В конце ноября к Москве стали подходить стратегические резервы, и вскоре в ходе сражения наступил перелом. Советская армия перешла в решительное наступление, нанесла противнику мощные удары на севере, под Тихвином, на центральном направлении, под Москвой и на юге, под Ростовом, что не позволило фашистскому командованию осуществить маневр силами. В столицу возвращались правительственные учреждения, в том числе и Генеральный штаб во главе с маршалом Шапошниковым. К сожалению, именно в это время Борис Михайлович тяжело заболел, и обязанности начальника Генерального штаба были возложены на генерал-лейтенанта Василевского.
Рождение новых замыслов, планирование операций, анализ решений командующих фронтами, контроль действий войск, изучение и обобщение опыта сражений слились в один непрерывный процесс. Одновременно Генеральный штаб вел огромную работу по созданию стратегических резервов, внедрению в практику боевых действий передового опыта, оснащению войск новыми видами оружия и боевой техники. Создавались танковые корпуса и даже армии — первые из них появились уже в мае 1942 года.
Зимнее наступление советской армии заглохло месяцем раньше: враг все еще обладал превосходством в численности личного состава, количестве и качестве вооружения, а главное, в уровне тактического и оперативного мастерства. Стратегическая пауза не могла быть долгой. Стороны готовились к новой кампании, от победы в которой, что хорошо понимали в Генеральном штабе, зависит дальнейшее поведение Турции и Японии, а также дальнейший ход, а может быть, и исход всей войны в целом.
Верховный главнокомандующий был сторонником активной обороны, которую он понимал как ряд частных операций с относительно неглубокими целями. Шапошников считал, что намерения противника не являются окончательно ясными, а потому предлагал совершенствовать оборону, отложив операции до лета. Жуков в основном разделял его позицию, но решающим было мнение Сталина...
Принятый план содержал внутреннее противоречие, ибо отражал стремление и наступать, и обороняться одновременно. Кроме того, возможный характер действий противника был оценен неверно, и поэтому на западное направление выделили гораздо больше сил, чем на юго-западное. Тут сказались и влияние опыта предыдущей кампании, и результаты дезинформационной операции «Кремль», проведенной фашистским командованием.
Тревожные результаты ждать себя не заставили: 8 мая гитлеровские войска перешли в наступление на Керченском полуострове и в течение нескольких дней нанесли поражение Крымскому фронту, изменив обстановку на юге. Маршал Шапошников заволновался: не есть ли это лампочка индикатора, указывающая, какое стратегическое направление станет в ближайшие месяцы главным?
Вместе с Василевским он поспешил к Верховному главнокомандующему, чтобы убедить его воздержаться от наступательных действий на южном крыле советско- германского фронта.
Рекомендации Генерального штаба были учтены лишь частично: задачи наступления, предстоящего на юго-западном направлении, ограничились освобождением Харькова.
Действия советских войск под командованием маршала Тимошенко начались 12 мая и вначале развивались успешно.
— Вот видите, — упрекал генштабистов Верховный, — а по вашему настоянию чуть было не отменили такую удачную операцию!
Но уже к 19 мая фланговые контрудары гитлеровских дивизий под командованием генералов фон Паулюса и фон Клейста сделали положение критическим. За реку Оскол удалось отвести лишь часть советских войск; характер потерь был таков, что выгодное соотношение сил, как и стратегическая инициатива, здесь надолго оказалось на стороне противника.
Очередная неудача последовала на севере, где в окружении погибала 2-я ударная армия, чей командующий, генерал Власов, как позже выяснилось, встал на путь предательства. Вывести из окружения удалось только часть личного состава без тяжелой техники и вооружения.
Тем не менее 6 апреля 1942 года А. М. Василевскому было присвоено воинское звание «генерал-полковник», а 26 июня последовало его утверждение в должности начальника Генерального штаба: здоровье маршала Б. М. Шапошникова ухудшалось. Верховный главнокомандующий этим дал понять, что высоко ценит и уважает его мнение, а споры... что ж, в них рождается истина.
Прошло всего лишь два дня, и грозные события вновь потрясли советско-германский фронт. Группа армий «Юг» перешла в решительное наступление, чтобы достичь Волги и Кавказа, овладеть нефтью Каспия, отсечь военные поставки для Советского Союза через Иран и создать предпосылки для последующего успешного завершения войны.
Положение стремительно обострялось, и Александр Михайлович проводил гораздо больше времени в войсках, помогая командованию Брянского и Юго-Западного фронтов, нежели в стенах здания Генерального штаба. С июля внимание его было приковано к Сталинграду, и 23 августа, в день массированного воздушного наступления противника на город, он был там, под вражескими бомбами.