Ярость Гитлера была настолько велика, что он приказал всей 6-й танковой армии СС снять именные нарукавные нашивки (это было равносильно лишению боевых наград). В ответ на это незаслуженное оскорбление наиболее боеспособных танковых частей рейха (эсэсовцы во время боев в Венгрии сделали все, что могли, и понесли огромные потери) командующий армией генерал-полковник войск СС Зепп Дитрих собрал все свои боевые награды в один горшок и отправил с курьером фюреру.
После взятия Будапешта победное продвижение войск фронта продолжилось. Вслед за Западно-Карпатской наступательной операцией следует Дьерская, в результате которой была освобождена часть Чехословакии и восточной Австрии.
Затем, совместно с 3-м Украинским фронтом, Малиновским проводится Венская наступательная операция, в ходе которой была очищена от гитлеровцев вся Венгрия и восточная Австрия, а 13 апреля освобождена Вена. Были разбиты 32 немецких дивизии, взято в плен 130 тысяч немецких военнослужащих, уничтожено или взято в качестве трофеев 1300 танков и штурмовых орудий, 2250 полевых орудий. Теперь путь в Германию был открыт и с южного фланга.
После Венской наступательной операции, 26 апреля 1945 г., Малиновский награждается высшей полководческой наградой – орденом «Победы».
В мае Малиновский освобождает Чехословакию, но после Великой победы в Европе ему предстоит еще война в Азии. В плане разгрома Квантунской армии главная роль принадлежала Забайкальскому фронту, и занимавший в 1945 г. должность начальника Оперативного управления Генерального штаба, генерал-полковник Семен Штеменко следующим образом объяснял, почему командующим фронтом был назначен именно недавний освободитель Вены: «Для главного, забайкальского направления требовались руководители с опытом маневренных действий. Как мне помнится, А. М. Василевский, принимавший самое активное участие в разработке планов войны с Японией, первым предложил кандидатуру Маршала Советского Союза Р. Я. Малиновского и во главе его штаба рекомендовал поставить одного из наиболее опытных начальников фронтовых управлений генерала армии М. В. Захарова. Верховному предложение понравилось. В Ставке за Родионом Яковлевичем давно и прочно укрепилась репутация талантливого полководца, серьезного, спокойного и вдумчивого военачальника. Если уж попросит, то обоснованно, если докладывает, так обстоятельно».
Во главе Забайкальского фронта (значительную часть которого составили переброшенные из Европы войска 2-го Украинского фронта) Малиновский участвует в проведении Маньчжурской наступательной операции, в которой, как уже указывалось, главная роль принадлежала его фронту. Операция завершилась полным разгромом Квантунской армии, и именно это, а не бесчеловечно сброшенные на Хиросиму и Нагасаки атомные бомбы, заставило императорскую Японию капитулировать.
Действуя в тяжелейших условиях против прекрасно подготовленного фанатичного противника (который по боеспособности ничем не уступал лучшим подразделениям вермахта и СС), части Забайкальского фронта после преодоления безводных степей, пустыни Гоби и горных кряжей Большого Хингана отрезали Маньчжурскую армию от японских войск в Северном Китае и начали движение к Даляню и Люйшуню. Выйдя на оперативный простор, войска фронта проходили по 100–120 километров в сутки, а очаги японского сопротивления по приказу командующего были, для снижения потерь, надежно блокированы. Для ускорения продвижения и захвата важных населенных пунктов Малиновский активно использовал воздушное десантирование, что полностью себя оправдало.
Его действия в Маньчжурии, по словам маршала Василевского (который одновременно давал и оценку полководческому дару Малиновского в целом), «несли отпечаток подлинного творческого вдохновения, необычайной настойчивости в их осуществлении, составили яркие страницы истории военного искусства».
2 сентября японские представители были вынуждены подписать акт о безоговорочной капитуляции, и Вторая мировая война закончилась.
За разгром Квантунской армии 8 сентября Малиновский получает Золотую Звезду Героя Советского Союза.
После войны Малиновский командует войсками Забайкальско-Амурского военного округа, в 1947–1953 гг. он – главнокомандующий советскими войсками на Дальнем Востоке, в 1953–56 гг. – командующий войсками Дальневосточного военного округа.
В марте 1956 г. по предложению Георгия Константиновича Жукова маршал назначается главнокомандующим Сухопутными войсками – первым заместителем министра обороны СССР.