В тридцать три года он по первому разряду окончил Николаевскую академию Генерального штаба и вскоре получил назначение преподавателем военной администрации и руководителем топосъемок в Николаевское кавалерийское училище. Один из его учеников, Африкан Петрович Богаевский, впоследствии генерал, сподвижник по белому движению, вспоминая об этих годах деятельности Михаила Васильевича, писал: «Уже пожилой капитан Генерального штаба с суровым взглядом близоруких глаз, прикрытыми очками, с резким голосом, он вначале на нас, юнкеров, навел страх своей требовательностью и порядочную скуку своим предметом, нагонявшим тоску. Но вскоре под его суровой внешностью мы нашли простое и отзывчивое сердце. Он искренне хотел и умел научить нас необходимой для военного человека науке… Злейший враг лени и верхоглядства, он заставлял и нас тщательно исполнять заданные работы».
Служба в училище оказалась недолгой. Прошло менее двух лет, и Михаил Васильевич получил назначение начальником штаба 1 армейского корпуса, а в 1895 году – начальником одного из отделов Главного штаба. Как отмечает один из его сослуживцев, генерал Александр Сергеевич Лукомский, «он стал постоянным участником и ближайшим помощником генерала Ф. Ф. Палицына (в то время начальника Главного штаба) во всех полевых поездках… Отличаясь громадной работоспособностью, Алексеев являлся образцом, по которому старались равняться и другие участники полевых поездок».
В 1895 году Михаил Васильевич женился. Его жена – Анна Николаевна Щербицкая вскоре родила первенца – дочь Клавдию.
В 1898 году полковник Алексеев, продолжая службу в Генеральном штабе, стал профессором Николаевской академии. Генерал Богаевский в этой связи писал: «Спустя годы я снова встретился в Михаилом Васильевичем, теперь уже в академии Генерального штаба, как со своим профессором по истории русского военного искусства. Он остался таким же кропотливым и усердным работником, прекрасно излагавшим свой далеко не легкий предмет. Он не был выдающимся талантом в этом отношении, но то, что нужно нам было знать, он давал в строго научной форме в сжатом образном изложении. Мы знали, что все, что он говорит, – не фантазия, а действительно так и было, потому что каждый исторический факт он изучал и проверял по массе источников».
Началась Русско-японская война. Получив первый генеральский чин, Михаил Васильевич назначается генерал-квартирмейстером 3-й Маньчжурской армии. Он принимает активное участие в планировании Мукденской операции, за что награждается орденом Св. Станислава 1-й степени. С 1906 года в течение последующих пяти лет он – оберквартирмейстер Главного управления Генерального штаба, затем начальник штаба Киевского военного округа, командир 13 армейского корпуса. Произошли изменения и в семье Михаила Васильевича: в 1906 году родилась вторая дочь – Вера, в 1908 году – сын Николай. Мировую войну генерал-лейтенант Алексеев встретил начальником штаба Юго-Западного фронта.
«Приехав в Ровно, в штаб фронта, – вспоминает его дочь Вера Михайловна Алексеева-Борель, – отец встретился со своим прежним начальником генералом от артиллерии Ивановым. Они несколько лет душа в душу работали в Киеве.
Отцу было дано право выбирать генерал-квартирмейстера. Он представил список из шести лиц. Знаю, что первым был генерал-майор Дитерихс, тот самый, который последним закончил «белую борьбу» на Востоке, который принимал участие в расследовании убийства царской семьи в Екатеринбурге и составил уже в Шанхае об этом большой труд… Последним в списке был генерал-майор М. С. Пустовойтенко. Из этих шести лиц высшее начальство назначило именно его генерал-квартирмейстером штаба Юго-Западного фронта. Человек очень скромный, он не был самостоятельным работником и мыслителем, но вдумчивым и точным исполнителем получаемых распоряжений. Для отца он оказался идеальным помощником…»
В середине 1914 года Михаил Васильевич был произведен в генералы от инфантерии, а в марте – назначен главнокомандующим армиями (командующим войсками) Северо-Западного фронта.
Шел 389-й день мировой войны. В воскресенье 23 августа 1915 года почти ровно в полдень в Могилев, где располагалась русская Ставка, въехала колонна машин. Она остановилась на центральной площади города. Из головной машины вышел человек невысокого роста, плотного сложения с небольшой светлой овальной бородой. Это был царь Николай II, с этого дня принявший пост Верховного главнокомандующего действующей армии и флота Российской империи. За ним потянулась свита во главе с министром двора почтенным, но заметно дряхлеющим графом Фредериксом и дворцовым комендантом генералом Воейковым, известным в обществе более всего своим назойливым рекламированием целебной воды «куваки», добывавшейся в его пензенском имении. Встречали прибывших должностные лица Ставки, именитые люди этого некогда тихого, наполовину еврейского губернского города.
Приветствовал императора неделю назад вступивший в должность начальника штаба Верховного главнокомандующего генерал от инфантерии М. В. Алексеев.