До 1798 года в конфедерации не было постоянного центрального государственного органа, периодически созывались общесоюзные сеймы – тагзатцунги, где право голоса имели только полноправные кантоны; не было общесоюзных администрации, войска, финансов. В начале XVI в. возникает и распространяется реформационнос движение, инициатором Реформации в Швейцарии был У. Цвингли. В процессе Реформации было секуляризовано церковно-монастырское имущество, закрыты монастыри, из церквей удалены иконы. Патрициат и дворянство почти полностью были вытеснены из городского управления. Новая церковная организация была полностью подчинена городскому магистрату. С 1536 года стали распространяться идеи Ж. Кальвина утвердившие свободу личности. В начале 40-х гг. в Женеве был введен кальвинизм, она стала центром распространения кальвинистской Реформации в Европе. Во второй половине XVI в. кальвинизм вытеснил цвинглианство в швейцарских протестантских кантонах.
Протестантские кантоны во 2-й половине XVI–XVII вв. переживали экономический подъем. Этому способствовал приток в Швейцарию протестантов и грантов из католических стран, с переселением которых в Швейцарии началось развитие новых отраслей промышленности (в частности производство знаменитых швейцарских часов). Высокий экономический уровень сохранился еще и за счет того, что страна не участвовала в опустошительной Тридцатилетней войне 1618–1648 гг. По Вестфальскому миру 1648 года самостоятельное государственное существование Швейцарского союза получило международное признание. Но экономическое и внешнеполитическое благополучие не исключало внутренних религиозно-политических противоречий. Заключение в 1586 году католическими кантонами (Швиц, Ури, Унтервальден, Люцерн, Фрейбург, Цуг, Золотурн) сепаратного союза для защиты католицизма привело по существу к разделению страны на католический и протестантский блоки. Столкновения между ними, отражавшие в религиозной форме стремление экономически развитых кантонов изменить устаревшее государственное устройство Швейцарии, обеспечивавшее политическое господство отсталым католическим кантонам, принимали форму открытых войн (например, так называемые, 1-я и 2-я Вильмергенские войны, 1656, 1712 гг.). Против патрицианско-цеховых олигархий, захвативших власть во многих городских магистратах, выступало также и крестьянство городской округи (крупнейшее восстание – Крестьянская война 1653 г.), поддерживаемое городским плебейством, а также буржуазной прослойкой горожан. Особенно усилилась борьба с городскими олигархическими режимами в XVIII в. (восстание 1707 г. в Женеве, заговор 1749 г. в Берне и другие).
Великая французская революция стимулировала стремление буржуазии Швейцарии к ликвидации устаревших социально-экономических отношений и олигархические формы правления. В 1790 году в Париже был создан «Клуб швейцарских патриотов» (Гельветический клуб), в 1792 году прошли революционные выступления в Женеве, Вале, Во. В Базеле была образована, так называемая, Рауракская республика (в мае 1793 г. присоединена к Франции). Весной 1798 года французские войска вступили в Швейцарию, 5 марта заняли Берн. Конфедерация 13 кантонов распалась, а 12 апреля в городе Аарау при поддержке Франции была провозглашена Гельветическая республика (в состав ее наряду с прежними 13 кантонами вошли Вале, Леман, Ааргау, Беллинцона, Лугано, Реция, Зарганс, Тургау и Санкт-Галлен), была введена конституция (составленная по образцу французской конституции 1795 года), а Швейцария стала централизованным унитарным государством.
Оборонительно-наступательный союз (август 1798 г.) с Францией вовлек Швейцарию в войну со 2-й антифранцузской коалицией, в ходе которой территория Швейцарии стала театром военных действий. В Швейцарии развернулась борьба между унитариями и федералистами. В феврале 1802 года была принята новая, так называемая, Мальмезонская конституция (от названия города Мальмезон, где проходили переговоры унитариев с федералистами), предоставлявшая кантонам ограниченное самоуправление. 19 февраля 1803 года Наполеон I издал «Акт о медиации», восстанавливавший существовавшее до 1798 года государственное устройство Швейцарии, кроме прежних 13 кантонов в состав Союза включались Граубюнден, Ааргау, Тургау, Санкт-Галлен, Во, Тичино.
29 декабря 1813 года, после падения наполеоновской империи, союзный сейм Швейцарии отменил «Акт о медиации» и объявил о намерении Швейцарии соблюдать строгий нейтралитет. Новый союзный договор, выработанный в сентябре 1814 года и утвержденный сеймом в августе 1815 года, был одобрен Венским конгрессом, признавшим в специальной декларации «вечный» нейтралитет Швейцарии. 20 ноября 1815 года, в Париже, Россия, Англия, Франция, Пруссия и Испания подписали акт о признании нейтралитета Швейцарии и о неприкосновенности ее территории.