А опыт этот заключался, по его словам, в том, что в бою под Яньтайскимл копями одна из дивизий русской армии, попав в высокий гаолян, рассыпалась, и управление ею в бою было потеряно. Начальника дивизии генерала Орлова ранило, а начальника штаба Глобачева конь занес в тыл, и подполковник справиться с ним не смог. Так вот и было решено: чтобы впредь верховые лошади не заносили офицеров, потребовать от офицеров Генштаба хорошей верховой езды.
На втором курсе академии чисто военные дисциплины занимали еще больший удельный вес, чем на первом: стратегия, общая тактика, история новейших войн, общая военная статистика, представлявшая, по существу, обзор пограничных с Россией стран на западе и востоке, инженерная оборона государства, военные сообщения, военно-морское дело и т. д. Помимо работы в академии, к практическим занятиям по тактике приходилось много готовиться дома.
После завершения учебы на втором курсе и сдачи экзаменов офицеры уходили в войска, считаясь окончившими академию по второму разряду. И только те, кто имел успеваемость свыше 10 баллов, оставались еще на год для учебы на дополнительном курсе. Шапошников закончил оба основных курса по успеваемости седьмым. Поэтому он и был оставлен для учебы в академии на дополнительном курсе. Офицеры, оканчивавшие его, предназначались для службы в Генеральном штабе. Программа дополнительного курса состояла преимущественно из практических занятий.
Академию возглавлял в период учебы в ней Шапошникова генерал Щербачев. По словам Бориса Михайловича, на этот пост Щербачев попал только потому, что активно участвовал в подавлении революции 1905 года. Под стать начальнику был и правитель дел академии полковник А. К. Баиов. По своему служебному положению правитель дел имел большой вес в постановке учебного процесса. Сам он читал лекции по истории военного искусства, читал скучно и нудно. Полной бездарностью был преподаватель тактики конницы профессор Елчанинов, который к тому же плохо ездил на лошади и потому приходил иногда на лекции с забинтованной головой. За это и за его ум офицеры окрестили Елчанинова «всадником без головы».
Но были и другие профессора в академии, о которых с уважением отзывался Шапошников: военный инженер Иппатович-Горанский, артиллерийский специалист полковник Дельвиг, отличный лектор по тактике пехоты Данилов, блестящий сказитель русской истории профессор Платонов, впоследствии действительный член Академии наук СССР. Преподавал общую тактику в академии и генерал-лейтенант Бонч-Бруевич, одним из первых среди военных специалистов старой русской армии перешедший после Октября на сторону Советской власти. Лекции по стратегии читал профессор, полковник Незнамов, в июне 1918 года ставший начальником Управления военных сообщений Красной Армии, затем преподаватель советских военных академий в Ленинграде, автор военно-научных трудов и многих военно-публицистических статей.
Вне стен академии слушатели распоряжались временем всяк на свой лад. Одних манила «светская» жизнь, и они предпочитали балы и увеселения, уповая на то, что возникающие осложнения при сдаче зачетов и экзаменов будут улажены с помощью различных связей в высокопоставленных сферах. К их числу Борис Михайлович относил своего сокурсника поручика лейб-гвардии конного полка Врангеля, того самого Врангеля, который в годы гражданской войны стал одним из руководителей контрреволюции на Юге России. «Академия, — писал Шапошников о Врангеле, — ему была нужна, чтобы скорее получить чин ротмистра гвардии, приравнивавшийся в случае ухода в армию к полковнику». Другие слушатели, «не отягощенные упорной любовью к знаниям», заботились только о том, чтобы обеспечить себе переходной балл. Сам же Шапошников оставался верным себе, относясь к учебе всерьез, с полной отдачей сил.
Остававшееся немногое свободное время предпочитал посвящать чтению или посещению театра. Ему нравился петербургский балет, где блистали в то время Павлова, Карсавина, Кшесинская, и оперный состав Мариинского театра с обоими Фигнерами, Давыдовым, Яковлевым.
«Все это, — вспоминал он, — были корифеи сцены, но корифеи «казенные». Они напоминали высоких чиновников сурового Петербурга. Шаляпин и Собинов не могли удержаться на сцене Мариинского театра: постоянная служба на петербургской сцене погубила бы их таланты».