Отец Золя, чьи предки были выходцами из Зары в Далматин и который сам был венецианцем, был романтиком с огромным вкусом к жизни. Однажды он увидел девушку лет девятнадцати, выходившую из церкви, влюбился, побежал за ней и женился. Она была гречанка с острова Корфу. После завоевания австрийцами Венеции Золя перебрался в Австрию, потом в Голландию и Англию. В двадцать шесть лет он прокладывал в Австрии одну из первых в Европе железных дорог, позже он служил офицером в Иностранном легионе в Алжире, но вынужден был спешно покинуть его ввиду приключившейся с ним любовной истории. Приехав в Марсель в 1833 году, он поселился в окрестностях и разрабатывал множество грандиозных прожектов, среди которых его внучка упоминает следующие: «план фортификации Парижа; использование разных машин для вычерпывания земли — предшественник наших паровых землечерпалок; строительство нового порта в Марселе и, наконец, план, который был в действительности претворен в жизнь, — канал для снабжения Экса питьевой водой во время засух».
Эмиль родился в Париже в апреле 1840 года и был привезен в Экс в 1843-м, когда его отец поселился там со своей новой женой (которая по случайности носила в девичестве ту же фамилию, что и мать Поля, — Обер). В следующем году королевский декрет утвердил строительство канала, и наконец в феврале 1847 года план во всех деталях был принят. Была основана компания с капиталом в 600 тысяч франков. Но беспокойный и непредусмотрительный инженер, измотанный долгой борьбой, подхватил воспаление легких и умер в Марселе 27 марта 1847 года в возрасте пятидесяти двух лет. Золя навсегда запомнил комнату в гостинице на улице Арбре, где он увидел тело отца, и в течение многих лет самое слово «смерть» сокрушало его.
Канал был прорыт, он и по сей день действует, плотина в его начале носит название «Плотина Золя», а в Эксе один бульвар назван именем Франсуа Золя. Но вдова его наследовала весьма немного — в основном массу долгов и судебных предписаний. Она решительно боролась за выправление ситуации, прибегнув к помощи своих родителей, которые переехали в Экс, дабы соединиться с ней.
После того как Эмиль прошел начальную школу и пансион при соборе Нотр-Дам, его в октябре 1852 года отдали в Коллеж Бурбон, то есть в то же время, что и Поля.
Гаске передает нам, что Поль говорил позже: «В школе Золя и я считались феноменами. Я запросто в два счета мог выучить сотню латинских стихов, я был вполне деловым человеком, когда был молод. Золя совершенно ничем не интересовался. Он мечтал. Он был абсолютно необщителен, этакий меланхоличный бедняк. Знаете, того типа, который ребята обычно ненавидят. Без всяких на то оснований они его травили. И с этого началась наша дружба. Вся школа, большие ребята и малыши, устроили мне как-то взбучку за то, что я не участвовал в их остракизме. Я плевал на них — подошел и поговорил с ним, как обычно. Славный товарищ. На следующий день он принес мне корзину яблок. Вот они откуда, яблоки Сезанна! Они восходят к старинному времени».
Как обычно, записи Гаске не вполне точны, но суть передана правильно, вне всяких сомнений. Экские мальчишки дразнили Золя Марсельцем и Франком (Franciot).
Он писал в «Исповеди Клода», сколь отвержен он был среди соучеников, «которые были безжалостны и бездушны, как это свойственно детям. Сам я был, должно быть, странным существом, способным лишь любить или плакать; я страдал с самых первых моих шагов. Мои школьные годы были годами слез. Во мне таилась гордость любящих натур. Меня не любили, так как меня не знали, сам же я отказывался открыться». Эмиль и Поль, два безнадежных аутсайдера, сошлись вместе. Они нашли еще несколько мальчиков, с которыми могли ладить: Маргри, руководителя оркестра, шумливого веселого малого, который позже покончил с собой, Бойера, который пел басом, и в особенности Баптистена Байля, который был двумя годами моложе Поля, но учился в том же классе. В 1860 году Золя описывал себя, Поля и Байля «троицей, богатой в надеждах, равными друг другу в нашей юности, в наших мечтаниях» (в письме к Полю), и объявлял (в письме к Байлю), что то, что было