4 июня 1940 г. А. И. Еременко был произведен в генерал-лейтенанты, а через пять месяцев назначен командующим войск Северо-Кавказского военного округа, но так и не успел приступить к исполнению служебных обязанностей, потому что по приказу руководства Красной армии через несколько дней был назначен командующим 1-й Краснознаменной армией на Дальнем Востоке.
За три дня до начала Великой Отечественной войны А. И. Еременко получил назначение на должность командующего 16-й армией. Армия, сформированная в июле 1940 г. в Забайкальском военном округе, состояла из 32-го стрелкового и 5-го механизированного корпусов, 126-го корпусного артиллерийского полка и 112-го отдельного зенитно-артиллерийского дивизиона. Задачей армии являлась защита советской границы в Забайкалье. 25 мая командование 16-й армией получило приказ передислоцироваться на Украину. Через три недели в Бердичев прибыли первые армейские части 109-й моторизованной дивизии 5-го механизированного корпуса.
На Западном фронте
Но Еременко не успел вступить и в командование 16-й армией — 22 июня 1941 г., после нападения Германии на СССР, он был вызван обратно в Москву. Дорога на поезде и самолете заняла несколько дней. Прямо с аэродрома он отправился в Наркомат обороны к маршалу С. К. Тимошенко, где и узнал в полной мере, что именно творится на фронтах: «Когда С. К. Тимошенко кратко охарактеризовал обстановку и показал на карте, какую территорию мы уже потеряли, я буквально не поверил своим глазам». Особо напряженная ситуация сложилась в зоне действия Западного фронта.
— Вот, товарищ Еременко, — сказал Тимошенко, — картина вам теперь ясна.
— Да, печальная картина, — только и смог ответить Еременко.
— Генерал армии Павлов и начальник штаба фронта отстранены от занимаемой должности. Решением правительства вы назначены командующим Западным фронтом, начальником штаба фронта — генерал-лейтенант Г. К. Маландин. Немедленно выезжайте оба на фронт.
— Какова задача фронта?
— Остановить наступление противника.
Получив предписание о назначении, А. И. Еременко в ночь на 29 июня вместе с Г. К. Маландиным отправились к Могилеву, где в лесу находился штаб фронта.