Замысел командующего 46-й армией генерал-лейтенанта И.Т. Шлемина состоял в следующем: войсками трех стрелковых и одного механизированного корпусов, усиленными артиллерией, прорвать оборону противника перед правым флангом 46-й армии на участке от Чобручей до Пуркара, затем развивать наступление в юго-западном направлении, обходя 3-ю румынскую армию с северо-запада. На второй день наступления специальной группе войск генерал-лейтенанта Бахтина во взаимодействии с Дунайской флотилией форсировать Днестровский лиман, овладеть аккерманским узлом сопротивления противника, после чего совместными действиями войск правого и левого флангов 46-й армии окружить и уничтожить основные силы 3-й румынской армии между рекой Когильник и Днестровским лиманом и наступать далее к дельте Дуная и Пруту.
Таким образом, войскам приморского фланга 46-й армии предстояло форсировать широкую водную преграду с планомерной подготовкой в условиях, когда противник имел на занимаемом им побережье Днестровского лимана заранее подготовленную оборону. Для захвата плацдарма на противоположном берегу лимана требовалось прежде всего высадить туда десант в качестве первого эшелона участвующих в форсировании войск.
Контр-адмирал С.Г. Горшков решил высадить ночью неожиданно для противника десантные группы в районах Шабо-Тырг и Молога (юго-восточнее и северо-западнее Аккермана) с задачей создать при поддержке береговой артиллерии, артиллерии 46-й армии, авиации Черноморского флота и прорвавшихся в лиман кораблей Дунайской флотилии на этом участке западного побережья лимана плацдарм, обеспечивающий переправу основных сил специальной группы войск. 11—12 августа штаб флотилии разработал и согласовал с командованием специальной группы войск 46-й армии основные оперативно-боевые документы.
Командующий флотилией установил следующую организацию сил, участвующих в форсировании Днестровского лимана:
— 1-я группа высадки (командир группы капитан 3 ранга А.Н. Шальнов) состояла из четырех отрядов высадочных средств (241 десантная лодка, 13 полуглиссеров), отряда паромов (20 паромов, 15 буксирных катеров). Все эти высадочные средства должны были сосредоточиться в районе Калаглеи, принять первый эшелон десанта (штурмовой отряд 369-го отдельного батальона морской пехоты и два батальона 83-й отдельной бригады морской пехоты общей численностью 2838 человек) и, форсировав лиман, высадить его на участке Молога, Чагиры Сухие.
— 2-я группа высадки (командир группы капитан-лейтенант Л.П. Потапов) также состояла из четырех отрядов высадочных средств (168 десантных лодок), отряда паромов (11 паромов, 11 буксирных катеров) и отряда обеспечения (2 катера-дымзавесчика), которые сосредоточивались в районе Раксоляны для приема усиленной роты 369-го отдельного батальона морской пехоты, частей 1-го гвардейского укрепленного района общей численностью 1216 человек и высадки их в районе Шабо-Тырг в качестве первого эшелона десанта.
Второй эшелон десанта составляли 255-я отдельная бригада морской пехоты, 252-й батальон амфибий, 37-й отдельный гвардейский моторизованный (мотоциклетный) полк, части 83-й отдельной бригады морской пехоты и 1-го гвардейского укрепленного района, не вошедшие в первый эшелон десанта. Эти соединения и части должны были перебрасываться на захваченные плацдармы плавсредствами, освободившимися после высадки первого эшелона.
— Отряд прорыва в Днестровский лиман (командир отряда капитан 2 ранга П.П. Давыдов) состоял из восьми бронекатеров, двух минных катеров, двух катеров-тральщиков и двух полуглиссеров. Обстрелом западного побережья Царьградского гирла и демонстрацией высадки десанта с моря он должен был отвлечь внимание противника от районов высадки десанта, а затем прорваться в лиман для содействия специальной группе войск 46-й армии и артиллерийской поддержки десанта на берегу. Этому же отряду ставилась задача оказать содействие 10-му отдельному артиллерийско-пулеметному батальону в форсировании Царьградского гирла.
— Артиллерийская группа, состоявшая из Сектора береговой обороны флотилии и Одесской военно-морской базы (командир группы комендант Сектора береговой обороны флотилии подполковник И.Н. Яблонский) имела 26 орудий калибра 122—152 мм. Артиллерийскую поддержку частям, форсировавшим Днестровский лиман, оказывала и артиллерия специальной группы войск 46-й армии, но ее орудия из-за ограниченной дальности стрельбы не могли вести огонь на всю тактическую глубину обороны противника, и борьба с его дальнобойными батареями могла быть задачей только береговой артиллерии фронта.
— Авиационная группа состояла из 180 самолетов военно-воздушных сил Черноморского флота. На нее возлагалась авиационная поддержка специальной группы войск 46-й армии и Дунайской флотилии.