Командующий люфтваффе Геринг дает своему асу, 25-летнему обер-лейтенанту (а не группе старших штабных офицеров), задание — написать инструкцию по новой тактике истребителей. Затем до середины марта 1939 года Мёльдерс объезжает истребительные группы, на практике обучая созданной им тактике. Так Геринг обеспечил своим асам превосходство в небе Европы. Мёльдерс вводил в люфтваффе проверенные им в боях новшества — вертикальный маневр, принцип внезапной атаки сверху на максимальной скорости. Основой боевых порядков становилось не звено из трех самолетов, а пара или две пары.
В 1939–1940 годах Мёльдерс увеличивает свой счет в боях с французами и англичанами, получает награды, быстро растет в должности. Не раз был сбит, ранен, три недели проводит в плену во Франции.
15 июня 1941 года «мессершмитгы» 51-й эскадры под командованием В. Мёльдерса из зоны Ла-Манша перелетели в Польшу, к советско-германской границе. Вечером 21 июня командир говорит своим летчикам о том, что предстоящая война будет длительной и тяжелой.
Но первые недели войны приносят летчикам эскадры успехи. 30 июня советское командование отдает приказ разбить немецкие переправы через Березину, бросает в полеты днем без прикрытия истребителей все имеющиеся бомбардировщики. 51-я эскадра сбила в этот день, по немецким данным, 110 наших самолетов... Сам Мёльдерс — три СБ и два Ил-2. Как один из самых страшных дней войны описан день 30 июня очевидцем — писателем К. М. Симоновым. Вот эти строки из романа «Живые и мертвые» и документального дневника: «...Откуда-то сверху, из-за редких облаков, выпрыгнул маленький, быстрый как оса «мессершмитт» и с пугающей скоростью стал догонять бомбардировщики... Бомбардировщик задымился так мгновенно, словно поднесли спичку к лежавшей в печке бумаге... «Мессершмитт» тонкой стальной полоской сверкнул на солнце, ушел вверх, развернулся и, визжа, зашел в хвост следующего бомбардировщика...» Семь ДБ-Зф (Ил-4) были сбиты. Нашим стрелкам все же удалось поджечь один «мессер»... Подобранный нашими военными спустившийся на парашюте летчик из экипажа бомбардировщика «вскочил в кузове машины на ноги и ругался страшными словами, махая руками, и слезы текли у него по лицу»...
7 августа оберст Мёльдерс назначен, вопреки собственному желанию остаться на фронте, генерал-инспектором (командующим) истребительной авиации. На этом посту, получив всю информацию, он понимает, что программа производства самолетов отстает от необходимого уровня, что горючего и боеприпасов недостаточно, что Гитлер и Геринг многого не желают знать. «Война с Россией намного труднее, чем здесь, в Берлине, представляют... несравнимо труднее».
Выезжая в инспекционные поездки, Мёльдерс вопреки запрету участвует в боевых вылетах с аэродромов в Херсонской области и Крыму. Становится автором тактического новшества — пересекает линию фронта на «шторхе» — легком штабном самолете с мощной радиостанцией на борту, управляет авиацией.
17 ноября 1941 года Мёльдерс был вызван в Берлин на похороны генерал-полковника Эрнста Удета, аса Первой мировой войны, друга Геринга, с 1939 года-начальника боевого снабжения люфтваффе. Руководство «третьего рейха» скрыло, что Удет застрелился в состоянии депрессии. Геринг позднее признался, что тот «полностью развалил нашу программу развития люфтваффе...»
Мёльдерс вылетел со своим адъютантом с аэродрома Чаплинка 21 ноября. Совсем недавно, с 14 по 19 августа здесь, в Чаплинке базировался 55-й истребительный полк... Покрышкин в том ноябре, как мы знаем, вел разведку в условиях совершенно нелетной погоды. Пилот Хе-111 уговаривал Мёльдерса отложить полет, но тогда на похороны Удета ему было не успеть. Над Бреслау самолет потерпел катастрофу, Мёльдерс погиб. В Германии был объявлен национальный траур, на похоронах национального героя присутствовал Гитлер.
Мёльдерс раздражал нацистское руководство своей ревностной приверженностью католической церкви. Фюрер до поры терпел публичные осуждения расизма и жестокости нацистов такими католическими иерархами, как епископ фон Гален, отложив разбирательство с церковью и христианством до конца войны.
Для немцев что-то мистическое было в почти одновременной смерти двух знаменитых асов Германии. Один из побежденных бойцов «третьего рейха» на вопрос, почему же война была проиграна, ответил — потому что против нас был Бог...
Преемником Мёльдерса на посту генерал-инспектора истребительной авиации стал другой известный ас — Адольф Галланд (по немецким данным — 104 победы на Западном фронте). Удивительно, но и Галланд родился с А. И. Покрышкиным в один день в марте, только на год раньше — в 1912-м...