Полагая, что Александр первым нападет на Великое герцогство Варшавское, Наполеон планировал быстро закончить войну путем разгрома русской армии в генеральном сражении на польско-литовской территории в районе Вильно или Варшавы, рассчитывая, что поражение русской армии в одном-двух сражениях вынудит Александра I принять его условия. Отступление русской армии вглубь России застигло его врасплох, заставив в нерешительности задержаться в Вильне на 18 дней: таких колебаний Наполеон ранее никогда не допускал.
Население России в 1811 г. составляло более 40 млн человек. Удар армии Наполеона приняли на себя войска, размещенные на западной границе: 1-я армия Барклая-де-Толли и 2-я армия Багратиона, всего 153 тыс. солдат и 758 орудий. Еще южнее на Волыни (северо-запад нынешней Украины) располагалась 3-я армия Тормасова (до 45 тыс., 168 орудий), служившая заслоном от Австрии. В Молдавии против Турции стояла Дунайская армия адмирала Чичагова (55 тыс., 202 орудия). В Финляндии против Швеции стоял корпус русского генерала Штейнгеля (19 тыс., 102 орудия). В районе Риги находился отдельный корпус Эссена (до 18 тыс.), до 4 резервных корпусов размещались дальше от границы. Нерегулярные казачьи войска насчитывали по спискам 117 тыс. легкой кавалерии, однако реально в войне приняли участие 20–25 тыс. казаков.
Из представленных российскому императору Александру I оборонительных планов был выбран план генерала К. Пфуля. По плану Пфуля предполагалось вести боевые действия тремя армиями, одна из армий должна была удерживать противника с фронта, а другие — действовать с фланга и тыла. Если французы поведут наступление против 1-й армии, она должна отойти и обороняться из Дрисского укрепленного лагеря, а в это время 2-я армия — нанести удары по флангу и тылу наступающих французов. Активные оборонительные действия обеих армий на линиях коммуникаций французов должны были принудить противника к отступлению, поскольку, по мнению автора плана, он не мог долгое время оставаться на опустошенной территории. 3-я армия по этому плану прикрывала фланги 2-й армии и киевское направление. В дальнейшем план Пфуля был отвергнут как невозможный в условиях современной маневренной войны.
Выдвигались и другие предложения относительно стратегии ведения войны. В частности, командующий 2-й Западной армии генерал Багратион предлагал наступательный план против Наполеона, который предусматривал выдвижение весной 1812 г. русских войск на линию Вислы с захватом Варшавы. Царь этот план не одобрил, поскольку к тому моменту Наполеон уже сосредоточил 220 тыс. солдат в укреплениях вдоль русской границы.
Александр запретил вести мирные переговоры до того времени, пока хотя бы один вражеский солдат оставался на русской земле.
Хотя по прибытии к действующей армии император не объявил М. Б. Барклая-де-Толли главнокомандующим, тем самым приняв командование на себя, однако в ночь на 7 (19) июля покинул армию и отбыл в Москву. Когда русская армия организованно отступала от Вильно в северо-восточном направлении, Александр, находившийся в отступающих войсках, был готов к такому развитию событий. Он хорошо усвоил уроки двух серьезных военных поражений — Аустерлица и Фридланда, многому научился с тех пор, став по-настоящему крупным политиком.
Оставив армию, император не позаботился назначить общего главнокомандующего. Отношения между Багратионом и Барклаем-де-Толли после отступления из Смоленска с каждым днем становились все напряженнее. Отсутствие единоначалия могло привести к катастрофическим последствиям. Для решения вопроса о реорганизации управления русской армией был учрежден Чрезвычайный комитет, и 17 августа на его заседании единогласно главнокомандующим был утвержден генерал от инфантерии граф М. И. Кутузов. 17 августа Кутузов в Царево-Займище принял армию. В этот день французы вошли в Вязьму. Кутузов сформировал свой штаб, используя штабы Западных армий. Генерал от кавалерии Беннигсен был определен на должность начальника главного штаба Кутузова, генерал-квартирмейстером всех армий стал М. С. Вистицкий 2-й, его помощником — К. Ф. Толь, дежурным генералом — полковник П. С. Кайсаров.
Большое превосходство противника в силах и отсутствие резервов вынудили Кутузова отступать вглубь страны, следуя стратегии своего предшественника Барклая-де-Толли. Дальнейший отход подразумевал сдачу Москвы без боя, что было недопустимо как с политической, так и с моральной точки зрения. Получив незначительные подкрепления, Кутузов решился дать Наполеону генеральное сражение, первое и единственное в Отечественной войне 1812 г.