Экипажи морской авиации несли противолодочное патрулирование в назначенных им районах моря. Они включались также в состав сил противолодочной обороны конвоев. На морских летчиков возлагались задачи поиска подводных лодок, выполнение атак, наведение на обнаруженные лодки своих кораблей. Поиск подводных лодок вели, как правило, гидросамолеты. Торпедоносцы, бомбардировщики и штурмовики при необходимости вылетали в районы обнаружения или предположительного нахождения подводной лодки для бомбометания. Противолодочная оборона конвоев выполнялась парами и одиночными самолетами МБР-2.
Рассказ о деятельности С. Ф. Жаворонкова на посту командующего военно-воздушными силами Военно-Морского Флота в годы Великой Отечественной войны был бы неполным, если не вспомнить об активном участии морских летчиков в прикрытии военных транспортов наших союзников. По долгу службы Семену Федоровичу иногда приходилось встречаться в представителями английского и американского командования в связи с проводкой их транспортных судов. Каждый раз природный ум и богатый жизненный опыт помогали Семену Федоровичу с успехом решать вопросы в самых различных ситуациях.
Рассказывают об одном разговоре, происшедшем между Жаворонковым и представителем одной зарубежной фирмы, поставлявшей в Советский Союз военное снаряжение.
— А вы, мистер Жаворонков, можете гарантировать, что снаряжение, которое я подготовил к отправке в Советский Союз, не достанется акулам или не окажется в руках наших врагов?
В ответ на это заявление представителя иностранной фирмы Жаворонков сказал:
— Лично я гарантировать не могу, но это может сделать и непременно сделает наше социалистическое государство, его люди, наши славные воины.
Иностранец не унимался:
— Ну кто, как не вы, знаете возможности авиации и ее летчиков! Вы уверены, что они способны оградить наши транспорты от немецких атак? Дайте гарантию!
— Авиация у нас сейчас лучше фашистской. Люди наши золотые, с боевым опытом. А гарантия — это слово советского человека, который никогда на ветер слов не бросает.
— О, вы фанатик, господин Жаворонков, настоящий фанатик, — засмеялся иностранец.
— Если бы в вашей стране было побольше таких фанатиков, как я, закончил разговор Жаворонков, — мир не дал бы Гитлеру развязать эту тяжелую, кровопролитную войну.
— Браво, браво! Я сдаюсь, — захлопал в ладоши представитель фирмы и, раскланявшись, вышел из кабинета Жаворонкова.
В феврале 1945 года С. Ф. Жаворонков успешно выполняет задание Советского правительства по обеспечению перелета в Советский Союз делегаций стран — участниц Ялтинской конференции.
Если говорить коротко о боевом вкладе авиации Военно-Морского Флота в общую победу над фашистскими захватчиками, то можно сказать прямо: авиация ВМФ являлась главной ударной силой флота, Об этом свидетельствуют и цифры. На долю авиации приходится свыше 50 процентов тоннажа транспортных судов и более 60 — боевых и вспомогательных кораблей, потерянных гитлеровцами от воздействия нашего флота в целом. Авиацией Военно-Морского Флота в течение войны было совершено более 350 тысяч самолето-вылетов, сброшено на врага свыше 27 тысяч тонн бомб, пущена 1371 торпеда, поставлено 2425 мин.
Коммунистическая партия и Советское правительство высоко оценили работу С. Ф. Жаворонкова по организации и руководству боевыми действиями авиации ВМФ. В 1943 году ему было присвоено звание генерал-полковника авиации, а в 1944 году — маршала авиации.
За операции, успешно проведенные авиацией ВМФ, он был награжден орденом Ленина, Красного Знамени, орденом Нахимова 1-й степени, двумя орденами Ушакова 1-й степени, орденом Кутузова 2-й степени и многими медалями.
Победоносно завершилась Великая Отечественная война. Партия направляет маршала авиации С. Ф. Жаворонкова на руководящую работу в Гражданский воздушный флот — сначала заместителем, а затем начальником Главного управления ГВФ при Совете Министров СССР. И Жаворонков с присущей ему кипучей энергией взялся за новое для него дело. Восстановление воздушных линий, аэропортов, территориальных управлений и организация воздушных перевозок во всех освобожденных республиках, краях и областях являлись важнейшими задачами управления Гражданского флота. Много сил затрачивал Семен Федорович на решение вопросов, связанных с техническим перевооружением флота на новую авиационную технику, со строительством и оборудованием аэродромов, а также по обеспечению безопасности полетов.
Гражданская авиация стала получать от отечественных заводов все больше и больше самолетов, совершенных по своим летно-техническим данным. Законом о пятилетнем плане восстановления и развития народного хозяйства СССР на 1946–1950 годы была намечена большая программа развития гражданской авиации.