С декабря 1937 года по февраль 1939 года, возглавляя воднотранспортный отдел НКВД Азербайджанской] ССР, Григорян являлся инициатором массовых арестов, избиений и фальсификаций уголовных дел на работников Каспийского пароходства — Рахманова Г. и других в количестве 8 человек, Ставонина, Лукина, […], Чернякова, Курилова и других в количестве 12 человек, Зенина и других комсомольских работников пароходства в количестве 24 человек, Шнейдера и других в количестве 10 человек и на многих других специалистов и рабочих пароходства.
Григорян участвовал в фальсификации материалов обвинения на крупных работников нефтяной промышленности Али-Мурад Бейли Д. Д., Султанова Б. И., Сафарова Ю. А., Столпиевского, Манунтиковича и других.
Григорян также участвовал в фальсификации дел на директора электростанции «Красная звезда» Калинина и других в количестве 11 человек, на секретаря Бакинского горкома ЛКСМ Осташко, руководящих работников комсомола Лебедева, Маркарова, Можнова, Агамова, Делерзона, Анашкину и многих других партийных, советских и комсомольских работников.
Как установлено следствием, Григорян причастен к фальсификации около 100 дел, по которым осуждены были сотни ни в чем не повинных людей, значительное число из них было расстреляно.
Подсудимый Атакишиев, находясь на ответственной работе в НКВД Азербайджанской] ССР в качестве начальника отделения, помощника и заместителя начальника отдела, в период с 1936 по 1939 год, выполняя вражеские указания Багирова, участвовал в террористической расправе над честными советскими людьми и с этой целью участвовал в необоснованных арестах, избиениях и фальсификации материалов обвинения на арестованных.
Так, судебным следствием установлено, что Атакишиев участвовал в составлении фиктивных следственных документов на арестованных старейших коммунистов — Ульянова, Анашкина, Довлатова, Багдасарова, а также на видных партийных и советских работников Азербайджанской] ССР — Ахундова, Эфендиева, Ризаева, Шамсова, Зейналова, Джуварлинского, Султановой Айны, Везирова, Кулькова, Петросяна, Гарина, Таги-Заде, Шукурли, Каспарова, на группу комсомольских работников Султанова А., Велиева Д., Делерзона, Корытина, Мусаэлова, Анашкину, Воронкина, Агамова и других.
Установлено также, что Атакишиев участвовал в составлении большого количества фиктивных документов по обвинению председателя Шемахинского райисполкома Новрузова, быв[шего] уполномоченного комитета заготовок Шемахинского района Бабаева А. М., быв[шего] председателя Шемахинского райисполкома Лютфулаева и других граждан Шемахинского района, необоснованно арестованных при участии Атакишиева.
Атакишиев участвовал в фальсификации протоколов допроса по делам арестованных Ульянова И. С., Кулькова, Каспарова С. С., Нуриева Г. У., Воронкина, Каминского, Киршбаума, Бабаяна А. А., Эфендиева С. М., Велиева Д., причем, как установлено судебным следствием, Атакишиев с целью получения ложных показаний избивал при допросах Велиева Д., Таги-Заде К., Новрузова, Каспарова и некоторых других, а также присутствовал при избиении Сумбатовым Эфендиева.
Судебным следствием установлена причастность Атакишиева к фальсификации свыше 50 дел, по которым было осуждено большое количество ни в чем не виновных советских граждан, часть из них были осуждены к расстрелу
Подсудимый Емельянов, будучи назначен в феврале 1939 года на должность народного комиссара внутренних дел Азербайджанской] ССР, узнав о вражеской деятельности Багирова и его соучастников Борщева, Маркаряна, Григоряна и Атакишиева по террористической расправе с виднейшими партийными и советскими работниками Азербайджанской] ССР, о создании ими на территории Азербайджанской] ССР путем фальсификации ряда мнимых контрреволюционных организаций, не только не принял мер к выполнению директивы ЦК КПСС и СНК СССР от 17 ноября 1938 года об устранении извращений законности в работе НКВД, но и сам, скрыв тяжкие преступления Багирова и его сообщников, стал на путь необоснованных арестов и фальсификации материалов обвинения на советских граждан и, по существу, явился активным соучастником вражеских действий Багирова и его преступной изменнической группы.
Емельянов не только не принял мер к удалению из аппарата НКВД изобличенного во вражеской деятельности Григоряна, совершившего большое количество террористических расправ с советскими гражданами, но взял его под свою защиту, по указанию Багирова оставил его на работе в НКВД.
Как установлено судебным следствием, избиения арестованных и фальсификация материалов обвинения на них с приходом Емельянова на работу в НКВД продолжались.