В одной из таких школ и начал службу в авиации С. Ф. Жаворонков. Работая помощником начальника школы по политчасти, а затем военным комиссаром и начальником политического отдела ВВС Черноморского флота, он жадно впитывал авиационные знания, стараясь идти вровень с теми, кого воспитывал, за чье моральное состояние и боевое мастерство нес полную ответственность перед партией и Советским государством.
Затем Жаворонков кончил курсы летнабов и занимал командные должности. Прокомандовав немногим более года эскадрильей и авиагруппой, он пришел к заключению, что успешно руководить летным подразделением, а тем более летной частью можно только тогда, когда освоишь профессию пилота.
«Я доложил эти свои соображения начальнику Военно-Воздушных Сил РККА Я. Алкснису, — пишет Жаворонков в своих записках. — Он полностью со мной согласился и осенью 1933 года направил меня в школу летчиков им. Мясникова на Каче, под Севастополем. Ранней весной 1934 года, закончив школу летчиков, я вернулся в Севастополь уже в должности командира авиабригады…»
Морская авиация к тому времени, когда пришел в нее Жаворонков, приобретала все большее значение. Фактически тридцатые годы явились периодом быстрого ее количественного роста. Уже в начале этого периода состав ВВС Балтийского и Черного морей был доведен до двух авиабригад и нескольких отдельных эскадрилий на каждом море. С организацией Тихоокеанского флота (1932) были созданы также и Военно-Воздушные Силы на Дальневосточном морском театре. После образования Северного флота (1933) была сформирована авиаэскадрилья МБР-2 на Севере.
Боевая подготовка авиационных частей морской авиации была нацелена на освоение вновь поступающих самолетов, вооружения и технического оборудования, совершенствование летного мастерства, отработку дальних полетов в открытое море, бомбометание по маневрирующим кораблям и т. д. Особенно интенсивно и успешно проводили боевую подготовку Военно-Воздушные Силы Черного моря. В составе ВВС Черного моря для освоения торпедометания был организован отряд на специально оборудованных самолетах Р-5. Вслед за самолетами Р-5 оборудуются также как носители мин и торпед самолеты ТБ-1, ТБ-3, ДБ-3 в особой (морской) их модификации.
О работе С. Ф. Жаворонкова в должности командира авиабригады помощник командующего морскими силами Черного моря писал в аттестации:
«Бригада имеет большие успехи и крепко выросла в области тактической подготовки. На основе лучшего руководства, планового контроля и повышения требовательности бригада заняла безаварийное место в составе ВВС ЧМ. За 1934 год Жаворонков вырос сильно в оперативно-тактических вопросах. Штаб, несмотря на молодость отдельных работников, является вполне сколоченным органом боевого управления».
В 1936 году Жаворонков заканчивает оперативный факультет Военно-воздушной академии имени Жуковского и назначается командиром Пятого тяжелобомбардировочного авиационного корпуса, а вскоре — командующим ВВС Тихоокеанского флота.
Когда в январе 1938 года был образован Народный комиссариат ВМФ, морская авиация стала составной частью Советского Флота. Она получила наименование ВВС ВМФ. Во главе управления авиацией Военно-Морского Флота был поставлен С. Ф. Жаворонков.
На каких бы должностях перед Великой Отечественной войной ни работал С. Ф. Жаворонков, он постоянно думал об укреплении силы авиации ВМФ, о разработке новых приемов ее боевого применения, настойчиво изучал стратегию и тактику вероятного противника на морских театрах. В беседах со своими помощниками и подчиненными он старался вселить уверенность в могучую силу авиации. К сожалению, война с фашизмом началась иначе, чем можно было предположить, и роль морской авиации в начальный период свелась к использованию ее на сухопутных направлениях. Однако и в трудный первый год Великой Отечественной войны на счету летчиков морской авиации немало было славных героических страниц. Одна из них — бомбардировка фашистского логова — Берлина.
Идея о воздушных налетах на вражескую столицу зародилась в штабе ВВС ВМФ сразу же после первых налетов немецких бомбардировщиков на Москву. Встретившись с наркомом Военно-Морского Флота Н. Г. Кузнецовым, Семен Федорович внес предложение послать на Берлин группу самолетов-торпедоносцев ДБ-3. Кузнецов обещал доложить об этом в Ставку Верховного Главнокомандования. Уже через три дня он не без удовольствия сообщил:
— Сталин дал согласие на проведение операции.
Разрешил для нее взять из состава ВВС КБФ две эскадрильи, наиболее подготовленные для ночных полетов.
Помолчав, Кузнецов добавил:
— Кроме того, Сталин сказал: поскольку Жаворонков внес это предложение, пошлите его и командовать этой операцией.
— Благодарю за доверие, — ответил Жаворонков и недоуменно пожал плечами, — только не совсем понятно, почему выделяются столь малые силы для выполнения такой большой задачи. Ведь практически мы смогли бы собрать до семидесяти экипажей, умеющих пилотировать ДБ-3 ночью и в сложных метеоусловиях.
Кузнецов разъяснил: