Четырнадцатого марта Золя вернулся в свой дом в Батиньоле; уже через четыре дня возобновилась публикация выпусков «Карьеры Ругонов» и была провозглашена Коммуна. Ему пришлось пережить трудные моменты, так как его арестовали сначала повстанцы, а потом сторонники правительства; не дожидаясь третьего ареста, он перебрался в Боньер. 28 мая Коммуна была потоплена в крови, и Золя вернулся в Париж. В Марселе реакционеры пытались при поддержке Национальной гвардии устроить манифестации в одобрение Тьеру, но рядовые солдаты примкнули к населению, выступавшему в защиту префектуры. Радикал Кремье провозгласил Коммуну. Но регулярные войска с генералами и городскими авторитетами ушли из города и однажды утром атаковали Марсель и обстреляли префектуру с холмов. Матросы, верные генералитету, ворвались в опустевшее здание. Начались жестокие репрессии, около ста пятидесяти человек было убито и более пятисот арестовано. Главнокомандующий округом вошел в город, приветствуемый богачами и проклинаемый бедняками. Национальная гвардия была разоружена, и три деятеля Коммуны приговорены к смерти, хотя Кремье через шесть месяцев все еще не был расстрелян. Симпатии к коммунарам, которые позже выражал Поль, возможно, возросли именно под влиянием этих событий, более близких, чем подобные им в Париже.
Золя проявлял беспокойство, не зная, что случилось с Полем: 2 марта он писал Алексису: «У меня нет никаких новостей о Сезанне, он, наверно, где-нибудь в деревне около Экса». Через некоторое время, в мае или июне, Алексис отвечал: «Сезанна нет. Я долго беседовал с М. Жиро, по прозвищу Лонгус, владельцем дома, который Сезанны снимали в Эстаке. Обе птички упорхнули с с месяц назад. Гнездышко свободно и заперто на ключ. Они перебрались в Лион. Лонгус заявил мне: «Подождите, пока Париж не кончит дымиться. Я удивлюсь, если через месяц мы не увидим его в Париже». Но Золя знал Поля лучше, чем Алексис. 30 июня он отвечал: «То, что Вы говорите о бегстве Сезанна в Лион, — это все старушечьи сплетни. Наш друг просто хотел сбить со следа сьера Жиро. Он спрятался где-то в Марселе или в какой-нибудь укромной долине. Мне бы хотелось разыскать его как можно быстрее, так как я ужасно беспокоюсь. Вообрази. Я писал ему за день до того, как Вы отправились к нему. Мое письмо, адресованное в Эстак, должно быть, затерялось — не велика потеря, но я боюсь, что в результате непредвиденных обстоятельств оно могло попасть в Экс прямо в руки его отцу. А там есть кое-какие детали, компрометирующие в его глазах сына. Вы понимаете, о чем я говорю. Я бы хотел разыскать Поля, чтобы попросить у него это письмо обратно. Поэтому я возложу на Вас следующее поручение. Сходите в Жа де Буффан, где Вы сможете разведать новости о Сезанне. Постарайтесь улучить момент, чтобы поговорить с матерью наедине, и попросите ее точный адрес сына для меня».
Далее Золя писал об Ортанс. Он знал, как Поль был запуган своим отцом и что последний вскрывал корреспонденцию сына. Алексис предпринял разыскания, неясно в Жа или где-либо еще, но, похоже, что место пребывания Поля он в конце концов узнал. За несколько дней до отъезда Сезанна в Париж, 4 июля, Золя писал:
«Мой дорогой Поль, твое письмо доставило мне большую радость, так как я уже начал волноваться о тебе. Прошло ведь уже четыре месяца с тех пор, как мы не имели известий друг о друге. Примерно в середине прошлого месяца я писал тебе в Эстак. Потом я узнал, что ты оттуда уже уехал и письмо мое пропало. Я совершенно отчаялся тебя разыскать, и вот ты сам разрешил эту проблему.
Ты спрашиваешь о новостях. Вот моя история в нескольких словах. Я писал тебе, помнится, перед моим отъездом из Бордо и обещал написать вскоре по приезде в Париж. Я приехал 14 марта, через четыре дня, 18 марта, разразилось восстание, почтовые отделения были закрыты, и я не мог уже связаться с тобой. Около двух месяцев я жил в самом пекле, день и ночь шла канонада, ближе к концу снаряды постоянно летали со свистом над моим садом. Наконец 10 мая, устрашенный возможностью ареста в качестве заложника, я бежал с помощью прусского паспорта в Боньер и переждал там самые критические дни. Теперь я вновь в своем доме в квартале Батиньоль и чувствую, словно я проснулся от дурного сна. Мой домик в саду такой же, как прежде, садик совсем не тронут, ни одна вещь не испорчена, ни одно растение не сломано, я почти начал думать, что две осады были просто дурными шутками, могущими запугать разве что детей».
Золя был настроен оптимистично. «Как я всегда говорил тебе, наше царство у нас в руках». «Карьера Ругонов» находилась в печати, и Золя с удовольствием работал над корректурой. «Мне жаль, что не все слабоумные померли, но меня утешает то, что мы живы. Мы можем вновь вступить в борьбу».