В июле 1966 г. Батицкий назначается главнокомандующим войсками ПВО – заместителем министра обороны (одновременно командующим войсками ПВО Объединенных Вооруженных сил и заместителем главнокомандующего ОВС государств – участников Варшавского договора). Бывший командующий войсками ракетно-космической обороны СССР генерал-полковник авиации Вольтер Красковский следующим образом оценил вклад Маршала Советского Союза (высшее воинское звание он получает в 1968 г.) в дело строительство советской ПВО: «Понимая государственную важность задач, которые должна решать территориальная система ПРО, Батицкий официально доложил Военно-промышленной комиссии свой проект постановления правительства. В нем предлагалось развернуть комплекс широких целевых теоретических и экспериментальных исследований для решения проблемы селекции БГ (боеголовок. –
Леонид Смирнов, председатель ВПК, вынужден был согласиться с оценкой Батицкого, хотя и посчитал нецелесообразным выпускать в связи с этим специальное постановление правительства. Главком ответил: «Войска ПВО страны удовлетворены, что наша обеспокоенность находит полное понимание со стороны Комиссии. Мы рассчитываем, что конструкторские организации в области ПРО получат необходимые указания».
Данный пример свидетельствует об авторитете Маршала Советского Союза Батицкого в высших правительственных сферах.
После того как начала создаваться Система предупреждения о ракетном нападении (СПРН), она также находилась под постоянным вниманием главнокомандующего. Благодаря его усилиям, по темпам решения технических задач и развертывания СПРН намного опережало другие проекты. Ее создание началось в 1964 г., в 1968 г. на ней проводились госиспытания, а в 1971 г. она уже заступила на боевое дежурство. Главнокомандующий лично работал на каждом объекте, несмотря на их разбросанность на всем огромном пространстве СССР, поскольку как никто другой понимал значимость СПРН для нашего государства.
Маршал Батицкий внес заметный вклад также в совершенствование зенитно-ракетной техники. Он впервые высказал озабоченность тем, что система ПВО насыщается зенитноракетными комплексами С-75, которые способны поражать воздушные цели только на больших высотах, а для борьбы с маловысотными целями развертываются ЗРК С-125. Нетрудно представить, во что это обходилось для государства и вооруженных сил. Главком поддержал идею создания такого нового многоканального комплекса, каким впоследствии стал известный сегодня всему миру ЗРК С-300. Его появление позволило отказаться от смешанных группировок зенитно-ракетных войск, сэкономило затраты, сократило численность личного состава, упростило управление боем.
Батицкий первым из советских главкомов поставил вопрос об автоматизации управления радиолокационной информацией. Именно при нем территорию страны закрыло сплошное радиолокационное поле, после чего можно было создавать средства автоматизации для сбора и обработки радиолокационной информации и оснащать ими войска.
Павел Федорович лично знал многих генеральных и главных конструкторов, директоров предприятий оборонной промышленности, очень уважал их, часто советовался с ними при решении вопросов модернизации или разработки новых образцов техники и вооружения. Его мнение часто являлось определяющим для руководителей военно-промышленного комплекса. Батицкому принадлежала ведущая роль в создании единой системы ПВО ряда дружественных стран. Это был человек масштабного мышления, умевший увидеть в неочевидном на первый взгляд, в кажущихся мелочах перспективу.
Одновременно с созданием и поступлением на вооружение войск ПВО страны новой техники совершенствовались их организационная структура, взаимодействие, повышались боевая готовность, качество оперативно-тактической подготовки, улучшалось инженерное оборудование боевых порядков. Создавалась сеть защищенных командных пунктов управления.
Маршал Батицкий постоянно заботился о кадрах. И не случайно в период его руководства основные звенья управления войск, полигонов, учебных заведений ПВО страны были укомплектованы высококвалифицированными работоспособными людьми. Главком был строгим и требовательным военачальником. Вместе с тем он не оставлял без своего внимания и заботы подчиненных, несших службу порой в самых неблагоприятных климатических зонах нашей страны. Можно привести немало примеров чуткого отношения маршала к военнослужащим. Расставаясь с генералами и офицерами Московского округа ПВО при переходе на новую должность, Павел Федорович сказал им: «Вы уж простите меня, если я кого-то слишком сильно ругал. Но я ругал тех, кто хорошо работает. А тех, кто не работал, я не ругал, я их увольнял, таких здесь нет».