Окончив стандартную московскую школу в 1977 г., А.Н. Медушевский получил высшее образование в Московском государственном историко-архивном институте (МГИАИ), который окончил с отличием в 1982 г. Это учебное заведение было нетипично в ряде отношений. Оно было основано с прагматической целью подготовки кадров для архивного ведомства (бывшего в непосредственном ведении НКВД, а позднее Совета министров). Поэтому идеологическая составляющая образования парадоксальным образом была здесь менее выражена, приоритет отдавался изучению источников, их видов и методов их научной критики, истории государственных учреждений и вообще анализу реальных исторических процессов, знание которых представлялось необходимым для будущих историков-архивистов. Этим объясняется исключительный состав профессоров данного учебного заведения, среди которых присутствовали представители старой школы или их ученики, которые в силу обстоятельств того времени не могли реализовать себя в других учебных заведениях. В разное время здесь преподавали такие ученые, как А.И. Андреев, В.К. Яцунский, С.Н. Валк, М.Н. Тихомиров, Н.Л. Рубинштейн, Л.В. Черепнин, А.А. Зимин, читавшие курсы истории, истории права, историографии, источниковедения, экономической истории, исторической географии, вспомогательных исторических дисциплин. Некоторые из них получили эту возможность до отстранения от преподавания (как Андреев); другие (как Черепнин) после ссылки; третьи (как Зимин) – во время организованных выступлений против них, а потому стремились активно использовать ее. Несмотря на различные репрессивно-идеологические кампании сталинского и последующего времени, в этом сегменте высшего образования царила атмосфера строгой науки, от учеников требовали досконального знания источников и всей литературы по избранной теме.
В этой связи необходимо отметить
В результате, в 1970– начале 80-х гг., когда А.Н. Медушевский учился в Институте, очень четко осознавалась непримиримая борьба двух направлений – научного и идеологического. Она вполне воспринималась мыслящими студентами, поставленными перед жестким выбором между наукой и карьерой. Выбор научной стратегии рассматривался как признак нелояльности, склонность к индивидуализму или в лучшем случае стремление уйти в «тихую заводь», отказавшись от «активной общественной работы». Одним из проявлений этих настроений стала деятельность научных студенческих обществ – кружков русской истории и источниковедения, всеобщей истории, возглавлявшихся проф. А.И. Комиссаренко и С.О. Шмидтом, а также Н.И. Басовской. Эти кружки, самим фактом своего существования, определяли не только научный, но и ценностный выбор молодых людей. А.Н. Медушевский активно включился в эту работу, став председателем кружка по русской истории.