Генерал-лейтенант А. И. Антонов работу в Генеральном штабе начал в 1942 году с должности первого заместителя начальника Генштаба и начальника Оперативного управления. Это был человек высокой штабной культуры и организованности. С 1943 года большинство директивных документов подписывались И. В. Сталиным вместе с генералом армии А. И. Антоновым или одним Антоновым от имени и по поручению Сталина и Ставки. Он докладывал Верховному Главнокомандующему о положении на фронтах. Его не раз направляли в войска. Он непосредственно участвовал в разработке важнейших операций Красной Армии, в том числе Берлинской и Пражской.
А. И. Антонов немало сделал по организационному совершенствованию работы Генштаба на новом победоносном этапе войны. С февраля 1945 года А. И. Антонов занимал пост начальника Генерального штаба, входил в состав Ставки Верховного Главнокомандования. Он единственный генерал армии, удостоенный высшего ордена "Победа". Антонов участвовал в Крымской и Берлинской конференциях союзных держав.
Государственное и военное руководство И. В. Сталина, считал А. И. Антонов,- одна из важных составных побед Красной Армии в Отечественной войне.
Хорошее мнение у И. В. Сталина сложилось о командующем авиацией дальнего действия Главном маршале авиации Александре Евгеньевиче Голованове. Дивизия под его командованием и при личном участии бомбила Берлин, Кенигсберг, Данциг и другие стратегические объекты. Соединения авиации дальнего действия поддерживали наземные войска под Сталинградом, Курском и Берлином, помогали нашим и югославским партизанам. "Начиная с того момента, как я,- пишет А. Е. Голованов,- вступил в командование 81-й дивизией в августе 1941 года, в дальнейшем преобразованной в 3-ю авиационную дивизию Дальнего действия Ставки Верховного Главнокомандования, а в дальнейшем став командующим АДД, кроме лично Сталина никто не руководил ни моей деятельностью, ни деятельностью указанных мной соединений и рода войск...
Могу сказать одно, что за все время моего общения с И. В. Сталиным я не имел основания утверждать или с чьих-либо слов предполагать, что отношение Верховного к другим военачальникам как-либо разнилось с отношением ко мне. Отношение его к людям соответствовало, если можно так сказать, их труду, их отношению к порученному им делу. Каково было отношение товарищей к порученной им работе, таково было и отношение к ним И. В. Сталина...
Длительное время работали с ним те, кто безусловно, а может быть, правильнее сказать, безупречно знали свое дело, умели его организовать и умели им руководить. Способных и умных людей он уважал, подчас не обращая внимания на серьезные недостатки в личных качествах человека, но, прямо скажу, бесцеремонно вмешивался в дело, если оно шло не так, как он считал нужным, уже не считаясь с тем, кто его проводит, и, не стесняясь, выражал со всей полнотой и ясностью свое мнение. Однако этим дело и кончалось, и работа шла своим чередом. Если же он убеждался в неспособности человека, время на разговоры с ним он не тратил, освобождая от непосильной для него, с его точки зрения, должности. Удельный вес Сталина в ходе Великой Отечественной войны был предельно высок как среди руководящих лиц Красной Армии, так и среди всех солдат и офицеров вооруженных сил. Это неоспоримый факт, противопоставить которому никто ничего не может" (Полководцы. М., 1995, С.25-27).
В книге "Воспоминания и размышления" Г. К. Жуков отмечает, что Верховный Главнокомандующий из командующих армиями выделял А. А. Гречко и К. С. Москаленко, ставших после войны Маршалами Советского Союза, маршалов бронетанковых войск И. С. Рыбалко и И. А. Ротмистрова, генерала армии Д. Д. Лелюшенко и генерала армии И. И. Федюнинского. Из начальников штабов фронтов отличал В. Д. Соколовского и М. В. Захарова, ставших также после войны маршалами Советского Союза, и генерала армии М. С. Калинина. Хорошего мнения был о командующем артиллерией Красной Армии Главном маршале артиллерии Н. Н. Воронове. Из военно-морских начальников ценил адмирала флота Советского Союза И. С. Исакова. По-доброму отзывался о генерале армии А. В. Хрулеве. "Невозможно перечислить всех тех, кто пользовался доверием И. В. Сталина. Скажу,- пишет Г. К. Жуков,- только одно: он хорошо знал их лично, ценил за знания и преданность делу и, когда возникала особо ответственная задача, в первую очередь поручал ее решение этим людям" (Г. К. Жуков. Воспоминания и размышления. Т. 2. М., 1990, С.113).