На другой день после взятия Анапы командующий послал отряд кавалерии и пехоты для овладения крепостью Суджук-Кале, находившейся несколько южнее. Русский отряд, двигавшийся вдоль берега, нашел ее уже пустой и полуразрушенной. Однако на крепостных валах стояло три десятка орудий, брошенных турецким гарнизоном при поспешной погрузке на суда.
Возможности удерживать в своих руках Суджук-Кале тогда у Гудовича просто не имелось. Да и в систему Кавказского приграничья крепость на берегу весьма удобной для стоянки больших кораблей бухты пока никак не вписывалась. Поэтому пришлось крепостные валы взорвать вражеским же порохом, а пушки, за неимением перевозочных средств, заклепали и утопили в море.
Через два дня на виду у Анапы показался сильный султанский флот в несколько десятков вымпелов с десантом на борту. Турецкие моряки и их капудан-паша еще не знали об участи крепости. Став на внешнем рейде на якорь, османский флотоводец отправил к городу три судна — кирлангача, вооруженных пушками малых калибров и предназначенных для перевозки десантных войск и грузов. С моря русский осадный лагерь не просматривался, да и Гудович приказал соблюдать возможную в таком случае маскировку.
Русские не показывались на берегу и не стреляли, а терпеливо поджидали, когда вражеские суда подойдут на дальность верного картечного выстрела. К вечеру один кирлангач вошел в Анапскую бухту и преспокойно бросил в ней якорь. С берега прокричали по-турецки приглашение от Мустафы-паши сойти на берег капитану. С кирлангача спустили шлюпку, и она пошла к берегу.
Когда шлюпка оказалась на мелководье, из-за ближайших строений в воду бросились высокорослые гренадеры и взяли всех прибывших в плен. Видя такое дело и стволы наведенных орудий, сдался в плен и экипаж кирлангача, не отважившись пушечным выстрелом предупредить эскадру об опасности. Вся операция по захвату вражеского парусника прошла достаточно тихо, и на султанском флоте никакой тревоги не произошло.
Утром на турецких кораблях увидели жуткую картину. К бортам волнами прибило сотни трупов утонувших в ходе штурма османов и тех погибших воинов Мустафы-паши, которых Гудович приказал бросить в море. Причина такого его приказа состояла в том, что захоронить такое огромное количество павших врагов победители оказались просто не в состоянии. И поэтому возникла опасность эпидемических заболеваний — погода стояла жаркая.
Команды турецких судов сразу же взбунтовались и потребовали от своего адмирала ухода прочь от Анапы. Тот же пытался всеми доступными Мерами навести должный порядок на султанском флоте и с моря бомбардировать крепость, оказавшуюся в руках русских, и, возможно, высадить десант под Анапой. Сил на флоте имелось много, не считая корабельных орудий, которых насчитывалось более тысячи.
Однако бунт корабельных экипажей капудан-паша подавить не смог, поскольку к морякам присоединились и солдаты десанта. В тот же день султанский флот, так и не приблизившись к Анапской крепости на дальность пушечного выстрела, поднял паруса и ушел в открытое море, взяв курс на Босфор.
По приказанию командующего анапские крепостные укрепления силами пленных и солдат срыли до основания, «вернув» землю вала обратно в ров. Сам город был предан огню. Из крепости вывезли орудия и сколько смогли пороха и снарядов. Все это погрузили на суда, которые прислал в Анапу из Тамани генерал-аншеф Каховский. Оставшиеся боеприпасы побросали в городские колодцы и в бухту. Крепкие крепостные палисады обложили связками сухого тростника и подожгли. Подорвали батарейные позиции и каменный гарнизонный пороховой погреб.
Турецкую крепость Анапу в той войне постигла участь Измаильской крепости. Она тоже перестала существовать как таковая.
Взятием Анапы — «кавказского Измаила» и ее полным разрушением — закончилась на Кавказе вторая екатерининская война
России с Блистательной Портой. Неприятельский флот больше не подходил к берегам Черкесии.
29 декабря 1791 года в Яссах, главной штаб-квартире русских войск, воюющие стороны заключили между собой мирный договор. По нему река Кубань оставалась государственной границей России, а закубанские племена черкесов признавались независимыми от Оттоманской империи. Разрушенные до основания бывшие крепости Анапа и Суджук-Кале отходили обратно к Турции. Но та принимала на себя всю ответственность за дальнейшие вооруженные набеги горцев на Кавказскую укрепленную линию.
Императрица Екатерина II наградила генерал-аншефа Ивана Васильевича Гудовича за взятие Анапской крепости Военным орденом Святого Георгия 2-го класса и драгоценной шпагой, украшенной алмазами. Это были полководческие награды.
В наградном орденском листе говорилось: «Во уважении усердной службы, радения и точности его в исполнении предположений главного начальства, искусства и отличного мужества, оказанного им в походе со вверенным ему корпусом, отражая неприятеля, и при взятии штурмом города Анапы».