В 13 ч. 27 мин. пять бронекатеров под командованием капитан-лейтенанта Барботько подошли к порту Килия Веки (Старая) и открыли огонь по артиллерийским и минометным батареям противника, прикрывавшим переправу через Дунай, Подавив батареи, катера перенесли огонь по баржам и буксирам, стоявшим у берега. Были потоплены две груженые баржи и пароход. В 13 ч. 42 мин. бронекатера открыли огонь по порту Новая Килия. Противник вел ответный огонь. Бронекатера подожгли четыре баржи, уничтожили буксирный пароход, рассеяли и частью уничтожили войска, ожидавшие переправы. После этого бронекатера легли на обратный курс и, подойдя к берегу, в 10 км от Вилково установили дозор, чтобы не допустить прорыва неприятельских кораблей к городу.
В 15 ч. 15 мин. три бронекатера с 95 бойцами 384-го отдельного Николаевского батальона морской пехоты, в 16 ч. 30 мин. восемь бронекатеров с 285 бойцами 369-го отдельного Керченского батальона морской пехоты и в 17 ч. 30 мин. 18 торпедных катеров с 613-й отдельной штрафной ротой (274 бойца) вышли из Одессы и к исходу дня 24 августа прибыли в Вилково для усиления частей, действующих на Дунае.
В 2 часа ночи 25 августа пять бронекатеров под командованием капитан-лейтенанта Барботько, приняв на борт 80 бойцов 613-й штрафной роты, вышли из Вилково, скрытно подошли к порту Новая Килия и в 5 ч. 45 мин., не встретив сопротивления противника, начали высадку десанта. Но через 5 минут противник обнаружил катера и открыл беспорядочный огонь из пулеметов и минометов. Наши катера отвечали интенсивным огнем, часть огневых точек противника была подавлена, и десант смог перейти в атаку. К 6 ч. 30 мин. был захвачен порт, и бойцы штрафной роты вели бои в юго-восточной части города, тесня противника к его центру.
К этому времени к городу подошла вторая часть 613-й штрафной роты, переброшенная из Одессы в Жебрияны днем 24 августа, и ворвалась в Новую Килию с севера. Противник прекратил сопротивление, и к 7 ч. 50 мин. 25 августа город был полностью очищен.
В боях за порт и город Новая Килия было уничтожено до 500 и взято в плен свыше 2000 солдат и офицеров противника. Наши трофеи составили: 11 орудий, 7 автомашин, 200 повозок с лошадьми, 40 минометов, 1200 винтовок, 200 автоматов и 5 раций.
Наши потери составили: два человека убитых, семь раненых и пять человек пропали без вести. Столь незначительные потери объясняются тем, что румынские войска, в беспорядке отступавшие под ударами наших войск, были полностью деморализованы.
Захватом городов Вилково и Новая Килия Дунайская флотилия обеспечила себе господство в нижнем течении Дуная и получила возможность сконцентрировать силы и развернуть базу для дальнейших действий вверх по реке.
В течение 24 августа происходило перебазирование из Одессы и Жебрияны всех сил флотилии в Вилково. К утру 25 августа в районе Вилково были сосредоточены: Керченская бригада бронекатеров — 26 бронекатеров; 4-я бригада речных кораблей — 7 бронекатеров, 7 минных катеров, 8 речных тральщиков; 384-й отдельный Николаевский батальон морской пехоты — 280 человек; 369-й отдельный Керченский батальон морской пехоты — 290 человек; 613-я отдельная штрафная рота — 203 человека.
Береговой отряд сопровождения действовал в боевых порядках 46-й армии совместно с 255-й морской стрелковой бригадой против зажатой между озерами Шаганы и Кундук группировки противника, и только в 10 ч. 40 мин. 25 августа смог прибыть в Жебрияны, откуда вскоре вышел в направлении Новой Килии.
К 25 августа для обеспечения операционной зоны флотилии в нижнем течении Дуная, в гирлах Дуная был выставлен дозор из бронекатеров и минных катеров, а на побережье были оборудованы посты СНИС. Для прикрытия входа в гирло Дуная была установлена минометная батарея. Опасные для плавания районы оборудовались навигационными ограждениями.
ВВС Черноморского флота прикрывали с воздуха действия кораблей Дунайской флотилии.
В порту Старая Килия, представлявшем собой крепость с большим количеством артиллерии, находился гарнизон противника количеством не менее 800 человек, в том числе один батальон морской пехоты румын.
Во второй половине дня 25 августа командующий Дунайской флотилией предъявил генералу, командовавшему гарнизоном, ультиматум — в течение двух часов сдать город без боя и сложить оружие во избежание излишнего кровопролития.
Ко времени окончания срока ультиматума в район Старой Килии были посланы шесть бронекатеров, туда же подошел береговой отряд сопровождения Дунайской флотилии. Кроме того, для действия против Старой Килии должны были быть использованы две трофейные 152-мм немецкие пушки.
В 18 ч. 25 мин. 25 августа к моменту истечения срока ультиматума два бронекатера подошли к порту Старая Килия и высадили диверсионный десант в количестве 60 человек. Противник сопротивления не оказал, и в 19 часов гарнизон во главе с генералом капитулировал.