Допросы в полиции, следствие и процесс во многом походили на то, что позднее мы будем наблюдать в Риме. Агджа шесть раз менял свои показания. Первый раз — убийство совершил по собственной инициативе, второй — по приказу своих начальников; сначала — был один, потом — присутствовал, но стрелял другой; затем — вообще не был на месте преступления, и т. д. Из тюремной камеры в крепости «Картал-Малтепе» он следил за событиями на воле через солдата Бениамина Илмаза. Так, 6 июля, узнав, что организатор покушения Мехмед Шенер выехал из Турции, он выдал его. Назвал и имя шофера Явуза Чайлана, который ничего не знал. И в то же время старательно скрывал своих соучастников Орала Челика, Ялчына Озбея и Абузера Угурлу, рассчитывая, что они помогут ему бежать. Преступника лично допрашивал министр внутренних дел Хасан Гюнеш; он категоричен в своем утверждении: Агджа, бесспорно, больше, чем профессиональный террорист средней руки. Нет никакого сомнения, что он прошел серьезный курс обучения. Во время следствия было установлено, что он виртуозно обращался не только с револьвером, но и с туманной политической фразеологией, призванной ввести в заблуждение полицию и суд. Ожидалось что начавшийся 11 октября 1979 г. процесс закончится вынесением смертного приговора. На суде с необыкновенной легкостью Агджа сознается в преступлении, сообщает подробности убийства, хотя знает, что ему грозит смертная казнь. Когда ему об этом напоминает военный прокурор, он с вызовом бросает тому в лицо: «Ваш приговор меня не коснется». Откуда такая наглость? Агджа уверен, что покровители не оставят его. А среди них были не только «серые волки», главари партии национального движения, но и некоторые высокопоставленные сотрудники турецких секретных служб, связанные с экстремистскими правыми организациями.
Окончания процесса обвиняемый не стал дожидаться — он бежал. «Этот побег является делом крупной подпольной организации, глубоко внедрившейся в государственный аппарат и имеющей широкую поддержку в военной среде» — так прокомментировал это дерзкое предприятие военный прокурор Стамбула. В апреле 1980 г. Агджу приговаривают заочно к смертной казни.
Камера Агджи в стамбульской военной тюрьме «Картал-Малтепе» опустела 24 ноября 1979 г. Переодетого в офицерскую форму, Агджу провели через восемь (!) внутренних охранных постов тюрьмы, он вышел на улицу, сел в поджидавшую его автомашину и уехал. За 10 лет это был первый случай удавшегося побега заключенного из этой стамбульской тюрьмы-крепости, знаменитой своими надежными запорами и тем, что она находилась в окружении военных казарм, в центре крупной, хорошо охраняемой военной базы. Недолго находился в тюрьме Агджа. Он постоянно поддерживал связь со своими хозяевами на воле. Все, вроде бы, складывалось удачно для Агджи, для него готовился побег, но дата его почему-то все время откладывалась. И террорист решил использовать последний козырь: в конце одного из судебных заседаний отказался от большинства своих предыдущих показаний и заявил, что на следующем заседании расскажет, кто же в действительности осуществил организацию убийства журналиста А. Ипекчи. Угроза Агджи возымела действие.
Беглеца отвозят на квартиру братьев Гюрбюз, где его ждет Орал Челик. Потом они уезжают на машине в Анкару. Там в целях большей надежности Агджу прячут на первое время дома у одного из офицеров полиции — Нуредина Темура. Начинаются долгие месяцы нелегального существования, когда он меняет города и квартиры. Почему он так долго остается в Турции — на этот вопрос трудно ответить. Скрываться ему помогают около 30 человек, имена которых в настоящее время известны полиции. О них итальянский следователь Иларио Мартелла позднее скажет, что «они все состояли членами организации правого направления или были тесно связаны с ними». Впоследствии только некоторые из них попадут под суд.