Пока Филипп обогащался эллинскими ценностями, македонский базилевс Александр был убит, и царём стал другой брат, Пердикка. А когда вскоре погиб и он, вопрос о престолонаследии встал со всей остротой. Все античные авторы отмечают, что к тому моменту, когда у власти оказался Филипп, Македония находилась в критическом состоянии. «
Последний сын Аминты с согласия армии в 359 году до н. э. был провозглашён царем Македонии и сразу оказался в самой гуще политических интриг и заговоров. Что же касается племянника, то к нему Филипп отнёсся в высшей степени гуманно, и это было явно не в традициях македонского царского дома. Он не лишил Аминту жизни, а дал ему приличное воспитание, и впоследствии женил на своей дочери. Но это будет потом, а в данный момент базилевсу Македонии предстояло решить сложнейшую задачу – как спасти государство от надвигающейся катастрофы. С помощью различных обещаний и подкупа Филиппу удалось стабилизировать обстановку на границах и внутри страны. Но он прекрасно понимал всю ненадёжность ситуации как в Македонии, так и за её пределами. Поэтому царь продолжал трудиться не покладая рук. Филиппу удалось с помощью подкупа склонить на свою сторону фракийского царя, и тот казнил одного из претендентов на македонский престол – некоего Павсания, который скрывался во Фракии. Дальше было сложнее, поскольку ещё один претендент, Аргей, пользовался поддержкой Афин. Но Филипп и здесь мастерски решил сложнейшую проблему. Сначала он разгромил претендента на поле боя, а чтобы погасить недовольство в Афинах, пообещал афинянам город Амфиполь, в северном регионе Эгейского моря. Здесь молодой царь действовал по принципу – сказать можно всё что угодно, а там посмотрим.
По свидетельству Юстина, Филипп прекрасно понимал, что со всеми врагами разом ему не справиться, и поэтому душил их по одному. С некоторыми базилевс вступал в переговоры и заключал договор, от других просто откупался, а третьих атаковал и громил на поле боя: «
Царь знал, что и как надо делать, было очевидно, что он давно всё обдумал. Филипп начал создавать регулярную армию, в которой пехота комплектовалась из крестьян и пастухов, а кавалерия из македонской знати. Уже в этом проявилось отличие созданной им военной системы от армий Эллады, которые комплектовались по милицейскому или наёмному принципу. Что же касается фракийцев и иллирийцев, с которыми македонцы воевали с завидной регулярностью, то они в случае опасности просто собирали ополчение. Изменил базилевс и систему набора войск, поскольку теперь македонская армия комплектовалась по территориальному принципу, когда из жителей одной области формируют отдельное воинское подразделение. Филипп полагал, что вследствие этого увеличится сплочённость армии. Страна была поделена на военные округа, где в шести набиралась пехота, «малая фаланга» с каждого округа. В пятнадцати округах собиралась конница, одна кавалерийская ила с региона. Это был радикальный шаг в армейской реформе, а все остальные мероприятия царя были лишь его логическим продолжением.
Основой боевого порядка македонской армии Филипп сделал фалангу, состоявшую из таксисов – соединений тяжёлой пехоты, которые набирались в округах Македонии. По мнению П. Коннолли, таксис, в свою очередь, делился на шесть подразделений, состоящих из 256 бойцов, которые назывались синтагма (или спейра), причём синтагма, в свою очередь, делилась на четыре тетрархии. Сразу же резко возросла роль командиров низшего звена, которые стали получать двойное, а то и тройное жалованье по сравнению с рядовым составом фаланги.