Негодование жителей Праги было настолько ярко выраженным, что даже те, кто подписал призыв к интервенции, не решились создать то, что они планировали, – некое «революционное правительство». Это смешивало все карты организаторов вторжения.
Как стало известно только недавно, в Прагу вместе с войсками тайно прибыл член Политбюро и Первый заместитель Председателя Совета Министров СССР К. Т. Мазуров. Он находился здесь под именем «генерала Трофимова», хотя на нем была форма полковника. Он руководил действиями армии, подразделениями КГБ, гражданскими лицами и два-три раза в день разговаривал по специальному телефону с Брежневым и Косыгиным. Однако не только в Праге, но и в Москве плохо знали, что нужно делать, так как складывавшаяся обстановка совсем не соответствовала плану, разработанному ранее совместно с авторами «Обращения». В конце концов было решено арестовать лишь тех, кого считали главными фигурами «пражской весны». Из здания ЦК в сопровождении советских военных и нескольких работников чехословацкой службы безопасности, объявивших себя представителями «революционного трибунала», возглавляемого А. Индрой, вывели и увезли в неизвестном направлении Дубчека, Смрковского, Кригеля и Шпачека. Был арестован находившийся вне здания ЦК премьер Черник. Остальные руководители партии были освобождены и смогли покинуть здание ЦК. Вскоре арестовали также и Цисаржа. Всех арестованных доставили на аэродром и увезли, а затем разместили в разных местах заключения в СССР и Польше. С Дубчеком обращались особенно грубо; когда его толкнули на пол военного самолета, то рассекли ему лоб.
Утром 21 августа Чехословакия представляла собой бушующее море негодующих людей, в кольце которых оказались танки и войска интервентов. Они не могли, да и не имели права разгонять манифестации. Войска предназначались для военных действий, но повода для этого не было. Радио и специальные выпуски утренних газет призывали население к спокойствию, людей просили не строить баррикад и без нужды не выходить из дому. С призывом к спокойствию обратился к гражданам ЧССР и Президент Л. Свобода, к которому фактически перешла власть в стране. К концу дня вся Чехословакия была оккупирована, воздушные десанты захватили Братиславу, Брно и другие крупные города, дивизии «союзников» вошли в страну. Чехословацкая армия не оказывала сопротивления, но и не сдавала оружия.
Ночью 21 августа в Праге были снова предприняты лихорадочные усилия по созданию нового правительства. В одной из гостиниц собрались представители советского военного командования, посольства СССР и ряд просоветски настроенных лидеров КПЧ. Но дискуссия ничем не кончилась, было очевидно, что народ отвергнет любое антидубчековское правительство.
Между тем оставшиеся на свободе министры также собрались вечером и, избрав временное руководство, заявили о том, что берут управление страной в свои руки. И правительство, и Национальное собрание призывали народ к сплоченности и единству действий. Хотя редакции главных газет были заняты войсками, почти все газеты сумели наладить свою работу на базе других типографий. В городе появились миллионы листовок. Начал работать новый телевизионный центр и множество новых радиостанций. Москва не знала, что делать.
Советские войска в Праге оказались в полной изоляции, среди солдат и офицеров росло недовольство и недоумение. Они все время были окружены враждебной толпой. Население городов и сел не давало солдатам воды и пищи, не разрешало пользоваться туалетами, что создавало трудности при 30-градусной жаре. При этом войска имели приказ – не применять силу в отношении гражданского населения. Радиолюбители забивали передачи военных радиостанций. Некоторые чехи и словаки бросались под танки. С обеих сторон росло озлобление, но никакого политического решения кризиса в Москве найдено еще не было. По сообщениям чехословацких газет, одно из советских воинских подразделений заняло здание Академии наук ЧССР, а президенту Академии было вручено предписание:
«Я, представитель войск Варшавского Договора, старший лейтенант Орлов Ю. А., приказываю прекратить работу с 13 часов 22 августа всем работникам и членам Президиума Чехословацкой Академии наук и освободить все помещения Академии наук ЧССР».
Академия, разумеется, продолжала работать в других помещениях и обратилась за поддержкой к ученым всего мира.