Установлены случаи, когда арестованные, не желая подписывать протоколы с ложными показаниями, кончали жизнь самоубийством или умирали в тюрьме после избиений и пыток. В ряде случаев подсудимые с целью искусственного создания улик против арестованных использовали свидетелей-провокаторов. Действуя таким путем, подсудимые искусственно создавали на территории Азербайджанской] ССР большое количество мнимых контрреволюционных организаций, якобы ставивших своей целью свержение советской власти путем вредительства и диверсий в народном хозяйстве Азербайджанской] ССР, подготовку терактов против Берия, Багирова и Сумбатова-Топуридзе и открытого вооруженного восстания.
В результате этих вражеских действий подсудимых Багирова, Борщева, Маркаряна, Григоряна, Атакишиева и Емельянова только по проверенным в настоящее время делам тысячи лиц из числа советско-партийного актива, служащих, рабочих и колхозников Азербайджанской] ССР были необоснованно осуждены к расстрелу или к длительному сроку лишения свободы.
Этими преступными действиями подсудимых народному хозяйству Азербайджанской] ССР был нанесен большой вред, в особенности в нефтяной промышленности, транспорте и сельском хозяйстве. Кроме того, производимые подсудимыми необоснованные массовые аресты и произвол создали среди населения обстановку страха, подозрительности, тревоги и неуверенности за свою судьбу и судьбу своих близких.
Багиров, попирая принципы советской демократии, систематически преследуя всех, кто пытался в какой-либо мере подрывать искусственно им созданный ложный свой авторитет, и нарушая социалистическую законность, использовал эту созданную им обстановку произвола и беззакония для расправы с лицами, могущими разоблачить его и Берия преступную деятельность, а также с лицами, неугодными им.
Зная о том, что ряд старейших большевиков-подпольщиков, активных участников установления советской власти в Азербайджане, высказывал политическое недоверие врагу народа Берия в связи со службой его в мусаватистской разведке, Багиров дал указание об аресте Анашкина И. И., члена КПСС с 1902 года, Ульянова И. В., члена КПСС с 1903 года, Арустамова Д., члена КПСС с 1904 года, Довлатова И., члена КПСС с 1906 года, Плешакова М. Г., члена КПСС с 1904 года, Баба-Алиева, члена КПСС с 1904 года, Мирзабекяна Т. К., члена КПСС с 1907 года, Арзаяна М. Т., члена КПСС с 1905 года, Багдасарова А. С., члена КПСС с 1907 года, Манучарова Н. В., члена КПСС с 1906 года, Веселова Д. В., члена КПСС с 1903 года, Овчияна Б. Н., члена КПСС с 1906 года, Попова Г. И., члена КПСС с 1905 года, и других.
Сообщники Багирова подсудимые Борщев, Маркарян, Григорян, Атакишиев и Емельянов, выполняя вражеские указания Багирова, участвовали в фальсификации уголовных дел на указанных выше старейших членов партии, ложно обвиняя их в тяжких государственных преступлениях, в результате чего большинство из них были расстреляны, а остальные умерли в местах заключения.
Питая ненависть к выдающемуся деятелю Советского государства и Коммунистической партии Советского Союза Серго Орджоникидзе, подсудимый Багиров совместно с Берия фабриковали клеветнический материал на него, для чего Багиров, лично участвуя в допросах арестованных Фарадж-Заде, Буниад-Заде, Рохлина и других, принуждал их вместе со своими сообщниками к даче ложных показаний, компрометирующих Серго Орджоникидзе.
В 1937 году по преступному указанию Багирова необоснованно были арестованы бывшие секретари ЦК Компартии Азербайджана Ахундов Р. А. и Караев А. Г., председатель ЦИК Азербайджанской] ССР Эфендиев, председатели СНК Азербайджанской] ССР Буниат-Заде, Сафаров и Рахманов У., нарком коммунального хозяйства Султанов Г., нарком земледелия Везиров Г. С. и ряд других руководящих партийно-советских работников Азербайджанской] ССР, в отношении которых подсудимыми были сфальсифицированы дела о принадлежности указанных лиц к мнимой контрреволюционной буржуазно-националистической организации, при этом Ахундов якобы являлся основным руководителем этой организации, Караев — руководителем членов организации, проживавших вне Азербайджана, а Рахманов — руководителем мнимого запасного центра.
В 1938 году также по указанию Багирова были арестованы заместитель] председателя СНК Азербайджанской] ССР Халилов М., нарком земледелия Мамедов А., нарком торговли Асадуллаев И., нарком легкой промышленности Алиев И., уполномоченный наркомата связи Родионов, ответственный работник СНК Азербайджанской] ССР Любарский-Новиков Б. Г., в отношении которых сообщники Багирова сфальсифицировали обвинение как на руководителей нового, так называемого «запасного правотроцкистского центра контрреволюционной националистической организации».