— 3-е отделение — академии и руководство периферией по частям ВВС;
— 4-е отделение — войска ПВО страны;
— 5-е отделение — воздушно-десантные войска;
— 3-й отдел
(Главное автобронетанковое управление (ГАБТУ), Главное управление начальника артиллерии (ГУНАРТ), танковые войска и артиллерия Красной Армии, гвардейские минометные части):— 1-е отделение — ГАБТУ Красной Армии, АБТУ фронтов и армий, танковые армии, танковые корпуса и бригады, НИИ танковый полигон;
— 2-е отделение — ГУНАРТ Красной Армии, управление гвардейских минометных частей, артиллерийские управления фронтов, артотделы армий, артиллерия резерва Главного командования (РГК), минометные части Красной Армии;
— 3-е отделение — Главное артиллерийское управление (ГАУ) Красной Армии;
— 4-й отдел
(руководство агентурно-оперативной работой особых отделов фронтов по родам войск; борьба с дезертирством, изменой и самострелами, заградительная служба):— 1-е отделение — обслуживание Карельского, Ленинградского, Северо-Западного, Калининского фронтов, 7-й отдельной армии, резервных армий;
— 2-е отделение — обслуживание Западного, Брянского, Юго-Западного, Южного, Северо-Кавказского фронтов;
— 3-е отделение — по борьбе с дезертирством, изменой и самострелами; организация заградительной службы;
— 5-й отдел
(интендантское управление, УСГ, АХО НКО; Главное санитарное управление, ветеринарное управление, Главное управление военных сообщений, КЭУ, Главвоенстрой, военные академии):— 1-е отделение — Главное интендантское управление, административно-хозяйственный отдел (АХО) НКО, интендантские управления фронтов, интендантские отделы армий;
— 2-е отделение — Главное санитарное управление, санитарные управления фронтов, ветеринарные управления и ветеринарные службы фронтов и округов, Главное автодорожное управление, Главное управление военных сообщений (ВОСО), квартирно-эксплуатационное управление (КЭУ), Военпроект, Главвоенстрой, военные академии;
— 6-й отдел
(войска НКВД):— 1-е отделение — пограничные войска и учебные заведения внутренних войск НКВД;
— 2-е отделение — внутренние войска и охрана войсковых тылов фронтов;
— 3-е отделение — железнодорожные, конвойные и промышленные войска;
— 4-е отделение — органы снабжения войск;
— 7-й отдел
(оперативный учет):— 1-е отделение — действующий учет по УОО, отчетность, цифровая отчетность фронтовых особых отделов, цифровой учет изменников Родины, шпионов, диверсантов, террористов, трусов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветского элемента; особый картотечный учет изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних;
— 2-е отделение — проверка номенклатуры ЦК ВКП (б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной работе, мобилизационной работе и технике особой секретности; проверка работников, командируемых за границу, и личного состава Красной Армии;
— 8-й отдел
(шифровальный):— 1-е отделение — шифровальное;
— 2-е отделение — агентурно-оперативное обслуживание шифрорганов Красной Армии, инспектирование шифрорганов особых отделов, учет и пересылка шифров;
— 9-й отдел
(по обслуживанию военно-морского флота):— 1-е отделение — Главный морской штаб (ГМШ), Разведывательное управление, школа Разведывательного управления, командование управлений, редакции газет и журналов; издательство, прокуратура, трибунал, гидрографическое управление, управление делами, курсы переподготовки начсостава запаса, Центральный дом ВМФ, руководство по линии указанных объектов периферией;
— 2-е отделение — управление ВВС, штаб ВВС, управление ПВО, узел связи ВВС, руководство по линии ВВС периферией.