В 1702 году при штурме крепости Нотебург (древний новгородский Орешек) он под градом вражеских пуль и картечи проявил подлинную храбрость. Тогда офицер-гвардеец в числе первых со шпагой в руке взошел через пролом на крепостную стену, разделив с князем Михаилом Голицыным честь взятия Нотебурга. В том кровавом деле судьба его хранила от картечи, пуль и штыков шведов, хотя бомбадир-поручик оказался в гуще рукопашной схватки.
В награду за воинский подвиг был назначен комендантом захваченной шведской крепости, сторожившей вход в Неву из Ладожского озера и названной Петром I Шлиссельбургом (Ключ-городом, ныне Петрокрепость в Ленинградской области). Восстановление крепости, стены которой зияли проломами, стало для новоиспеченного коменданта подлинным испытанием для его будущего. С ним он справился, как почти всегда, успешно. Однако неприятель утраченную на водах Ладожскую крепость вернуть не пытался.
Кровавый штурм крепости на Ореховом острове, во время которого воины петровской армии проявили подлинный героизм, проходил на глазах государя, взиравшего на приступ с озерного берега. Ярость сражавшихся поразила тех, кто вместе с ним смотрел на приступ с осадных батарей. И с тех пор он в письмах называл своего любимца не иначе, как «Алексаша, дитятя моего сердца».
После отъезда царя в Воронеж, на верфи, комендант Шлиссельбурга, успешно отражал попытки шведов изгнать русских от истоков Невы и берегов Ладожского озера. И одновременно сам наносил удары по неприятельской территории «со стороны корельской земли». Бомбардир-поручик без пререканий с ним командовал офицерами, бывшими намного старше его в чинах и должностях.
Меншиков с отрядом казаков и калмыков ходил на Ладожском озере к городу-крепости Кореле с намерением овладеть им посредством внезапного – «нечаянного» нападения. «Но сия экспедиция не удалась, понеже неприятель сведал, только взято в полон несколько десятков обывателей уездных». Ту войну в истории принято называть «малой».
Действовал шлиссельбургский комендант и против крепости Ниеншанц. Им был послан отряд драгун во главе с бомбардирским сержантом Преображенского полка Михаилом Щепотьевым, который дошел до самого Ниеншанца: «и были наши от города в 100 саженях и меньше». Было захвачено в плен с полсотни шведов, около 60 лошадей и уведено более сотни голов скота. «Заготовленное для шведских драгун сено, в версте от Канец, было сожжено». Шведский гарнизон из крепости для отражения отряда Щепотьева не вышел.
Подобный рейд по приказу Меншикова совершил отряд полковника Ивана Бахметева, который тоже дошел до Ниеншанца, разбив влизи крепости заслон из шведских драгун. Он привел в Шлиссельбург «полон» из двух тысяч человек, с множеством скота и лошадей. «И повезли полон продавать в Ладогу. А мызы и кирки и деревни все целы, не зжены. И те полонные шведы посланы к Москве».
На реке Свирь Меншиков определил место для новой верфи – Олонецкой, рядом с которой располагались корабельные леса. Уже в следующем, 1703 году с ее стапелей сошел фрегат «Штандарт» – первый корабль русского Балтийского флота. На Ладоге и Луге строились преимущественно вместительные и надежные в походах струги, необходимые для перевозки армейских тяжестей.
Надо отдать должное Александру Даниловичу, который в государевых делах брал пример с Петра I. Он ответственно следил за всем – поставкой работников, заготовкой леса, постройкой кораблей – парусных и гребных, отливкой пушек. Его по праву можно назвать «рудознатцем» и знатным металлургом той эпохи – организовал поиск руды, основал Петровский и Повенецкий заводы, быстро наладил отливку орудий самых разных калибров и снарядов к ним. За это царь был ему только благодарен.
В 1703 году бомбардир-поручик (!) А.Д. Меншиков назначается губернатором завоеванной Ингерманландии, а позднее – Санкт-Петербургской губернии, то есть самого Санкт-Петербурга. Царь передаст ему в управление так называемую Ижорскую канцелярию и многие общегосударственные доходы. Желая засвидетельствовать свою личную признательность, царь Петр I сказал своему любимцу:
«Ты мне этим не одолжен; возвышая не о твоем счастии я думал, но о пользе общей. Если б знал кого достойнее, то не произвел бы тебя…»
Губернатор А.Д. Меншиков в январе 1703 года был отправлен на Олонецкую верфь с двумя ротами лейб-гвардии Преображенского полка для закладки нескольких судов. Там гвардейцы на время стали корабелами. В Шлиссельбурге ему было приказано изготовить несколько барок и мелких карбасов для перевозки по Неве к шведской крепости Ниеншанц артиллерии и провианта. Меншиков сообщал царю в письме от 6 февраля:
«Из Олонца плотников пришло 153 человека, работников 719 человек, лес готовят непрестанно по приезде на Олонец Ивана Яковлевича. Олончане не таковы стали быть, какову ко мне отписку писали, стали быть смирны и во всем послушны».