До назначения Антонова начальники Оперативного управления Генштаба из-за недостаточно хорошо организованной работы сменялись 7 раз в течение полугода. В обязанности начальника управления, помимо прочего, входили ежедневные доклады Ставке о положении дел на фронтах. Первое время на посту начальника Оперативного управления Антонов к работе со Ставкой практически не привлекался. Да и работа в Генеральном штабе была для него не вполне комфортной. Он несколько раз ходатайствовал о переводе обратно на фронт, ближе к месту событий, однако постоянно получал отказ. Более того, Василевский в одном из докладов характеризовал Алексея Иннокентьевича как исключительно ценного для Генштаба и Ставки.
Премьер-министр Великобритании У. Черчилль, президент США Ф. Д. Рузвельт, глава советского правительства И. В. Сталин фотографируются для прессы. Среди присутствующих военные советники В. Леги, Д. Эйзенхауер, А. И. Антонов, Н. Г. Кузнецов (фото: архивы России). Ялтинская (Крымская) конференция союзных держав (4–11 февраля 1945).
Военные советники СССР на Ялтинской конференции. В центре – А. И. Антонов. Слева направо: адмирал С. Г. Кучеров, адмирал флота Н. Г. Кузнецов, маршалы авиации С. А. Худяков и Ф. Я. Фалалеев (РГАСПИ, Ф. 558. Оп. 11. Ед. хр. 1693). Ялтинская (Крымская) конференция союзных держав (4–11 февраля 1945).
В начале января 1943 г. первого заместителя начальника Генштаба Антонова командируют на Брянский фронт в расположение 18-го отдельного стрелкового корпуса в качестве представителя Ставки. Его работа в Острогожско-Россошанской и Воронежско-Касторненской операциях внесла немалый вклад в успех Красной Армии. Заслуги и авторитет Антонова были признаны всеми, включая начальника Генштаба и лично Сталина. По возвращении он стал часто бывать у Верховного с докладами.
Немалую лепту внес он и в сам порядок работы Оперативного управления и всего Генерального штаба в целом для его оптимизации и эффективности. Среди наиболее значимых нововведений можно отметить единую универсальную систему условных топографических обозначений. Теперь карту можно было прочитать и без присутствия ее составителя, что прежде существенно осложняло и замедляло работу. Было установлено жесткое расписание рабочего дня. Повышенные требования Антонов предъявлял прежде всего к себе самому, находясь на службе в среднем по 17–18 часов в сутки. По воспоминаниям заместителя Антонова Штеменко, «досконально знающий обстановку, он тем не менее к каждому докладу в Ставке готовился по 2–3 часа. С подчиненными Антонов был тактичен, никогда не повышал голоса, однако и на поощрения был скуп, почти никогда не записывал, но в то же время все помнил».
«Курская дуга». Художник Н. Присекин. Фрагмент диарамы.
Несмотря на более рациональное и эффективное распределение времени и усилий, объем информации, обрабатываемый Генеральным штабом, продолжал расти. В его структуре по приказу Антонова появились Главное организационное управление и Управление по использованию опыта войны. В подчинении Оперативного управления был создан корпус офицеров-представителей Генерального штаба.
Основным направлением работы Антонова было стратегическое планирование. Начиная с Курской операции, Антонов участвовал в разработке всех ключевых операций и кампаний Вооруженных Сил СССР, по нескольку раз в день бывая с тщательно подготовленными докладами у Верховного главнокомандующего И. В. Сталина. Особенно тесно в этот период генерал Антонов работал с Василевским и Жуковым. Общим замыслом операции было противопоставить ожидавшемуся на Курской дуге немецкому наступлению глубоко эшелонированную оборону, ослабляя и выматывая немецкие войска, а затем силами пяти фронтов перейти в контрнаступление и уничтожить силы противника. В целом этот замысел в ходе оборонительного этапа битвы был успешно приведен в жизнь.
После начала советского контрнаступления на Курской дуге, 7 августа 1943 г., Антонов пришел к выводу, что в ходе продвижения вперед нарушается принцип максимального сосредоточения сил в избранном направлении на Харьков. Отправленное в этой связи соответствующее указание командующему Воронежским фронтом генералу Ватутину чуть было не опоздало: противник воспользовался сложившейся ситуацией и контратаковал, однако вовремя подоспевшие соединения советских войск не позволили существенно изменить баланс сил. Харьковская группировка немцев была обескровлена и начала отход.