В этих условиях Годунов был вынужден бороться за трон, чтобы выжить. В случае присоединения Руси к Речи Посполитой шансов на это у него, давнего польского недруга, не было.
«Потом ненавидяй враг добра роду человеческому нача возмущати боляр между себя враждовати, како бы друг друга поглотити, еже и бысть. Власть же и строение возложи на ся,»
— Писала Ксения про финал 12-летней дворцовой склоки, в результате которой Годунов был наречен на царство в Новодевичьем монастыре 21 февраля 1598 года. Как написал автор «Повести, как восхити царский престол Борис Годунов»:
«…егда нарицали его царем, тогда в наречении являлся тих, и кроток, и милостив».
Ксения пыталась вспомнить детали нервного, шумного воцарения отца, но перед глазами мелькали суетливые руки и напряженные лица дьяков, послов, бояр… Картинка сливалась в пестрый переполох, не позволяя вычленить главное. Одно она помнила точно — в семье Годуновых в то время не было ни эйфории, ни особой радости, лишь ощущение зыбкости и тревоги, ежедневного ожидания удара в спину.
«Князи же Шуйские едины ево не хотяху на царство: узнаху его, что быти от него людем и к себе гонению; оне же от нево потом многие беды и скорби и тесноты прияша».
— Вновь написала Ксения, закусив губу и понимая, что эти слова, как обоюдоострый меч, могут не только стать оружием в борьбе за трон, но и смертельно ранить.
Борису Годунову скрытая, кровная оппозиция князя Василия Ивановича не предвещала ничего хорошего. Однако было еще нечто особое, связывающее этих двух претендентов на российский престол. Боярин Борис Годунов и князь Василий Шуйский оказались оба, хотя и по-разному, причастны к тайне гибели царевича Дмитрия.
Ксения не понимала, что стало причиной назначения Годуновым князя Василия Ивановича главой следственной комиссии в Угличе. Чего в этом было больше? Желания беспристрастно разобраться в причинах трагического происшествия? Но если Борис Годунов действительно сам виновен в нем, почему он так рисковал, назначая своего врага главным следователем? Или же злодейство Бориса Годунова было столь велико, что он намеренно послал Шуйского с преданными людьми — окольничим Андреем Петровичем Клешниным и дьяком Елизарием Вылузгиным? С таким «конвоем» князь Василий Иванович легко мог вернуться из Углича не в Москву, а в более «отдаленные» места. Все эти вопросы так и останутся без ответа. Чем бы ни руководствовался новый царь, но после 1598 года правила игры устанавливал только он, а князьям Шуйским оставалось лишь повиноваться.
Будущий царь Василий Шуйский всё равно оказался в положении опального уже через два года после приказа расследовать причины гибели царевича Дмитрия. Удаление боярина из Москвы на воеводство в Великий Новгород 1 сентября 1600 года стало лучшим исходом, избавляя его от других возможных унижений, и объяснялось нежеланием царя Бориса Федоровича допустить Шуйских к переговорам с послом Речи Посполитой Львом Сапегой. Канцлер Великого княжества Литовского провел в Москве почти полтора года, и все это время князь Шуйский безвылазно находился в Новгороде, вернувшись в Москву лишь после 25 мая 1602 года, когда польско-литовское посольство заключило договор о перемирии и уехало из пределов Русского государства.
Одновременно с приездом польского посольства, Годунов начал душить Романовых, подчеркивая осведомленность о составе сторонников польской партии в Москве. Царь Борис Федорович сделал все, чтобы не допустить даже предположения о возможных контактах кого-либо из членов Боярской думы, происходивших из самых заметных княжеско-боярских родов, со своими заклятыми врагами из Речи Посполитой, претендующими на часть русских земель и на сам трон.
Тогда и появился Лжедмитрий — шаг отчаяния оппозиционных аристократов, нестандартный, неожиданный, а потому не просчитанный Годуновым. Как только Борис услыхал о появлении Лжедмитрия, прямо сказал боярам, что это их рук дело, что они подставили самозванца. Он всё понял, но было уже поздно.