Еще один путь от бассейна Оби на Енисей был установлен томскими служилыми людьми после основания на р. Томь, правом притоке Оби, в 1604 г. Томска. Томские казаки по р. Чулым (правый приток Оби) и притоку Чулыма р. Кемчуг вышли на волок между этой рекой и Енисеем (позже его назвали Кемчужский волок). По этому пути они прошли на Енисей уже в 1609 г. и поднялись по его долине на 300 км. В бассейне открытой ими небольшой р. Тубы они объясачили местных жителей. Но вскоре эти тюркоязычные местные племена вновь отделились от Руси. Тем не менее томские казаки собрали сведения о территориях, лежащих к югу и востоку от своего острога, и о разноплеменном населении этого региона.
В челобитной томских служилых людей, поданной в 1616 г. в перечне народов, живущих к югу и востоку от Томска, упоминаются «черные и белые колмаки (калмыки. — М.Ц.), и киргизские люди (енисейские кыргызы. — М.Ц.), и маты, и браты (буряты. — М.Ц.), и саянцы, и тубинцы, и багасары, и кызылы (кызыльцы. — М.Ц.)» (18, с. 264) (енисейские кыргызы, багасары и кызыльцы— тюркоязычные племена, составившие позже народ хакасов. — М.Ц.).
Присоединение к Русскому государству местных племен, обитавших в бассейне Енисея южнее Красноярска, затянулось на долгие годы. До конца XVII в. русским пришлось сталкиваться с нападениями киргизских князцов, опиравшихся на помощь и поддержку со стороны монгольских и джунгарских ханов Западной Монголии. До 1640 г. в бассейн реки Кан неоднократно вторгался сильный бурятский князец Оилан. Русским служилым людям пришлось защищать от грабительских набегов и русских крестьян, и местных коренных жителей.
После основания Красноярского острога киргизские отряды чуть ли не ежегодно совершали набеги на его окрестности, неоднократно осаждали сам острог, истребляли и угоняли в плен окрестное население. Только в 1642 г. томские служилые люди под начальством Н. Тухачевского и красноярские казаки, возглавляемые М. Кольцовым и С. Коловским в бою за рекой Белый Июс, приток р. Чулым, нанесли решительное поражение киргизским князцам. В результате небольшие тюркские племена аринцев и качинцев сумели окончательно войти в состав Русского государства.
В 1636–1637 гг. после сооружения Канского острога русским служилым людям удалось укрепиться в долине р. Кан. В августе 1645 г. красноярские отряды атаманов М. Кольцова и Е. Тюменцева совместно с ополчением аринцев, качинцев и канского населения после тяжелого трехнедельного похода на восток нанесли, о чем уже говорилось, сокрушительное поражение бурятскому князцу Оилану и принудили его присягнуть в верности Русскому государству — дать «шерть навечно».
В 1657 г. один из монгольских алтынханов Лаузан попытался захватить Красноярск, Кузнецк и Томск и произвел опустошительный набег на пограничнные русские остроги и слободы, и лишь смерть отца и угроза со стороны джунгарских ханов заставили его отступить. После падения могущества алтынханов наиболее опасными врагами русских на Верхнем Енисее были джунгарские ханы, принявшие под свое покровительство киргизских и тубинских князцов.
Московские власти, учитывая опасность захвата Красноярска враждебными кочевниками, неоднократно принимали меры к усилению Красноярского гарнизона. В 1660 г. тобольским воеводам было предписано набрать в городах Тобольского разряда и послать в Красноярск «наспех» служилых людей с женами и с детьми, сколько пригоже, «на вечное житье». И в Красноярск присланы были на «вечное житье» голова, два сотника и служилых людей конных и пеших 180 человек (27, с.69). Практиковалось и временное усиление красноярского гарнизона присылкой отрядов из Тобольска и Енисейска.
В 1660-х гг. киргизские князцы при поддержке джунгарских ханов возобновили грабительские набеги на руссские остроги, села и поселения местных племен, принявших русское подданство. Особенно активным в грабительских набегах был Ереняк, сын Ишея, одного из руководителей борьбы с русскими в 1620 — 1640-х годах.
В 1667 г. отряды Ереняка и джунгарского хана осадили Красноярск, но были отбиты. Они вновь осаждали Красноярскую крепость в 1679 г. Когда Красноярск был обложен отрядами джунгарского хана, а кругом пылали деревни и села и положение казалось почти безнадежным, то служилые люди самовольно выпустили из тюрьмы ссыльного украинского полковника Василия Многогрешного, сосланного в Сибирь за подозрения в сепаратистских устремлениях.
Ему поручили командовать обороной города. Он ходил на «государевых изменников» и «бился явственно, не щадя головы своей». Он лично руководил действиями артиллерии защитников города — «пушкаря заставливал и указывал и сам прицеливался». Когда опасность миновала, то за заслуги он был поверстан в дети боярские с очень высоким окладом. А в 1692 г.
Многогрешный был начальником отряда в походе против тубинского князца Шандыка, завершившемся полным разгромом неприятеля (27, с.64).