского учебного округа генералу Назимову и председателю секретного цензурного комитета генералу Анненкову, в котором потребовал учредить строгий надзор за лекциями и статьями К.Ф. Рулье. Против лекций К.Ф. Рулье выступил крупный религиозный и государственный деятель той эпохи митрополит Филарет. В своем письме к священному Синоду митрополит писал, что Рулье «смущает умы и поучает даже мещан и простых крестьян находить в книге Бытия мифологию». Удалось ли К.Ф. Рулье смутить умы крестьян и мещан, не известно, но дворянские умы были смущены в полной мере. Так, например, происходившие из почтенной графской семьи братья Кропоткины (Александр и Петр) были глубоко религиозными юношами, но, прослушав курс лекций К.Ф. Рулье, стали ярыми материалистами. Впоследствии один из братьев – Петр Алексеевич Кропоткин стал выдающимся геологом, географом и историком, и одновременно яростным революционером – всемирно известным теоретиком и практиком анархизма. В общем, недаром император Николай Павлович называл Московский университет «волчьим гнездом» и, бывая в Москве, не желал даже проезжать мимо зданий университета.
К.Ф. Рулье попал под надзор полиции, на распространение его книг был наложен запрет. Особенно осложнилось положение после того, как газета «Московские ведомости» опубликовала отрывок из подготовленной К.Ф. Рулье книги «Жизнь животных по отношению к внешним условиям». Отрывок, появившийся на страницах газеты 8 января 1852 г., назывался «О первом появлении растений и животных на Земле» и вызвал, по словам современников, «целую административную бурю» и тяжелые последствия для К.Ф. Рулье. Отныне К.Ф. Рулье было категорически запрещено выступать с публичными лекциями. Обстановку, сложившуюся вокруг К.Ф. Рулье, сравнивали с тем, что было после публикации знаменитых философских писем П.Я. Чаадаева, которого, как известно, объявили сумасшедшим и взяли под домашний арест. Попечитель Московского учебного округа граф С.Г. Строганов искал, что предпринять «для уменьшения удара». Пытаясь смягчить положение, К.Ф. Рулье вынужден был написать «Послесловие» к опубликованному курсу своих лекций, в котором писал, что «научная гипотеза заслуживает уважения только в той степени, в которой представляется согласованной с непреложным свидетельством слова Божия». Что поделаешь, но характерное для нашего времени понимание того, что наука и религия представляют собой две не противоречащие друг другу стороны духовной жизни общества, еще не было распространено в ту эпоху.
Несмотря на формальную прогрессивность университетского устава, порядки в Московском университете в годы царствования Николая I вовсе не были либеральными. Студенты университета находились, по существу, на казарменном положении. Они обязаны были ходить в мундире, придерживаться строгих правил поведения, носить установленную прическу, а за нарушения могли быть посажены в карцер. Граф В.Н. Панин, попечитель университета, кричал, обращаясь к студентам: «Если вы у меня в другой раз осмелитесь только подумать отпускать себе бороду, усы и длинные волосы на голове, то я прикажу вас стричь и брить на барабане, в карцер сажать, а затем в солдаты отдавать!» Эти слова не были пустой угрозой. Студенты тех лет вспоминают такую картинку: два студента сидят на табуретках, а два солдата университетской роты (была и такая!) насильно стригут их под крики попечителя: «Вот так! Стриги их еще короче, под гребешок, слышишь! А ты, чище брей, не жалей мыла!» (из воспоминаний студента Вистенгофа).
В этих условиях свободомыслящий, остроумный и демократичный профессор, каким был К.Ф. Рулье, стал кумиром учащихся. Студенты боготворили молодого профессора (ведь в расцвете карьеры К.Ф. Рулье немногим более 30 лет), у него всегда было много учеников. Выдающиеся деятели российской науки профессора А.П. Богданов, Я.А. Борзенков, Н.П. Вагнер, Н.А. Северцов, С.А. Усов были непосредственными учениками К.Ф. Рулье.